С изменением политики правительства Екатерины II механизм преследования иномыслящих духовным ведомством стал действовать значительно более результативно. Донос уже известного нам протоиерея московского Архангельского собора Петра Алексеева на Н. И. Новикова послужил поводом для ареста просветителя. Новиков был на 15 лет брошен в Шлиссельбургскую крепость, а изданные им книги конфискованы. „Но если думаешь, что хулением Всевышний оскорбится, - урядник ли благочиния может быть за него истец?" - иронически вопрошал А. Н. Радищев. „Может!" - отвечало духовное ведомство. Сочинения Радищева были найдены „противными закону божьему, десяти заповедям, Священному писанию, православию и гражданскому закону". В 80-х годах XVIII века на улицах русских городов запылали огромные книжные костры, в которых горели и сочинения Ломоносова. Только в октябре 1793 года служащими духовного ведомства было сожжено 18 656 экземпляров книг. В 1797 году была организована особая духовная цензура с широкими полномочиями. В соответствии с волей правительства ее чиновники усиленно искореняли в государстве „заразу" свободной мысли.
Духовная цензура не делала скидки на жанр преследуемых книг, их происхождение и время создания. Русская и иностранная, научная и художественная литература равно подвергалась усекновению и запрещению. Из десятков тысяч цензурных операций вспомним лишь несколько эпизодов. От красного карандаша пострадали „Мертвые души" Н. В. Гоголя, многие места были вычеркнуты из его полного собрания сочинений, издававшегося в 1853 году. М. Загоскин, чтобы издать свои произведения, должен был переделывать их по указаниям церковных властей. В 1866 году духовная цензура наложила арест на „Рефлексы головного мозга" И. М. Сеченова; автора предлагалось сослать на Соловки „для смирения и исправления". В тех же 60-х годах было запрещено издание перевода романа Жюля Верна „Путешествие к центру Земли".
Понятно беспокойство П. И. Мельникова-Печерско-го (редактора газеты „Русский дневник"), писавшего в 1858 году историку М. П. Погодину: „Попов боюсь. Впрочем, употреблю все средства, чтобы в духовную цензуру не пошло. А ведь эти господа… делают такие пакости, каких не видано и не слыхано". Мельников-Печерский забыл о том, насколько взаимосвязаны ведомства Российской империи: его отзыв о духовной цензуре был прочитан почтовым ведомством и записан в III Отделении.
В 1866 году редактор „Дела" Г. Е. Благосветлов писал русскому врачу, революционеру и публицисту Павлу Якоби: „Пока давящая сила не ослабнет, пишите серьезные статьи по естественным наукам, но только не касайтесь религии. Пока это строго запретный плод". Письмо, разумеется, оказалось в том же Секретном архиве III Отделения [21]. К тому же довольно благонамеренный Благосветлов ошибался - печатать научные труды было также затруднительно, причем чем далее, тем хуже. Преследовались русские ученые К. Ф. Рулье, Т. Н. Грановский и многие другие (неприятности с цензурой имели даже Мечников, Менделеев и Тимирязев). Труды немецкого естествоиспытателя Эрнеста Геккеля запрещались в России в 1873, 1879 и 1902 годах (последние два раза они были сожжены). В 1886 году по настоянию духовной цензуры была запрещена книга известного французского астронома К. Фламмариона, а в 1893 году в списки запрещенных книг попала „Автобиография Земли" выдающегося ученого Г. Н. Гетчинсона. Преследовались книги Чарлза Дарвина, запрещались также сочинения о нем.
Цензурные „приключения" сочинений М. Е. Салтыкова-Щедрина могли бы составить целую повесть. Духовная цензура „растерзала" весь шестой том сочинений Н. С. Лескова, в довершение всего уничтожив тираж книги. „Подлое самочинство и самовластие со стороны всякого прохвоста" увидел в этом деянии автор, крайне нелестно отзывавшийся о „попах толстопузых". А при попытке издания сочинений А. И. Герцена в 1893 году из 4 тысяч страниц цензура вымарала более 3 тысяч! „Не везло", впрочем, и Гл. Успенскому, и Некрасову, и Короленко, и Шевченко, и Чехову, и многим другим отечественным писателям, а из иностранцев - Г. Флоберу, Э. Золя, А. Франсу, Г. Гейне, А. Барбюсу… Не забывала духовная цензура и старые произведения: чиркала Ломоносова, многократно запрещала и уничтожала труды Вольтера, Дидро, Гоббса. Гельвеция - костры из их книг горели и в конце XIX века! „Путешествие" Радищева по требованию духовной цензуры „удостоилось" сожжения в 1903 году.
Наконец, следует подчеркнуть, что от цензурных и иных преследований не были избавлены старообрядцы и даже вполне ортодоксальные церковные писатели. Например, труды профессора Московской духовной академии Н. Ф. Каптерева были подвергнуты „урезанию", а затем и полному запрещению. Под гнетом духовного ведомства русская православная церковь все более и более сдавала свои общественные позиции.