Торпеды, подготовленные к налету на Перл-Харбор, отличались повышенной надежностью. Все они оснащались деревянными стабилизаторами, закрепленными на металлическом оперении торпеды. Небольшие стабилизаторы, установленные перед рулями с обеих сторон, помогали торпеде держать нужную глубину сразу после сброса. После того, как торпеда выходила на нужную глубину, стабилизаторы на ее оперении помогали торпеде удерживать глубину и курс. Пилоты, проводившие опытные сбросы, определили, что лучших результатов удавалось добиться при угле атаки 17–20 гр. Если торпеду сбрасывали с большой высоты, она зарывалась в дно залива. Если торпеду сбрасывали на большой скорости, то при ударе о воду повреждались стабилизаторы и торпеда могла отклониться от курса. Пилоты сами решали с какой высоты им сбрасывать торпеду. Каждый из них ощущал на себе огромный груз ответственности. Все этапы атаки он должен был проводить по своему усмотрению (выбор цели, дистанция до цели, скорость самолета, коррекция высоты сброса, сближение с целью). Простая ошибка в оценке дистанции до цели могла привести к тому, что запал торпеды не успевал привестись в боевое положение.
Проблему представлял и сам процесс оснащения торпед стабилизаторами. До 15 октября арсенал мог собрать 30 торпед. Другая партия в 50 торпед должна была поступить в последних числах октября. Еще одна партия в 100 торпед могла быть доставлена не ранее конца ноября. Однако командование настаивало на интенсификации тренировок, что заставило ускорить работы над торпедами. В результате в период с 30 октября по 4 ноября удалось получить достаточное для учений число торпед. Первые испытания со сбросом на глубине 12 метров прошли успешно. Все оставшееся время экипажи отрабатывали элементы атаки в море между островами Кюсю и Окинава. В конце октября самолеты в двух группах прошли двухнедельную практику. Учебные воздушные бои вела группа, состоявшая из истребителей А6М2. Другая группа, составленная из бомбардировщиков-торпедоносцев B5N2 и пикирующих бомбардировщиков D3A1, отрабатывала бомбометание по надводным и наземным целям. В каждой группе из девяти бомбардировщиков-торпедоносцев четыре лучших экипажа отрабатывали сброс торпед. Летчиков доставили на базу в Кагосиме и там они отрабатывали заход на цель и уход из-под заградительного зенитного огня в районе цели. План полета заключался в следующем. На высоте 2000 м самолеты выходили к городу Сакурадзима. Далее, командир звена снижался до 500 м и вел звено по дуге над долиной реки Коцуки, имитирующей долину между горными гребнями на острове Оаху. Следующее снижение до 50 метров проводилось над долиной Ивасакидани (имитирующей район к югу от Перл-Харбора), а над базой Кагосима самолеты снижались до 15 м, отрабатывая заход на цель. Отрабатывались взлет в темноте, а также ночная торпедная атака.
К тому времени, как в строй встали авианосцы «Сёкаку» и «Дзуйкаку», экипажи четырех авианосцев находились в непрерывных тренировках. Благодаря этим мерам удалось заметно поднять боеспособность кораблей, а также наладить взаимодействие между моряками и летчиками. 8 августа в строй встал авианосец «Сёкаку» и немедленно подключился к маневрам. Покинув базу в Йокосуке, авианосец прибыл в залив Ариаке и там вошел в состав 5-го дивизиона авианосцев. В течение двух месяцев экипажи самолетов авианосца проходили курс ускоренной подготовки, отрабатывая взлет и посадку на палубу. 25 сентября в строй встал и авианосец «Дзуйкаку».
Кульминацией маневров стал сбор 3 ноября всех шести авианосцев с кораблями сопровождения в заливе Ариаке. На следующий день, 4 ноября, эскадра провела генеральную репетицию налета на Перл-Харбор. Авиационные дивизионы, ведомые лично Мицуо Фучидой, поднялись с палуб четырех авианосцев (5-й дивизион в операции не участвовал) и провели атаку цели в заливе Кагосима. Самолеты обнаружили и атаковали двумя эшелонами цель, удаленную на 200 миль от авианосцев. Первый эшелон атаковал в 7:00, в 8:30 атаковал второй эшелон. На расстоянии около 20 миль от Саэки полковник Фучида отдал приказ начать атаку. Пикировщики D3A1 набрали высоту, а торпедоносцы B5N2, напротив, снизились. Целями для самолетов служили японские линкоры, участвовавшие в маневрах. В составе второго эшелона были пикировщики D3A1 и самолеты B5N2 в бомбардировочном варианте. Во втором эшелоне не было торпедоносцев по той причине, что на этой стадии атаки уже не предусматривался элемент внезапности. Пикирующие бомбардировщики отрабатывали бомбометание на плавучих целях, а торпедоносцы-бомбардировщики упражнялись в районе аэродрома Саэки. В 9:30 маневры завершились. Корабли, участвовавшие в маневрах, возвратились в залив Ариаке. Вечером на авианосец «Акаги» прибыл адмирал Ямамото.