Хмельницкий понимал, что условий его поляки не примут, и начал готовиться к новой войне с ними, сносился с Крымом и с Москвою. В апреле 1649 г. он поручал одному игумену, Павлу, отправлявшемуся в Москву, сказать там Иерусалимскому патриарху, «чтоб государь пожаловал велел его, гетмана, и запорожских черкас приняти под свою государскую высокую руку и помочь им учинил, а ныне-де они, сложась с крымскими татары, хотят вести войну с поляки». А в мае месяце присылал в Москву чигиринского полковника Вешняка с грамотою, в которой писал от лица всех запорожских казаков к царю Алексею Михайловичу: «Нас, слуг своих, до милости царского своего величества приими и благослови, яко православный государь, рати своей на наступцов наших и за веру православную наступити… Вашему царскому величеству низко бьем челом: от милости своей не отдаляй нас, а мы Бога о том молим, чтоб Ваше царское величество, яко правдивый и православный государь, над нами царем и самодержцею был». Царь Алексей Михайлович отвечал (от 13 июня): «Доброе хотение Ваше служить нам со всем запорожским войском жалуем и похваляем, но послать Вам рать нашу на помощь против ваших неприятелей не можем, потому что, как мы извещали Вас и в прежней нашей грамоте (посланной, вероятно, с послом Чиковским), у нас с Польшею уже давно „учинено вечное докончанье“, которого нарушить невозможно. Если же король польский „тебя, гетмана, и все войско запорожское учинит свободных, без нарушения вечного докончанья, и мы, великий государь, тебя, гетмана, и все войско запорожское пожалуем, под нашу царского величества высокую руку приняти велим“. Между тем еще прежде, нежели был получен этот ответ царя, Хмельницкий выступил с своим войском из Чигирина и, подвигаясь весьма медленно, напал (29 июня) вместе с ханом на польское войско, окопавшееся под Збаражем, и целый месяц держал его в осаде, а когда на помощь осажденным приближалось новое войско под предводительством самого короля Яна Казимира, напал и на это войско и нанес ему (5 августа) сильное поражение под Зборовом. Король принужден был заключить (9 августа) и с крымцами и с казаками выгодный для них договор. В договоре с казаками было постановлено: а) войско запорожское остается при всех давних своих вольностях и будет простираться до 40000 человек; б) Чигирин с округом отдается гетману Хмельницкому и навсегда имеет оставаться за гетманом запорожского войска; в) жидам не быть на Украйне, где казаки имеют свои полки; г) об унии, как в Польше, так и в Великом княжестве Литовском, о церковных имениях и о всех правах Церкви будет рассуждено и постановлено вместе с Киевским митрополитом и духовенством на ближайшем сейме, чтобы желание митрополита исполнилось и каждый пользовался своими правами, а место в сенате Киевскому митрополиту король позволяет иметь; д) все должности и чины в воеводствах Киевском, Черниговском и Брацлавском король обещает раздавать только дворянам православной веры; е) в Киеве, где находятся русские школы, равно и в других украинских городах, не могут оставаться иезуиты, и все русские школы в тех городах должны оставаться в целости и пр.
К 22 ноября король созвал в Варшаве чрезвычайный сейм, который должен был рассмотреть статьи Зборовского договора. Прибыл на сейм и Киевский митрополит Коссов с Львовским епископом, киево-печерским архимандритом и многими другими духовными лицами, прибыли и послы гетмана Хмельницкого. Сейм продолжался шесть недель, и заседания его были очень бурны. Представители православного духовенства и казачества настоятельно требовали, чтобы договор был утвержден и чтобы уния была уничтожена. Паны рады, светские и духовные, и вообще латинские члены сейма упорно противились некоторым статьям, долго спорили, но, наконец, принуждены были покориться необходимости: договор был утвержден. Только архиепископы и епископы латинские тут же объявили, что они выйдут из сената, если в нем будет заседать схизматический митрополит. В последний день сейма (12 генваря 1650 г.) король издал на основании Зборовского договора, утвержденного сеймом, диплом следующего содержания, касавшийся собственно православной веры и Церкви: 1) дозволяется всему народу русскому, находящемуся не в унии, как было и прежде, свободное исповедание веры, а Киевскому митрополиту – ношение креста в подведомых ему епархиях (а о месте в сенате совсем не упомянуто); 2) церковные суды у православных на основании данной им королем Сигизмундом грамоты 1511 г. должны совершаться ненарушимо; 3) дозволяются все православные братства даже в тех местах, где прежде они были запрещены, как-то: в Смоленске, Бельске, равно и школы, находящиеся в Киеве и других местах, и типографии, а цензура книг оставляется за митрополитом и епископами в их епархиях; 4) утверждается, чтобы русские священники, не находящиеся в унии, пребывали при своих вольностях, и нигде не были обременяемы никакими налогами, подводами, податьми, денежными сборами, постоями воинскими и работою, и не подлежали никому из светских, кроме своих духовных властей; 5) отдаются православным епископства: Луцкое, Холмское и Витебско-Мстиславское со всеми издавна принадлежащими к ним церквами и с монастырями Жидичинским и Лещинским (хотя и Луцкое и Витебско-Мстиславское епископства уже принадлежали православным); 6) в Перемышльской епархии теперь же, еще при жизни униатского епископа Крупецкого, отдаются православному епископу монастыри: Спасский, Онуфриевский и Смольницкий с их имениями, доселе принадлежавшие Крупецкому, а по смерти его вся Перемышльская епархия со всеми своими маетностями имеет навсегда оставаться за епископом-неунитом; 7) на содержание Витебского и Мстиславльского епископа, не имеющего у себя поместий, назначается половина из имений Полоцкого униатского архиепископа. Затем 8) перечисляются в разных городах Литвы и Польши передаваемые православным церкви, которые назначены были им еще в известных «Статьях» короля Владислава IV, а кроме того, назначаются для передачи православным некоторые церкви и в таких городах: Витебске, Полоцке, Новогрудке, где при Владиславе не дозволялось им иметь ни одной церкви, и дозволяется православным строить новые церкви, деревянные и каменные, на тех местах, где прежде стояли их церкви. Таким образом, оказывается, что Зборовский договор утвержден был на сейме не во всей силе: Киевскому митрополиту не дали места в сенате, и уния не была уничтожена, а только сделала православию незначительные уступки. Православные не были удовлетворены, но спешили воспользоваться и тем, что было дано.