Во время совещания, состоявшегося на борту авианосца, адмирал подтвердил сведения о идущих переговорах с американцами, а также о продолжающейся параллельно подготовке к войне. Был разобран ход учений, упомянуты обнаруженные трудности, в частности, недостаточно надежное действие боевых головок торпед. Кроме того, торпеды все еще часто уходили на слишком большую глубину, что в условиях мелководья Перл-Харбора означало зарывание торпеды в грунт.
7-8 ноября 1941 года Минору Генда прибыл в Кагосиму на совещание с пилотами торпедоносцев. Главной темой совещания был способ уменьшить глубину погружения торпед. Было предложено два способа. Первый, уже известный способ заключался в сбросе торпед с высоты 20 м на скорости не более 100 узлов. Второй способ состоял в том, что при той же скорости самолет следовало снизить до 10 м, а его нос наклонить вперед на 1,5°. Второй, совершенно новый способ, был тут же опробован командующим авиабазой в Кагосиме Сего Масудой. Ему удалось добиться 80 % попаданий. 5 ноября проводились учения с участием истребительных групп. В 9:00 истребители «Зеро» начали бой на удалении 8 миль к северу от атакованной цели, имитируя отражение контрудара американской авиации с баз на острове Оаху. Учения завершились в 11:40. Была отработана техника отражения атаки американских истребителей.
Тем временем адмирал Ямамото старался убедить начальство в необходимости провести неожиданный налет на Перл-Харбор. План нападения был представлен начальнику Генерального Штаба адмиралу Осами Нагано. Подробный план, подготовленный Ямамото, должен был стать последним аргументом, убеждающим морское командование в успешности всей операции. В период с 11 по 16 сентября в Императорской Академии ВМФ проводились штабные учения, отрабатывающие план воздушной атаки Перл-Харбора. В ходе учений стало ясно, что затопленные в мелководном заливе американские линкоры могут быть в короткое время подняты, отремонтированы и возвращены в строй. Атака была бы более эффективной, если бы ее проводили в глубоких водах Лахайни. Затопленные там корабли были ли бы потеряны для американцев навсегда. В ходе учений была назначена первая дата налета на Перл-Харбор — 16 ноября 1941 года. Однако эта дата была слишком близкой, чтобы авиация и флот смогли подготовиться к операции. Официально штабные учения завершились 20 сентября 1941 года.
В Генеральном Штабе ВМФ 24 сентября 1941 года, в оперативном отделе главнокомандующий флотом адмирал Ямамото участвовал в дискуссии, посвященной налету на Перл-Харбор. Одним из аргументов был тот факт, что имевшихся запасов топлива хватало бы на 18 месяцев боевых действий. Если Япония думала о проведении войны, то ее следовало бы начать немедленно, или забыть о ней навсегда. В ходе дискуссии столкнулись взгляды двух школ. Консерваторы считали необходимым сначала ударить на юге, и лишь в случае вступления Соединенных Штатов в войну, подготовиться к решающей битве, которая должна была произойти недалеко от Японии. Фактически, эти адмиралы намеревались провести еще одно Цусимское сражение. Сторонники адмирала Ямамото думали иначе. Они видели перспективы, открываемые авианосцами. Эффективность палубой авиации уже была доказана в ходе войны с Китаем. Конец спорам положил адмирал Ямамото, который заявил, что раз он занимает должность командующего, то всем следует исполнять его приказы.
24 сентября министр иностранных дел в зашифрованной телеграмме японскому консулу в Гонолулу приказал выяснить расположение американских кораблей. Особое внимание следовало уделить кораблям, пришвартованным парами. Базу в Перл-Харборе поделили на пять зон, это должно было облегчить обмен информацией.
4 ноября 1941 года во время заседания командования императорского ВМФ было принято решение о начале войны. На следующий день объединенный флот получил приказ № 1.7 ноября датой нанесения удара по Перл-Харбору было объявлено 8 декабря.
13 ноября «Акаги» поднял якоря и направился в сторону Кагосимы. На борт авианосца прибыли летные офицеры: Мурата, Фучида и Масуда. После полудня на борт «Акаги» прибыл адмирал Нагумо со своим штабом. Тем временем другие авианосцы эскадры принимали авиационные экипажи. Переброска большого числа техники и живой силы на авианосцы оказалось делом достаточно сложным. Провести операцию незаметно для американцев можно было только при известной подготовке и растянутости во времени. 16–17 ноября авианосцы «Сёкаку», «Дзуйкаку», «Сорю» и «Хирю» приняли на борт полный комплект самолетов.