Отчисления от торговли гуано дали дополнительный, хотя и негарантированный источник поступлений в казну, и перуанское правительство поспешило почти полностью отменить налоги с прибылей, что сильно ударило по одной из весьма доходных статей государственного бюджета. К тому же в результате постоянно увеличивавшихся поставок гуано на мировой рынок цены на удобрение резко упали. Это не было предусмотрено соглашениями об авансах, предоставлявшихся иностранными фирмами в счет будущих поставок. Быстрыми темпами стал расти внешний и внутренний долг Перу. Тяжелое положение страны усугубил мировой экономический кризис, влияние которого в Перу стало ощущаться в 1874 г.
Бурный период перуанской истории, насыщенный частыми политическими и финансовыми скандалами, связанными с махинациями вокруг гуано, завершился войной с Чили — Второй Тихоокеанской войной (1879–1883). Эту войну не случайно еще называют Селитряной, ибо она разгорелась из-за территорий, богатых селитрой. Дело в том, что чилийские предприниматели добывали это ценное ископаемое в районах, принадлежавших Боливии (район Антофагасты) и Перу (провинция Тарапака). Когда финансовые дела Перу зашли в тупик, перуанское правительство решило поправить их за счет селитры. Все запасы селитры (в том числе и уже добытой) оно объявило государственной собственностью.
В это время Боливия, с которой Перу в феврале 1873 г. заключила тайный военный договор на случай войны с Чили, ввела новые пошлины на добываемую и экспортируемую селитру. Чилийские предприниматели отказались их платить, в ответ на это боливийские власти наложили секвестр на имущество чилийской селитряной компании. Спустя несколько дней чилийские войска высадились в Антофагасте и подняли там флаг Чили. Перуанское посредничество не дало никаких результатов. 5 апреля 1879 г. Чили объявила войну Боливии и Перу.
Не последнюю роль в возникновении войны сыграли острые конфликты между ведущими государствами капиталистического мира, порожденные борьбой за влияние в этом регионе, прежде всего противоречия между США и Англией. Именно эти державы толкали южноамериканских соседей на братоубийственную Тихоокеанскую войну.
Уже в начале военных действий Англия недвусмысленно дала попять, что поддерживает Чили. Это объяснялось не только огромными английскими инвестициями в чилийскую экономику, но и тем, что Англия была главным торговым клиентом Чили, что англичане предоставили к тому времени чилийскому правительству девять крупных займов. Инвестиции английских капиталов были значительны и в Перу, и в Боливии, по оба эти государства, испытывая финансовый кризис, уже давно не выплачивали процентов по английским займам. Не могла, естественно, встретить одобрения среди предпринимателей Англии и национализация селитряных месторождений, проведенная перуанским правительством.
Позиция другой капиталистической державы — США — по проблемам, связанным с Тихоокеанской войной, внешне могла показаться античилийской. Действительно, в первый период войны, когда еще нельзя было предвидеть ее исход, североамериканская дипломатия оказывала моральную поддержку Перу. Позднее, когда перевес оказался на стороне Чили, США, боясь, что селитряные разработки окажутся в ее собственности, стали выступать в роли посредника между воюющими сторонами (своим посредничеством США не только не привели к примирению, а спровоцировали дальнейшее развертывание войны).
Успешно начатые операции чилийских войск в пустыне Атакама временно были приостановлены из-за бездорожья и трудностей в снабжении частей. Центр тяжести чилийцы перенесли в прибрежные воды Тихого океана. 8 октября 1879 г. произошло решающее морское сражение у мыса Ангамос, где, несмотря на героическое поведение перуанских моряков во главе с адмиралом Грау (он был убит в этом бою), чилийский флот одержал победу.