В 1970 г. он защитил докторскую диссертацию: «Роль государства в регулировании социалистической экономики». В 1976 г. Л.И. Абалкина пригласили на должность заместителя заведующего кафедрой проблем управления в Академии общественных наук при ЦК КПСС, тогда же он становится консультантом Брежнева. В 1978 г., когда АОН объединилась с Высшей партийной школой, возникла вакансия заведующего кафедрой политэкономии. Роль заведующего кафедрой политэкономии главного партийного высшего учебного заведения страны в те годы было трудно переоценить. Она была суть политическая, ключевая в плане подготовки кадров по важнейшей дисциплине, от уровня преподавания которой во многом зависели статус и положение выпускников одного из самых престижных учебных заведений страны.
В качестве заведующего кафедры, а по сути главного экономиста страны, Л.И.Абалкин проработал 8 лет. В этот период его избрали членом-корреспондентом Академии наук СССР и в 1986 г. назначили директором Института экономики АН СССР, которым он остается по сей день.
Конец 80-х – начало 90-х годов был, наверное, самым драматическим периодом в новейшей истории нашей страны. Он ознаменовался коренными изменениями в созданном за годы Советской власти хозяйственном и политическом механизме. Горы накопившихся проблем во всех сферах жизни государства вызвали необходимость пересмотра основополагающих принципов управления страной. Леонид Абалкин получил в эти годы редчайшую для себя возможность не только наблюдать происходившие процессы изнутри, но и быть их непосредственным участником.
Началось все летом 1988 г., когда Л.И. Абалкин был избран делегатом XIX партийной конференции от Севастопольского района Москвы. В этом уникальном районе на относительно ограниченной площадке были сосредоточены многие ведущие исследовательские центры страны: Институт экономики, Институт мировой экономики и международных отношений (директор – академик Е. Примаков), Институт экономики мировой социалистической системы (директор – академик О.Богомолов), Центральный экономико-математический институт (директор – член-корр. В. Макаров), Институт народно-хозяйственного прогнозирования (директор – член-корр. Ю. Яременко), Институт Дальнего Востока (директор – доктор экономических наук М. Титаренко), Институт социологии (директор – доктор философских наук В. Ядов), Институт научной информации по общественным наукам (директор – академик В. Виноградов). В процессе выбора делегатов на партийную конференцию состоялись многочисленные встречи Л.И. Абалкина с коммунистами этих институтов и района в целом. Было высказано много напутствий, наказов, были и письменные резолюции с оценкой сложившегося положения в экономике страны и с предложениями о путях выхода из кризиса. Все это, а также опора на достаточно мощный научный потенциал Института экономики АН СССР, не могло не отразиться на содержании выступления Л.И.Абалкина с трибуны конференции.
Выступление академика запомнилось многим, но понравилось далеко не всем. В нем была дана достаточно жесткая оценка ситуации и со всей определенностью сказано, что радикального перелома в экономике не произошло, из состояния застоя она не вышла, что задачи одновременного количественного роста и качественных изменений в народном хозяйстве страны являются несовместимыми. Выступление вызвало многочисленную критику со стороны делегатов конференции и жесткую оценку со стороны Генерального секретаря ЦК КПСС М.С. Горбачева, который усмотрел в выступлении следы «экономического детерминизма». После выступления к Л.И. Абалкину неожиданно подошел член Политбюро ЦК КПСС, Председатель Совета Министров СССР Н.И. Рыжков. С Николаем Ивановичем Л.И.Абалкин был знаком в течение нескольких лет. Отношения между ними хотя и были строго официальными, но складывались исключительно на доброжелательности и взаимном уважении. Н.И.Рыжков протянул руку и, долго не отпуская ее, сказал: «Надо поговорить». Вскоре после этого последовали встреча с Н.И. Рыжковым и постановление Президиума Совета Министров СССР «О рассмотрении предложений Института экономики Академии наук СССР по совершенствованию проводимой в стране экономической реформы», в котором Л.И. Абалкину предлагалось в срок до 1 декабря представить соответствующие материалы в Совет Министров СССР.