За ней на дистанции 500 м шла пятая ударная группа с «Сёкаку», состоящая из трех эскадрилий и возглавляемая капитаном Тотому Хагиварой:
1-я эскадрилья: 41-е, 42-е и 43-е звенья (9 машин);
2-я эскадрилья: 45-е, 46-е и 47-е звенья (9 машин);
3-я эскадрилья: 50-е, 51-е и 52-е звенья (9 машин).
Вся колонна самолетов B5N2, вооруженных бомбами, шла на высоте около 3000 м.
Справа на расстоянии 1000 метров от пятой ударной группы шла тринадцатая ударная группа с «Сорю» под командованием подполковника Такаси Эгусы. За ней в колонне шли остальные группы пикирующих бомбардировщиков. Тринадцатая группа состояла из двух эскадрилий:
1-я эскадрилья: 21-е, 22-е и 23-е звенья (9 машин);
2-я эскадрилья: 24-е, 25-е и 26-е звенья (9 машин).
Следом шла четырнадцатая ударная группа с «Хирю», возглавляемая капитаном Сюн Накагавой. Группа состояла из двух эскадрилий:
1-я эскадрилья: 21-е, 22-е и 23-е звенья (9 машин);
2-я эскадрилья: 24-е, 25-е и 26-е звенья (9 машин).
Двенадцатая ударная группа с «Каги» под командованием капитана
Сабуро Макино состояла из трех эскадрилий:
1-я эскадрилья: 21-е, 22-е и 23-е звенья (8 машин);
2-я эскадрилья: 24-е, 25-е и 26-е звенья (9 машин);
3-я эскадрилья: 27-е, 28-е и 29-е звенья (9 машин).
Колонну замыкала одиннадцатая ударная группа с «Акаги» под командованием капитана Такехико Чиахая, состоявшая из двух эскадрилий:
1-я эскадрилья: 21-е, 22-е и 23-е звенья (9 машин);
2-я эскадрилья: 25-е, 26-е и 27-е звенья (9 машин).
Пикирующие бомбардировщики D3A1 летели на высоте около 3000 метров.
Командир третьей колонны капитан Сабуро Синдо вел свои машины над бомбардировщиками, на высоте 3500 м. Истребители действовали двумя группами (восьмой и девятой). Восьмая группа имела такой состав:
Первая группа истребителей сопровождения с «Акаги» под командованием капитана Сабуро Синдо в составе трех звеньев (1-е, 2-е и 3-е), образующих 1-ю эскадрилью (9 машин).
Вторая группа истребителей сопровождения с «Каги» под командованием капитана Ясуси Никаидо в составе трех звеньев (15-е, 16-е и 17-е), образующих 2-ю эскадрилью
Восьмая и девятая группы составляли авангард второго эшелона.
Слева от первой колонны на удалении 800 метров летела десятая группа капитана Сумио Ноумо. В состав группы входили:
Третья группа истребителей сопровождения с «Сорю» под командованием капитана Фусаты Ииды в составе двух эскадрилий:
3-я эскадрилья: 1-е и 2-е звенья (6 машин);
4-я эскадрилья: 3-е звено (3 машины).
За ней летела четвертая группа истребителей сопровождения с «Хирю» под командованием капитана Сумио Ноумо. Группа состояла из трех звеньев (11-е, 12-е и 13-е), образующих 4-ю эскадрилью.
Из-за технической неисправности строй покинули 3 самолета: 2 пикирующих бомбардировщика D3A1 с «Сорю» и «Хирю», а также один истребитель М6А2 с «Хирю».
В непосредственном подчинении полковника Сигеказу Симазаки находилось 54 торпедоносца-бомбардировщика B5N2, 78 пикирующих бомбардировщиков D3A1 и 35 истребителей М6А2. Всего 167 самолетов.
Курс летчики держали по приборам. Мицуо Фучида скорректировал курс на 5(, ориентируясь на пеленг радиостанции в Гонолулу, которую использовал в качестве радиомаяка.
Радиостанция давала в эфир музыку. В перерыве диктор сообщил о погоде на Гавайях. Фучида узнал, что над целью местами облачность, особенно густая над горами, ветер северный. Это сообщение почти не повлияло на ход операции, поскольку именно такой прогноз и предполагался. Лишь густая облачность в районе гор заставила полковника немного изменить маршрут. Поскольку пилоты все же были знакомы с местностью лишь теоретически, они, пройдя облака, могли сбиться с курса и не сообразить над какой частью острова оказались. Это могло отрицательно сказаться на ходе операции. Поэтому Фучида решил обойти остров с запада и атаковать его с юга. Этому благоприятствовала разреженная облачность над морем и северный ветер. Заходя с юга, пилоты могли визуально корректировать курс на цель.
В 3:05 (7:35) командир экипажа разведывательного гидросамолета с «Чикумы» фельдфебель Масахару Фукуока доложил по радио результаты разведки Перл-Харбора: «Корабли противника стоят на якоре в базе: 9 линкоров, 1 тяжелый крейсер, 6 легких крейсеров». Через три минуты он сообщил метеообстановку: «Ветер несильный с 080(, скорость 14 м/с, нижняя граница облачности над кораблями противника 1700 метров». Вскоре поступило донесение от разведывательного самолета с «Тоне». Командир экипажа фельдфебель Рёзо Нарукава подтвердил информацию, полученную накануне: «Флота противника на рейде Лахайна нет».