Как бы то ни было, знали или не знали о всем этом московские воеводы, находившиеся в Киеве, но они поспешили написать о своем столкновении с митрополитом Сильвестром сперва к гетману Хмельницкому (27 февраля), а потом и к государю (14 марта). Хмельницкий как местный уроженец, лучше понявший поступок митрополита, чем могли понять московские бояре, отвечал им, что «на том месте острога не делать, потому что та земля митрополичья, софийская и св. церквей, и им, воеводам, прав церковных и даянья православных князей ломать не можно, что он вскоре пошлет о том гонца к государю». В Москве сначала очень прогневались на Коссова, и государь в грамоте своей к Хмельницкому от 27 марта наказывал прислать Киевского митрополита Сильвестра в Москву, чтобы он «в том деле дал о себе исправленье». Но через три дня государь писал уже воеводам в Киев: «Митрополиту Сильвестру, и иных монастырей архимандритам и игуменам, и всяких чинов людям, у которых земля их отойдет под город, скажите, чтоб митрополит о земле, которая у него взята под город, не оскорблялся; по нашему указу вместо тех земель велено им дать из иных земель». А в первых числах апреля государь извещал Хмельницкого в ответ на его ходатайство по делу митрополита: «Мы, великий государь, не только не велим ломать стародавних прав церковных, но и сверх прежнего нашею государскою милостию награждать будем... И митрополита Киевского Сильвестра мы пожаловали, велели дать ему взамен взятой у него земли под город в другом месте столько же и даже больше, где ему будет угодно, и он бы в том оскорбленья никакого не имел». Мало этого. Еще в марте, когда в Москве находилось посольство от гетмана Хмельницкого и запорожского войска с челобитьем об утверждении прав всего малороссийского народа, 14-го числа, «государь указал и бояре приговорили: митрополиту (Киевскому) на маетности его, которыми ныне владеет, дать жалованную грамоту» и тогда же пожаловал, чтобы «права, наданные из веков от княжат и королей как духовным, так и мирским людям, ни в чем не нарушены были». А 21 марта по ходатайству тех же послов «пожаловал митрополиту и всем духовного чина людем на маетности их, которыми они ныне владеют, свою государскую грамоту дать велел». Таким образом решен был общий вопрос о церковных имениях малороссийского духовенства, один из самых жизненных для него вопросов, и оно в этом отношении могло успокоиться.
Но, утверждая за Киевским митрополитом и всем его духовенством, равно и мирянами, их древние маетности, государь в той же самой статье, как читается она в окончательной редакции всех статей, данных тогда по указу государеву гетману Хмельницкому, присовокупил: «А митрополиту Киевскому, также и иным духовным Малой России, быть под благословением святейшего патриарха Московского и всея Великия, и Малыя, и Белыя России, а в права духовные святейший патриарх вступати не будет». Этим затрагивался другой, еще более важный вопрос для всего малороссийского духовенства, вопрос, который беспокоил не одно духовенство, но и мирян. «Немалую печаль, – писал (от 16 марта 1654 г.) православный шляхтич Олекшич к брацлавскому полковнику Богуну, – наводит на нас и всех братий наших, от одной крови идущих и едину Церковь Восточную за матерь почитающих, когда слышим, что патриарх Московский духовным нашим и всему миру христианскому на повиновение себе присягать велит и отступить от пречестнейшего отца, святейшего патриарха Константинопольского, которому в область от св. отцов и от предков наших церкви наши отданы; ради того мы не захотели принять унии и с Костелом Римским, чтобы не противиться пастырю нашему старейшему, которого дал нам Бог». Указывая на это обстоятельство, Олекшич убеждал Богуна, еще не принявшего присяги московскому царю, не принимать ее и оставаться верным польскому королю. Малороссийское духовенство, желая по-прежнему оставаться в подчинении Цареградскому патриарху и исходатайствовать на то соизволение московского государя, а вместе изложить пред ним и другие свои ходатайства и просьбы, решилось отправить к нему от себя особое посольство по примеру того, как прежде ходило в Москву посольство от гетмана и запорожского войска. Приготовления к духовному посольству начались еще в конце мая, когда ездили в Чигирин к гетману для совещаний об этом сам митрополит и печерский архимандрит, и продолжались в течение июня и отчасти июля, как свидетельствуют обозначения времени на грамотах, врученных посольству. Во главе посольства поставлен был игумен киевского Никольского монастыря Иннокентий Гизель; в товарищи ему назначены по одному и по два старца от киевских монастырей: Софийского, Печерского, Архангельского Златоверхого, Братского училищного и Выдубицкого. Посольство отправилось не в Москву, а под Смоленск в стан государя, находившегося тогда в походе против поляков, и прибыло туда 26 июля. А через два дня (28 июля) оно уже было принято государем и поднесло ему грамоты.