Правда, С. Платонов отмечает, что «…борьба, тянувшаяся четверть века, окончилась полной неудачей. Причины неудачи находятся, конечно, в несоответствии сил Москвы с поставленной Грозным целью. Но это несоответствие обнаружилось позднее, чем Грозный начал борьбу: Москва стала клониться к упадку только с 1570‐х годов. До тех же пор ее силы казались громадными не только московским патриотам, но и врагам Москвы. Выступление Грозного в борьбе за Балтийское поморье, появление русских войск у Рижского и Финского заливов и наемных московских каперских судов на Балтийских водах поразило Среднюю Европу… Принимались меры к тому, чтобы не допускать ни московитов к морю, ни европейцев в Москву и, разобщив Москву с центрами европейской культуры, воспрепятствовать ее политическому усилению». Таким образом, Ливонская война помещалась историком в область векового противостояния России и Запада, являлась примером козней Европы против русских.
Эти идеи получили развитие в советской исторической науке, которая, впрочем, посвятила войне всего одну монографию «Ливонская война» (1954), написанную в ключе сталинских историографических установок. Ее автор, Владимир Королюк, утверждал, что сущностью международной деятельности России в ХVI веке было осуществление «широкой внешнеполитической программы», начатой еще Иваном III. Она заключалась в борьбе на трех направлениях: с татарскими ханствами, возникшими на обломках Золотой Орды, с Великим княжеством Литовским и Королевством Польским за захваченные ими украинские и белорусские земли и с Ливонским орденом и Швецией, «стремившимися изолировать Русское государство от необходимого ему естественного и удобного выхода к Балтийскому морю».
Ученый оправдывал войну тем, что Запад установил настоящую блокаду Русского государства чтобы не допустить его развития: «Русское ремесло задыхалось от отсутствия цветных и благородных металлов», поступлению которых мешал «жалкий осколок средневековья» – Ливонский орден. За войну выступали прогрессивные силы общества, им противились предатели и отсталые представители бояр-феодалов: «Программа борьбы за Прибалтику отвечала интересам дворянства и посадской верхушки. Дворянство рассчитывало на новые поместные раздачи земель в Прибалтике. Все более втягивающееся в рыночные отношения дворянское хозяйство нуждалось и в установлении правильных торговых отношений со странами Восточной и Западной Европы. Особенно большое значение торговля через Прибалтику имела для растущих русских городов. Русское купечество стремилось к тому, чтобы открыть русским товарам европейские рынки. Поэтому вполне естественно, что дворянство и посадские верхи оказывали энергичную поддержку внешней политике Грозного».
Спустя несколько лет после войны с Германией тезис о борьбе за выживание был понятен и легко ложился на идеологию, господствовавшую в стране. Необходимость прорыва к морю, дальновидность политики царя с его «прогрессивным войском опричников» для советских историков 1950‐х годов была очевидной. Позже эти оценки, в несколько смягченном виде (без одобрения «прогрессивных опричников»), были повторены в ставших классическими работах советских историков (А. Зимина, Р. Скрынникова и др.) и попали во все школьные учебники.
После распада СССР Ливонская война вновь оказалась в центре внимания ученых, только уже в иной роли. Для эстонской, латышской, литовской и белорусской историографий она стала аргументом в пользу тезиса, что агрессивность России против своих соседей имеет глубокие исторические корни и восходит по крайней мере ко временам Ивана Грозного. Белорусский историк Андрей Янушкевич писал, что Ливонская война стала «последним испытанием в борьбе за государственную независимость» Великого княжества Литовского, которое считается историческим предшественником Белорусского государства.
В российской историографии 2000‐х годов тенденции деконструкции предшествовавшей историографии также затронули концепцию Ливонской войны. Причем они проникли и в научные труды, и в публицистику. В 2003 году вышло фундаментальное исследование Анны Хорошкевич «Россия в системе международных отношений в середине ХVI века». По сравнению с предшественниками здесь оценки радикально изменились. Хорошкевич стремилась изобразить войну прежде всего как конфликт внутри русского общества – между царем-тираном вместе с его кровавыми приспешниками, которые вели агрессивную политику по отношению к соседним странам, и либерально настроенным обществом, которое не хотело войны, а хотело дружить с Западом. Политика Ивана Грозного удостоена хлестких оценок: «…несомненная победа русской дипломатии над здравым смыслом» – о русско-ливонском договоре 1554 года; «последнее требование звучало издевательски» – о переговорах о размерах дани в 1557 году; «стиль ведения войны… вызвал в Европе ужас» – о январском походе 1558 года; «из нашего „далека“ можно оценить программу А. Ф. Адашева… как программу развития гражданских свобод» – о деятельности «Избранной рады»; «исход этого этапа, внешне похожий на триумфальную победу, по существу оказался серьезнейшим поражением» – о взятии Полоцка в 1563 году; «крах ливонской авантюры» – о русско-ливонском перемирии 1570 года. Ливонская война, на взгляд Хорошкевич, была не по силам русскому обществу, а потому продолжение войны вызвало проблемы с мобилизацией ресурсов. Инструментом мобилизации стала опричнина Ивана Грозного, то есть борьба за Ливонию косвенно способствовала установлению страшного деспотического террора против своих подданных.