Правда, труд Щербатова мало кто прочитал, и на историографию он особого влияния не оказал. Но Щербатова прочел следующий историк, который и утвердил в умах существующий доныне взгляд на Ливонскую войну, – Н. Карамзин. В «Истории государства Российского» он заложил многие дискурсы ее восприятия, написав о войне как прорыве к Балтийскому морю, о том, что Иван IV якобы уже с 1554 года стал именоваться «государем Ливонской земли» (ошибка, порожденная неверной датой в публикации Гаклюйта), о том, что конфликт был вызван торговой и культурной блокадой Западом Российского государства. Карамзин приписал Ивану Грозному крылатую фразу «Я не папа и не император, которые не умеют защитить своих храмов» и утверждал, что защита православия была также одним из побудительных мотивов вторжения в Ливонию.
Главное, что сделал Карамзин, – он изобразил войну как глубоко продуманную стратегическую кампанию по обретению Россией статуса европейской державы, для чего был необходим выход к морю. Якобы Иван IV в ХVI веке понял эту задачу, но не справился с ней. Именно это положение станет основой концепции Ливонской войны в российской историографии с начала ХIХ по ХХI век.
То есть можно сказать, что Ливонская война в своих хронологических и концептуальных рамках возникла не ранее конца ХVIII – начала ХIХ века и была сочинена Щербатовым и Карамзиным в духе своего времени, когда Россия прочно утвердилась на берегах Балтийского моря, а Екатерина II делила и присоединяла огромные пространства Речи Посполитой (кстати, врага России в Ливонской войне). В ХVIII веке политики и историки уже могли мыслить такими категориями, как «выход к морю», «мировая держава», «стратегические интересы империи» и т. д. – вспомним знаменитый «Греческий проект» Екатерины II и Архипелагские экспедиции. Мало того, такое мышление считалось единственно верным и легко приписывалось предкам: их поступки и деяния, столь непонятные на страницах летописей, обретали смысл, понятный современникам.
А как Ливонскую войну воспринимали по другую сторону фронта? Как смотрели на войну ее европейские участники? Тут тоже не все просто. В первоначальных ливонских хрониках (И. Шмидта, И. Реннера) она изображена как очередные военные столкновения с русскими – тогда еще никто не понимал масштабов происходящего. Момент осмысления наступил, когда в конце концов Ливония погибла. Трагический конец самой восточной провинции Священной Римской империи оказался прекрасным примером и для католиков, и для протестантов. В 1564 году в Антверпене, Лювене и Кельне тремя изданиями вышла первая история Ливонской войны («Historia belli Livonici»), написанная Тилльманом Бреденбахом, который, впрочем, лично не участвовал в конфликте. Собственно, этим сочинением он и ввел в обиход термин «Ливонская война».
Правда, дальше начинаются отличия от той версии, которую мы связываем с историографическим каноном Ливонской войны. Для Бреденбаха кампания начинается не с вторжения русских войск в 1558 году, а с конфликта Ливонии и Польши в 1556 году. Основной смысл происходящего, согласно католику Бреденбаху, – борьба между правой католической верой и неверными протестантами. Эта война неугодна Господу, и он наказывает за протестантскую ересь нашествием иноплеменных (русских, которые выступают орудием Божьего гнева), гибелью государства и т. д.
Протестантская версия истории гибели Ливонии получила развитие на страницах знаменитой «Хроники провинции Ливония» («Chronica der Provintz Lyfflandt») ливонца Бальтазара Рюссова (1578). Здесь было все наоборот: причиной несчастий Ливонии были объявлены католики. Немецкий орден морально разложился, выродился, рыцари погрязли в разврате и пьянстве. Русские-московиты для Рюссова, несомненно, захватчики и агрессоры, но вина за падение ливонского государства лежит в первую очередь на бездарных политиках ордена, которые легкомысленно отнеслись к русской угрозе, пили и веселились, «пока над всеми не пролетел великий коршун». Война у Рюссова изображена как череда непрерывных боевых действий, начиная с польско-ливонского кризиса 1556 года и заканчивая годом выхода «Истории…», выдержавшей в XVI веке три издания (1578–1584).
Определение «Ливонская война» есть в других европейских сочинениях, выходивших в XVI веке. Их авторы называют разные даты ее начала (1556, 1558) и окончания (1560, 1564, 1571 и т. д.). Под ней понимается в основном война на территории Ливонии. Поляки использовали термин «Война в Инфлянтах». Он попал от них на страницы «Истории о князя великого московского делах» начала 1580‐х годов эмигранта в Великое княжество Литовское Андрея Курбского. А вот боевые действия 1579–1581 годов благодаря польским историкам, в частности Рейнгольду Гейденштейну, современники называли «Московской войной». Это название иногда относили и ко всей Ливонской войне, как, например, в сочинении «De Moscorum Bellis» И. Левенклавия (1571).