Чтобы форсировать события, потребовалось вмешательство императора. «Я должен обратить ваше внимание на тот непреложный факт, что вашим священным долгом является сейчас заняться своим здоровьем, — писал он своему племяннику. — Вам надлежит уехать в тихое место в горах, и так быстро, насколько это возможно, и вести там спокойную жизнь… и прежде всего следуйте инструкциям вашего лечащего доктора буквально и до последней детали. Это единственный способ улучшить ваше здоровье, и я надеюсь, хотя бы ради меня, что вы проявите немного терпения и настойчивости, пусть даже ваша жизнь будет достаточно однообразной».
Франц Фердинанд с неохотой согласился с императрицей, чтобы ему возвели дом в отдаленном уголке Доломитовых Альп, где, как он надеялся, горный воздух поможет ему вылечить слабые легкие. Эрцгерцог нашел, что принудительный отдых достаточно труден. Неусидчивый по натуре, он коротал свои дни в стрельбе по ветвям рядом стоящих деревьев и игрой со своим маленьким фокстерьером Муки. «Никто не сможет выдержать такое, — пожаловался он в конце концов. — Вы посадили меня под замок, подобно дикому животному». Столкнувшись с таким неусидчивым пациентом, Айзенменгеру пришлось в итоге сказать эрцгерцогу правду о его туберкулезе. Помрачневший Франц Фердинанд ничего не ответил, но его отец Карл Людвиг, приехавший тогда повидать сына, был не таким сдержанным. «Мой сын, — невесело поделился он с Айзенменгером, — никогда не поправится».
Эрцгерцогиня Мария Тереза убеждала Айзенменгера быть более энергичным и категоричным в своих рекомендациях пациенту, тонко демонстрируя, как это можно делать: «Франци, слишком ветрено. Надень свое пальто», «В этой комнате слишком накурено», «В такой холод ты не должен выходить на улицу ночью». Эрцгерцог всегда слушался, но Айзенменгер не имел над ним такой власти, как Мария Тереза. Думая, что, возможно, удастся добиться большего успеха в других условиях, он предложил провести продолжительный отдых в Египте, что позволило бы эрцгерцогу переключиться и оказаться в более теплом и сухом климате.
Неприятности последовали, как только Франц Фердинанд прибыл в Каир. «Я нуждаюсь в покое», — признавался эрцгерцог и просил избавить его от приемов и торжественных встреч. Но как только он прибыл в отель Gezireh, он увидел в холле посла Австрии графа Хайдлера фон Эггерегга (Heidler von Eggeregg) в окружении работников посольства, готовых к торжественной встрече. Франц Фердинанд промчался через холл и скрылся в своих покоях, отказавшись выходить. «Я намеренно повел себя так плохо, — признавался он, — чтобы показать, что никто не сможет меня заставить делать то, что я не хочу!» Граф пришел в ярость и говорил о том, что эрцгерцог должен доказать своим поведением, что достоин трона. Он отомстил несколько недель спустя, во время воскресной мессы. Франц Фердинанд попросил, чтобы его посадили вместе со всеми собравшимися. Но граф проигнорировал его просьбу и посадил его на возвышении в передней части собора, где эрцгерцог оказался на всеобщем обозрении на протяжении всей службы. Это было то, что эрцгерцог ненавидел больше всего. «Я не могу вынести, когда люди глазеют на меня!» — жаловался Франц Фердинанд.
После прогулок по музеям, посещения пирамид и совершения покупок на каирском базаре эрцгерцог взял в аренду лодку для совершения путешествия по Нилу. На первых порах это принесло приятную смену декораций: широкое и спокойное течение реки, нищие дети, собирающие прибрежный камыш, луна, поднимающаяся над древними монументами. На борту судна проходили даже выступления группы танцовщиц, хотя Франца Фердинанда это и не забавляло. Со временем его лодка стала для него похожей на тюрьму. «Если бы кто-нибудь знал, как я страдал от одиночества на борту этого орудия пытки XIX века! — писал он своей мачехе. — Нельзя описать словами, как я скучал по вам все это долгое время… А теперь я целую ваши руки и безумно жду вашего прибытия, которое спасет меня от этого бреда сумасшедшего!»
Его состояние постепенно улучшилось, хотя эрцгерцог порядком уже устал от своей болезни. Он совершил путешествие в Ривьеру, где завел дружбу с больным туберкулезом великим князем Георгием Александровичем, братом царя Николая II. Он был очень удивлен тем, что Георгий мог делать все, что ему вздумается, в то время как его жизнь находилась под контролем Айзенменгера. «Он ходит в казино, в театр и на балы, — жаловался он Айзенменгеру, — в то время как я живу фактически под замком. Я не буду больше подчиняться!» Но заботами Айзенменгера Франц Фердинанд был фактически спасен, в то время как великий князь в конце концов умер, однако эрцгерцог видел только негативные стороны своей изоляции. Газетная вырезка из будапештской газеты, попавшая к нему в руки, ничем не улучшила его настроения. В статье сообщалось, что эрцгерцог серьезно болен; если он умрет — венгерские борцы за свободу будут счастливы. «Для меня это является решительно непонятным, — писал он в гневе. — И такое возможно только в Венгрии, когда одной из самых читаемых газет страны, в которой еще правит монархия, разрешается на своих страницах печатать такой унизительный текст, позорящий Правящий Дом». Это событие лишь еще больше укрепило его предубеждение к своим будущим венгерским подданным.