В 4:37 (9:07) сброшенная с большой высоты бомба попала в линкор в районе 83-го шпангоута. Удар пришелся на правый борт на лодочную палубу. Однако взрыв причинил лишь незначительные повреждения.
Горящие эсминцы, стоящие перед линкором, заставили заполнить док водой.
Другая эскадрилья с «Каги» под командованием капитана Огавы, атаковала линию линкоров. В этот момент ветер разогнал дым над «West Virginia», и именно этот линкор стал объектом атаки.
Сброшенные самолетами второго эшелона бомбы разорвались между «Ogala» и «Helena», причинив обоим кораблям дальнейшие повреждения. Подоспевшие буксиры, которые имели задачей отбуксировать «Ogala» к сухому доку, опоздали.
В 9:30 корабль накренился на борт на 20°. Командир корабля капитан Ферлонг отдал приказ команде покинуть судно. Около 10:00 «Ogala» перевернулась и легла на левый борт на дно в районе набережной 1010.
Крейсер «Saint Louis», стоявший у кнехта В-17 на противоположной от «Honolulu» набережной, снялся с якорей. Во время налета японцев на «Honolulu» крейсер огнем зенитных пушек сумел сбить один японский самолет. Вскоре крейсер начал движение в сторону перевернувшегося линкора «Oklahoma».
В 5:34 (10:04) еще одна японская малая субмарина, сумевшая проникнуть на базу, выпустила в сторону «Saint Louis» две торпеды. Капитан крейсера капитан Руд заметил торпеды по правому борту и приказал изменить курс. Молниеносно принятое решение и энергично проведенный маневр спасли корабль. Торпеды прошли мимо и попали в коралловый риф у входа в канал.
Полковник Мицуо Фучида в поврежденном самолете все это время кружил над Перл-Харбором. Он координировал действия первого и второго эшелонов, указывая командирам частей наиболее важные цели, в том числе уцелевшие или мало поврежденные корабли.
В ходе полета он фотографировал акваторию и по радио передавал вице-адмиралу Нагумо о результатах действий летчиков.
В 5:15 (9:45) атака второго эшелона в целом завершилась. Фучида направил свой самолет на сборный пункт. Там он соединился с группой истребителей и вместе с ними лег на обратный курс.
Все самолеты, участвовавшие в налете на Перл-Харбор и авиабазы на Оаху, которые получили серьезные повреждения, направились в сторону Каэна-Пойнт, где приводнялись в районе острова Нихау. Там экипажи подбирала патрулирующая эти воды японская подводная лодка.
Возвращение
Ударная эскадра вице-адмирала Нагумо находилась в 190 милях к северу от Оаху. Это сближение Нагумо провел по согласованию начальником штаба Кусакой, желая собрать как можно больше самолетов потративших топливо или получивших повреждения. Во время налета самолеты могли получить, например, пробоины бензобаков, и потерять много топлива, что сделало бы невозможным дальний перелет.
Около 5:40 (10:10) первые самолеты первого эшелона появились над авианосцами. Самолеты возвращались группами и поодиночке. Вскоре машины начали садиться на палубы авианосцев. Сильный боковой ветер и высокая волна затрудняли посадку. Палубные расчеты сбрасывали за борт сильно поврежденные самолеты, освобождая место для очередных машин.
Командиры частей по возвращении на авианосцы докладывали о ходе и результатах налета. Эта информация обрабатывалась и передавалась на «Акаги». Оперативный офицер Сего Масуда делал пометки на большой черной доске, подвешенной на рубке «Акаги». Около полудня приземлился самолет Мицуо Фучиды.
Едва приземлившись, Фучида получил приказ от Нагумо явиться к нему на боевой мостик. У рубки полковник задержался, чтобы сверить свои результаты с результатами на доске. Полковник рассчитывал на нормальное совещание, на котором он мог огласить итоги, однако Нагумо поторопил полковника, не дав ему подготовиться.
Фучида предстал перед Нагумо и офицерами его штаба. Он коротко описал ход налета, а затем ответил на вопросы. Его спрашивали о том, какие повреждения получили корабли и насколько долго они вышли из строя. Фучида рассказал о бомбежке доков, складов топлива и одиночных кораблей. Свой доклад он закончил предложением повторить налет на линкоры. Начальник штаба Кусака возразил Фучиде, заявив, что слишком велика вероятность контрудара американцев.
Разговор дальше крутился вокруг возможности налета американской авиации, которая могла подняться как с острова, так и находящихся неподалеку авианосцев. До сих пор не удалось выяснить местонахождения авианосцев. Генда заявил, что серьезной угрозы нет, и любые попытки американцев контратаковать будут пресечены японскими истребителями. Генда предложил заправить и вооружить самолеты и атаковать американские корабли в открытом море, чтобы в корне пресечь всякую возможность для контратаки.