Письмо это написано 3 декабря 1854 года, а уже 27 декабря Муравьев отправил на него ответ, писать который было, наверное, нелегко своенравному генералу. Он прекрасно почувствовал, с какой стороны подул ветер. Верный и, как казалось Муравьеву, преданный исполнитель его начертаний Невельской, правда, много шумевший и с пеной у рта защищавший перед ним приоритет освоения и защиты Амура, теперь подал свой голос. А глава морского ведомства прислушался к суждениям опытного морского офицера и пренебрег мнением представителя верховной власти в Сибири. И все-таки Муравьев стоял на своих позициях до конца, подчинившись только приказу. "Из всех предшествовавших донесений моих, — писал он, — Ваше императорское высочество изволите видеть, что мысль эта не входила в мои соображения, я считал необходимым защищать это место до последней крайности…" Изложив далее свои соображения, Муравьев продолжал: "По всему этому я не только не смею противоречить мнению Вашего высочества…но, принимая в расчет время возможности получения по сему приказаний в Камчатке, мне остается безотлагательно отправить соответственные распоряжения к г. Завойко…"
Такие распоряжения были немедленно посланы с нарочным — есаулом Н. Мартыновым. Завойко получил их своевременно и сумел организовать дело таким образом, что весь гарнизон Петропавловска еще до начала навигации был погружен на корабли, которые по пропиленным во льду каналам, буквально под носом у крейсировавшей у берегов Камчатки англо-французской эскадры совершили смелый и дерзкий переход в устье Амура. Благодаря стараниям Невельского войска и гражданские лица смогли разместиться в Мариинском посту и в Николаевске. Часть войск осталась в гавани Де-Кастри и успешно отразила атаку пришедших сюда кораблей противника.
Еще раньше, чем были отданы распоряжения об эвакуации Петропавловска, Муравьев писал Завойко, чтобы тот всеми силами укреплял город и порт, и обещал ему, что весной по Амуру тронется второй сплав. Генерал-губернатор решил построить 60 новых плашкоутов и новый пароход. Предстояло перебросить к устью Амура сто тысяч пудов муки, пятьсот голов скота, артиллерийские орудия и не менее двадцати тысяч пудов боевых припасов, доставить туда определенное количество войск и — самое интересное — взять первых крестьян-переселенцев для размещения их на левом берегу Амура. Последним делом занимался юный князь М.С. Волконский. Готовили сплав Корсаков, Шарубин, Сеславин. Казакевича в августе 1854 года Муравьев отправил в командировку в США, чтобы закупить там три парохода и различное оборудование для устройства мастерских и "пароходного завода" в Николаевске. И все это предстояло проделать в течение нескольких месяцев.
Между тем Петербург чествовал защитников Петропавловска, восторгался умением и прозорливостью Завойко и Муравьева. Биограф Муравьева писал: "Итак, не спрашивая даже предварительного разрешения государя, Н.Н. Муравьев решился оставить Петропавловск и перевести эскадру и все учреждения на Амур. Вследствие такой замечательной находчивости неприятель, как мы увидим; далее, был чрезвычайно озадачен, не найдя нашей эскадры ни у берегов Камчатки, ни у берегов Татарского пролива. Это действие ярко обрисовывает характер Муравьева, который, зная хорошо государя Николая Павловича, осмелился, не спросившись его, взять на свою ответственность такую важную меру, как бросить на произвол судьбы целую страну, чтобы спасти то, что должно было спасти. Это решение его можно назвать поистине геройским".
Так думали многие. Но сам-то Муравьев хорошо знал, что это все ложь. Однако признать во всеуслышание правду было выше генеральских сил. Гораздо легче оказалось убрать подальше тех, кто осмелился перечить ему. И он начал изгонять людей, благодаря которым нажил немалую долю своего авторитета и популярности. Сначала вынужден был уйти Зарин, его правая рука в Иркутске, теперь Муравьев стал проявлять неудовольствие по отношению к Запольскому, им же самим выдвинутому на пост губернатора Забайкалья и атамана тамошнего казачьего войска. А затем наступила очередь Невельского. 25 февраля 1855 года в письме к Корсакову генерал-губернатор выразил резкое недовольство тем, что Невельской осмелился строить батарею не там, где показал Муравьев, а на другом месте. И вывод, как выстрел: "Он оказывается так же вреден, как и атаман: вот к чему ведет честных людей излишнее самолюбие и эгоизм!" К чину контр-адмирала своевольный офицер был уже представлен. Так что теперь, не теряя лица, можно было спокойно обдумать и способ избавиться от него.
Но пока еще Геннадий Иванович был нужен. Второй сплав состоял из трех отрядов, или отделений. В апреле 1855 года они начали свое плавание по Шилке и Амуру. С первым отделением, которое возглавлял сам Муравьев, на 26 баржах было доставлено основное продовольствие и часть войск. Второе отделение под руководством полковника Назимова состояло из 64 барж со 150-пудовыми крепостными орудиями — самая тяжелая и самая хлопотливая часть сплава, замедлявшая его продвижение частыми посадками на мель. Третье, порученное М.С. Волконскому, включало 35 барж, на которых располагались первые русские поселенцы на Амуре — иркутские и забайкальские крестьяне. Им предстояло освоить земли на левом берегу реки между Мариинском и Николаевском. И действительно, летом тут возникли пять русских сел, или, как еще их тут называли, станиц: Иркутское, Богородское, Михайловское, Ново-Михайловское и Сергиевское. Всего переселилось 51 семейство, общей численностью 481 человек. Со сплавом следовала и экспедиция Сибирского отдела Русского географического общества во главе с натуралистом Р.К. Мааком.
По пути к устью Амура в Мариинском произошла встреча главы русской власти на востоке с представителями Китая. Предложение русской стороны сводилось к тому, чтобы "провести границу по левому берегу Амура и вдоль всего течения реки от Горбины до впадения ее в море, оставляя вам все населенные вами места на правом, кроме занятых нами мест и Приморского края, во избежание споров". То есть Муравьев уже тогда, в сентябре 1855 года, сформулировал основной тезис, по которому установление "естественной границы между Китаем и Россией по линии Амура могло бы полностью, ко взаимной выгоде, покончить с вековой неопределенностью". Именно эти положения легли три года спустя в основу Айгунского договора.
Несомненно, что все эти мероприятия проводились с "высочайшего" ведома. Уже в июне 1855 года царь признавал необходимым "утвердить за Россиею весь левый берег Амура". Было принято решение вступить в прямые переговоры с Китаем. Представлять российские интересы на них должен был генерал-губернатор Восточной Сибири. Продумано было и новое административное устройство Амурского и Приморского краев. Преобразование устраняло необходимость Амурской экспедиции, которую столько лет бессменно возглавлял Г.И. Невельской.
И когда Муравьев прибыл со вторым сплавом в Мариинский пост, он послал оттуда в Николаевск к Невельскому мичмана К.Ф. Литке (сына известного мореплавателя и ученого) со следующим предписанием:
"1. Амурская экспедиция заменяется управлением Камчатского губернатора контр-адмирала Завойко, место-пребыванием которого назначается Николаевск.
2. Вы (то есть Невельской. — А.А.)— назначаетесь начальником штаба при главнокомандующем всеми морскими и сухопутными силами, сосредоточенными в При-Амурском крае.