На Востоке, где хотя и Пелагий с его практическим рационализмом нашел себе сторонников, возникавшие самопроизвольно ереси, как мы видели, занимались обычно только абстрактной догмой, как в ересях Праксея, Савелия, Павла Самосатского, Ария и гностиков. Если в них осталось кое-что от критической мысли, то она шла по пути, предуказанному древними греческими диалектиками.
Аерий, поднявший в IV в. в Малой Азии агитацию против епископата, постов, молитв об умерших и церемонии заклания агнца на пасху, составляет исключение среди еретиков; господствующей была тенденция догматическо-диалектическая. В V в. Феодор из Мопсуестии, плодовитый писатель, учил в соответствии с разумом, что большинство пророчеств ветхого завета, применяемых ортодоксами к Иисусу, относится к событиям дохристианской истории. Само собою разумеется, это было принято, как ересь. Но главными новыми ересями этого периода были ереси несгориан и монофизитов.
Несторий, епископ константинопольский, ученик Федора, но ревностный гонитель ересей, вмешался в перешедший во вторую стадию бесконечный спор о природе Христа. Во второй половине IV в. Аполлинарий, епископ Лаодикейский, сильный противник арианства, утверждая, что догма о богочеловеке — чудовищна, учил, что у Иисуса не было человеческой души (или ума, в отличие от чисто животной души), что он обладал только божественной душой.
Но это означало «отрицание двойственной природы» Иисуса, и Аполлинарий был осужден; сирийские ортодоксы исправили дело, настаивая на том, что были две души; египетские богословы, опасаясь риска возникновения теории о двух христах, настаивали, что эти две души были, тем не менее, одной.
Несторий соглашался со своими товарищами-сирийцами и старался сокрушить Аполлинария, как он ранее помог затравить ариан, новатиан и прочих неправоверующих. Но аполлинаристы укрылись за твердыней своего учения о Марии, которую они назвали Theotokos Deipara, богородицей, и когда несториане стали хулить обычное употребление этого термина, они навлекли на себя ярость толпы, которая, привыкши в прошлом с особой набожностью поклоняться богиням-матерям, возмутилась попыткой поставить Марию ниже Изиды и Кибелы и, естественно, старалась возвысить Марию, как возвысили Иисуса.
Был созван всеобщий собор в Ефесе (431), чтобы обвинить Нестория; и вот этот гонитель еретиков был уличен в кощунстве, приравнен к Иуде и осужден на пожизненное изгнание. С тех пор ортодоксальное христианство стало для практических целей культом богини и двух высших богов, а несторианское христианство, процветавшее в Азии, где его сторонники были хорошо известны под старой маркой «назарян», стало враждебной церкви религией.
Таким образом, и на Востоке, как и на Западе, церковь распалась на новые религиозные партии как-раз в тот момент, когда она больше всего нуждалась в единстве. Персия в то самое время начала присоединение половины Армении, а вандалы начали завоевание северной Африки. Несториане были загнаны в Персию; об'явив себя друзьями врагов Византийской империи, они там пользовались покровительством, тогда как ортодоксальные христиане подвергались гонениям, казням и изгнанию.
Мыслящему язычнику, наблюдавшему этот ход вещей, должно было казаться, что бог послал безумие на христиан. Среди главных врагов Нестория был некий Евтихий, аббат константинопольского монастыря. В 448 г., желая положить конец несторианизму, он прямо провозгласил, что Христос имел только одну природу, божественную. Это учение было немедленно осуждено, как возврат к ереси Аполлинария, и Евтихий был подвергнут отлучению враждебным ему собором.
Другой собор, ловко подтасованный, оправдал его и присудил его обвинителя к бичеванию и ссылке; но третий собор, Халкедонский (451), опять осудил его. Таким-то произволом и недомыслием устанавливалась христианская догма. Никейский собор (321) постановил против Ария, что христос истинно был богом, со-равным и со-вечным своему отцу, раздельно существующим и вместе с тем единым (с отцом); Константинопольский собор (381) против Аполлинария постановил, что он был также истинно человеком; Ефесский собор (431) утвердил, что обе природы христа — человеческая и божественная — одно нераздельное целое, а Халкедонский собор (451), — что они, тем не менее, отличны одна от другой.