Каждый раз, проходя на бреющем полете над ангарами, японские истребители открывали огонь из пулеметов. Над строениями начали подниматься клубы черного дыма.
В 3:59 (8:29) полковник Мицуо Фучида по радио отдал приказ прекратить налет и начать концентрацию перед дорогой назад.
В этот момент торпедоносцы уже были готовы лечь на обратный курс.
Отряд с «Сорю» под командованием капитана Масадзи Суганами не смог найти пункт сбора, поэтому капитан решил вместе со своими товарищами провести самоубийство. Однако по дороге к цели, он заметил истребители с «Хирю», которые последними закончили налет в 4:00 (8:30) и повернул за ними в сторону пункта сбора. В 4:25 (8:55) сбор был закончен и первый эшелон направился к своим авианосцам.
Американцы
Тем временем американские корабли в соответствии с приказом контрадмирала У. Ферлонга поднимали якоря и готовились покинуть Перл-Харбор. Первыми к выходу были готовы эсминцы, которым требовалось меньше всего времени на пуск машин.
В 8:17 эсминец «Helm» заметил небольшую подводную лодку, находившуюся в канале на выходе из базы. Эсминец поднял скорость до 25 узлов и начал атаку. Но лодка внезапно ушла на глубину и контакт с нею был потерян. Спустя семь минут, другой эсминец «Aylwin», пришвартованный к борту «Dale», получил приказ выйти в открытое море. В этот момент над эсминцем появилась группа пикирующих бомбардировщиков, которые начали налет. Эсминец открыл заградительный огонь, затрудняя японцам прицельное бомбометание. Бомбы упали за правым бортом у носа, оказав скорее психологическое воздействие на экипаж корабля.
Тем временем на набережной 1010 полным ходом шли спасательные работы. На шлюпках с поврежденных кораблей раненные доставлялись на берег. Тут их на автомашинах доставляли в госпиталь и полевые перевязочные пункты. Многие раненные, не дожидаясь своей очереди на шлюпки, добирались до берега вплавь.
В 8:30 над базой ВВС США Беллоуз появился одиночный самолет, который открыл огонь из пулеметов по пустой палатке, которая своим силуэтом напоминала затянутый брезентом учебный самолет АТ-6.
В этот момент базу Перл-Харбор покидал очередной эсминец. Это был эсминец «Monagham», который получил приказ действовать в паре с патрульным эсминцем «Ward». Проплывая мимо базы гидросамолетов «Curtiss», на борту эсминца получили сообщение, в котором говорилось о наличии поблизости подводной лодки. Капитан эсминца проигнорировал сообщение, посчитав его невероятным.
Короткий разговор, на боевом мостике все же заставил капитана изменить мнение. Он приказал обнаружить и атаковать подводную лодку. Миниатюрная субмарина в это время уже находилась под огнем нескольких кораблей, находящихся поблизости. Один из снарядов, пущенных с базы гидросамолетов «Curtiss», попал в рубку подводной лодки. В ответ лодка выпустила торпеду, которая прошла рядом с эсминцем «Monagham». Эсминец увеличил скорость и на полном ходу таранил подводную лодку. В 9:08 лодка затонула.
Когда в 8:32 лейтенант Рафф поднимался на мостик линкора «Nevada», он знал, что капитан и многие старшие офицеры находятся на берегу. Старшими на корабле был он и капитан Ф.Дж. Томас. Рафф предложил Томасу попытаться вывести линкор из залива.
В 8:40 «Nevada» вошла в узкий проход рядом линкором «Arizona», двигаясь по горящему на поверхности воды топливу. В этот момент сорвался якорь, линкор по инерции продолжил движение и зарылся в ил. Однако корабль удалось снять с мели, после чего движение к выходу с базы продолжилось.
Коммандер Найчел и коммандер Янг прибыли в штаб главнокомандующего Тихоокеанским флотом адмирала Киммеля. Они доложили ему о выполнении задания и сообщили, что очередные самолеты будут садиться на аэродроме. В 9:08 командование 14-го округа отдало приказ, чтобы корабли, находящиеся в Перл-Харборе, не открывали огонь по летящим самолетам.
В это время 1-й лейтенант Эрл Галлахер (6-S-10) и 2-й лейтенант Уильям Уэст (6-S-5) начали посадку на аэродром на острове Форд. Однако в районе острова они наткнулись на плотный заградительный огонь, поэтому решили отвернуть к базе Барберс-Пойнт. В районе базы собралось вскоре семь самолетов, которые кружили на высоте 150 метров. В 9:40 огонь ослаб, поскольку японские самолеты покинули воздушное пространство над Оаху. Галлахер решил садиться на аэродром Эва. Первыми пошли на посадку машины Галлахера, Добсона и Уэста. Американская зенитная артиллерия, не разбирая, стреляла по всем целям в воздухе. Машины получили повреждения и совершили быструю и рискованную посадку на большой скорости. В 9:45 группа Галлахера приземлилась, но вскоре поступил приказ подняться в воздух и держаться дальше от острова, чтобы не попасть под возможный новый налет.