В середине 1989 г. экономическая ситуация в стране находилась еще под контролем, а рычаги управления не были выпущены из рук, хотя уже начали давать сбои. Вместе с тем, начало деятельности правительства совпало с все более углубляющимся экономическим кризисом: темпы роста общественного производства стремительно снижались, приближаясь к нулевой отметке; дефицит бюджета в 1989 г. мог обернуться беспрецедентной суммой, доходящей до 120 млрд. руб.; тяжелым грузом на самом бюджете лежали различного рода дотации, превышавшие 100 млрд. руб.; демократические лозунги и требования безграничной свободы хозяйственной деятельности резко ослабили контроль над ростом денежных доходов.
Проявлялись крайне негативные и, в конечном счете, оказавшиеся катастрофическими тенденции и в политической сфере. Начались первые, печально известные, массовые забастовки в угольной промышленности, разрушение традиционных структур административной системы управления, которое существенно опережало формирование рыночных механизмов, нарастали центробежные силы сепаратизма в республиках Советского Союза, вновь избранные Советы были недееспособны – все это привело вскоре к почти полной потере управляемости экономики.
Обстановка в стране складывалась таким образом, что правительству надо было принимать немедленные меры по стабилизации экономики уже в 1989 г., так как ситуация к началу 1990 г. грозила стать критической. Первой задачей нового правительства, в составе которого Л.И. Абалкин стал курировать вопросы экономической реформы, была подготовка развернутой программы оздоровления экономики, решения социальных задач, связанных с разработкой предстоящего 13-го пятилетнего плана (в срок до 1 сентября 1989 г.). В соответствии со сделанными в памятном докладе выводами, а также разработанными планом и бюджетом на 1990 г. намечалось осуществление крупных структурных передвижек в народном хозяйстве. В результате планировалось увеличить производство потребительских товаров при относительном замораживании выпуска средств производства, что соответствовало переориентации экономики на решение социальных задач, на насыщение потребительского рынка. Впервые план сводился не как сумма отраслевых разработок, а на основе определения важнейших макропропорций. Прежде всего, предполагалось сделать крупный шаг по ликвидации дефицита государственного бюджета, уменьшив его вдвое, ограничить величину денежной эмиссии, обеспечить прирост розничного товарооборота. Одновременно необходимо было вытеснить из практики регулирования народного хозяйства старые, отжившие методы, когда все внимание концентрировалось не на экономических, а на чисто технических параметрах, на составлении сотен и тысяч балансовых расчетов, детальной росписи конкретных заданий, доводимых вплоть до каждого предприятия.
На первое место среди мер по стабилизации экономики выдвинулась задача регулирования денежных доходов населения и достижения их соответствия с реальным предложением товаров и услуг. Этим требованиям соответствовало введение налога на прирост оплаты труда. Последовательное и жесткое применение этой налоговой системы позволило бы стабилизировать ситуацию в экономике, в особенности на потребительском рынке.
Необходимо было и заложить юридическую базу для экономической реформы: разработать и представить на рассмотрение в Верховный Совет СССР целый, согласованный пакет принципиально новых законодательных актов. Это были проекты законов о собственности, о земле, об аренде, о налогах, о переводе республик на принципы самофинансирования, а также законы, предусматривающие поправки к законам о предприятии и кооперации.
Все эти документы готовились при непосредственном руководстве и участии Л.И. Абалкина, представлялись на рассмотрение Верховного Совета СССР, Съездов народных депутатов. В сложных, порой драматичных, дебатах экономический блок, возглавляемый Л.И. Абалкиным, занял демоцентристскую позицию, поскольку она сочетала признание необходимости сохранения и обновления централизованных методов регулирования экономики с широким развитием демократических начал в управлении производством и всеми сферами общественной жизни.
Много внимания уделялось организации управления ходом экономической реформы. С этой целью в конце 1989 г. Л.И. Абалкин приступил к формированию созданной по решению Съезда народных депутатов Государственной комиссии Совета Министров СССР по экономической реформе. Она была призвана разрабатывать научные основы и принципы управления экономикой в условиях радикальной реформы, осуществлять подготовку предложений по совершенствованию различных элементов хозяйственного механизма, организацию изучения зарубежного опыта. Она должна была также осуществлять координацию деятельности центральных экономических органов по подготовке методических и нормативных актов, необходимых для осуществления экономической реформы. В ее состав вошли академики А. Аганбегян и С. Шаталин, член-корреспондент АН СССР В.Мартынов, крупные специалисты по проблемам управления профессора Р. Евстигнеев, Г. Егиазарян, Б. Мильнер. Разработка концепции радикальной экономической реформы стала главной заботой комиссии и ее председателя.