Министр иностранных дел Японии переслал 2 декабря в консульство в Гонолулу требование сообщить о положении американского флота на базе Перл-Харбор, а также требовал информировать об их перемещениях. Кроме того, министр интересовался наличием аэростатов заграждения и противоторпедных сетей.
Расшифрованные американцами японские радиограммы из консульств говорили о том, что японцы уничтожили шифровальную технику так называемого «пурпурного кода». Все это были очевидные сигналы приближающейся войны.
3 декабря эскадра пересекла условную линию перемены дат и около 4:00 получили данные, полученные от консульства в Гонолулу через генеральный штаб ВМФ.
Консул сообщал, что на базе Перл-Харбор находятся 6 линкоров, 7 тяжелых крейсеров (в том числе данные о двух были неподтвержденные), 4 легких крейсеров, 18 эсминцев, 4 подводных лодок. Авианосец «Lexington» и 26 других кораблей покинули порт 29 ноября.
4 декабря в инструкции, присланной послу Японии в Вашингтоне, говорилось об уничтожении в последнюю минуту кодов, а также о передаче госсекретарю США К. Халлу последней части дипломатической ноты 7 декабря в 13:00 по вашингтонскому времени, то есть за полчаса до налета (на Гавайях в это время было 7:30).
Планированная на 4 декабря дозаправка в море опять завершилась неудачно из-за плохих погодных условий. Сильная волна вызывала бортовой крен до 45°. В таких условиях о каком-либо маневрировании кораблей не могло быть и речи.
Утром 5 декабря Нагумо приказал снова попытаться дозаправиться. На этот раз дозаправка удалась. Вторая группа снабжения в составе танкеров «Тохо-мару», «Тоэи-мару» и «Нихон-мару» в сопровождении эсминца «Арарэ» легли на обратный курс.
В тот же день Перл-Харбор покинула 12-я ударная группа флота США в составе авианосца «Lexington», тяжелых крейсеров «Chicago», «Astoria», «Portland» и пяти эсминцев. Командовал группой контр-адмирал Джон X. Ньютон, держащий вымпел на крейсере «Chicago». В тот же день Перл-Харбор покинула 3-я ударная группа вице-адмирала Уилсона Брауна, состоявшая из тяжелого крейсера «Indianapolis», пяти эсминцев и нескольких тральщиков.
6 декабря японская эскадра оказалась в 600 милях к северу от Оаху. В 5:30 (время гавайское) поступило сообщение от адмирала Ямомото, содержащее основные положения императорского эдикта. Всем свободным от вахты офицерам и матросам зачитали обращение Императора, в котором глава Японии приказывал полностью уничтожить американский тихоокеанский флот. Вскоре после этого эскадра приступила ко второй и последней заправке в море. Сначала операцию затрудняли погодные условия. Но вскоре море успокоилось и за два часа удалось заправить все нуждающиеся в этом корабли. Затем Первая группа снабжения в составе танкеров «Кенё-мару», «Кёкуто-мару», «Синкоку-мару» и «Кокуё-мару» в сопровождении эсминца повернула назад.
В 11:30 корабли повернули на юг и увеличили скорость до 20 узлов. Чуичи Нагумо получил приказ № 13 адмирала Ямамото. На мачте «Акаги» подняли флаг «Z», который в японском флоте считался знаком победы. Именно этот флаг держал на мачте флагманского линкора «Микаса» адмирал Того, во время Цусимского сражения. Символика флага была связана со словами Императора, который произнес: «Жизнь или смерть нашего государства зависит от этой битвы. Пусть каждый выполнит приказ».
7 декабря поступило сообщение об отсутствии аэростатов и противоторпедных сетей в Перл-Харборе. Эту информацию предоставил агент Йосикава, который лично убедился в отсутствии аэростатов и сетей.
8 полдень (по местному времени) 7 декабря в ФБР завершили перевод с японского на английский стенограмму телефонного разговора, состоявшегося 3 декабря между японским корреспондентом «Иомиури Симбун» и женой местного дантиста госпожой Мотоказу Мори. В ходе разговора задавались вопросы, которые можно было понимать как вопросы об активности американской авиации, численности гарнизона… Затем последовал вопрос: «Какие цветы растут сейчас на Гавайях?» В ответ госпожа Мори упомянула гибискус и пуансетию. Это было кодовое сообщение о том, что авианосцы «Lexington» и «Enterprise» находятся в порту.
С подводной лодки И-72 поступило донесение о том, что в Лахайне нет американских кораблей. Эта информация огорчила Фучиду, так как он рассчитывал застигнуть корабли на рейде, где глубина исключала возможность поднять потопленные корабли.
Тем временем механики в ангарах готовили самолеты первого эшелона. Регулировали двигатели, заливали бензин, юстировали прицелы, проверяли бомбо- и торпедосбрасыватели. Также проверялось и бортовое вооружение самолетов.