Тронутый Иоанн не мог противостоять слезам матери: но три года спустя, закрыв ей очи сыновнею рукою, роздал имение убогим и удалился в горы, где предался всей строгости жития иноческого, даже до расслабления собственного тела, не крепкого от природы. Там написал он и красноречивые слова свои в защиту иночества, осуждаемого миром, и о благодати священства, другу своему Василию, который скорбел о раннем своем поставлении в сан пресвитера. Сам Иоанн вызван был из своего уединения святым Мелетием Антиохийским, который, посвятив его в диаконы, неотлучно держал при себе; Флавиан же, преемник Мелетия, рукоположил Иоанна пресвитером и вверил ему дело проповеди в соборной церкви. Тогда начал он прилежнее поучать народ о спасении души, часто без всякого приготовления, к общему изумлению паствы, и такая благодать истекала из уст его, что все слушавшие не могли довольно насытиться сладостью словес, и многие скорописцы передавали их на хартиях, чтобы потом читать на торжищах или трапезах. С жадностью стекался народ слушать Иоанна, и едва разносилась весть, что он будет говорить в церкви, судьи оставляли суды свои, и купцы куплю, и ремесленники работы, почитая величайшею потерею лишить себя сладких речей его. Вития церковный, вначале служения увлекаясь глубиною своих созерцаний, проповедовал не всем доступно, но простая жена из народа научила его большей простоте: «Златоустый Иоанн, — воскликнула она из толпы, и оттоле сохранилось ему то название, — глубок кладезь твоего учения, а вервии ума нашего коротки и не достигают до дна». С тех пор, соразмеряя силы духа своего с слабостью паствы, он изложил в простых, но вместе возвышенных беседах все Евангелие от Матфея и от Иоанна, и Книгу Деяний, и Послания Павловы, соединяя всегда изъяснения догматов с нравственным увещанием. Умножение налогов возбудило негодование Антиохийцев; разъяренная чернь разбила изваяния Феодосия и супруги его, благочестивой Флакиллы, уже усопшей, и детей Аркадия и Гонория, из них первый был уже объявлен кесарем. После краткого неистовства глубокое уныние овладело городом, ожидавшим заслуженной казни: разнеслись слухи, что разгневанный император хочет лишить Антиохию всех ее преимуществ и даже сравнять ее с землею, а столицу Востока перенести в Лаодикию. Смятенные граждане умолили епископа своего Флавиана идти укротить гнев кесаря, и старец, несмотря на годы и весеннее распутье, сделался как бы юношею для спасения своей паствы. Невозможно было медлить, ибо на пути он встретил уже сановников царских, посланных для грозного исследования в Антиохию, где скоро начались пытки и наказания.
Но крепкий утешитель остался бедствующему граду. При самом начале великого поста Иоанн взошел на кафедру и, уподобляя себя друзьям Иова, семь дней безмолствовавшим над его горем, прежде нежели сказали слово утешения, изобразил в красноречивых ежедневных беседах всю суету временного и непостоянство благ житейских. Он возбуждал народ обратить на пользу свое бедствие, внутренним очищением от грехов, и радовался, видя церковь, исполненную от опустения торжищ, как безбурную пристань. Умолкнув на краткое время в самые дни истязаний, он снова явился в храм, чтобы успокоить народ надеждою на милость царскую и ходатайство своего пастыря и напомнить в трогательной беседе, до какой степени доходило отчаяние граждан и как, посреди равнодушия философов языческих, нечаянная помощь пришла от смиренных иноков. Едва услышали они о начале пыток, обративших Антиохию в пустыню, сами поспешили из своих пустынных приютов на улицы бедствующей столицы и, презирая собственную опасность, толпились у палат судебных, умоляя о пощаде с такой настойчивостью, что убедили, наконец, судей остановить казни до нового решения царского. Они предложили даже идти в Царьград ходатайствовать за виновных, и послали от себя просительную грамоту на имя кесаря. Один из них, Македонии, прозванный Критофагом за строгую жизнь, ибо питался только травами в диких горах, остановил на улице сановников царских и велел им сойти с коней; изумленные сперва дерзостью убогого старца, они бросились к ногам его, когда услышали славное имя, и пустынник сказал им: «Друзья мои, скажите кесарю: ты человек, созданный по подобию Божию, и гневаешься за образы медные, которые ничто в сравнении с живыми и разумными образами; легко восстановить первые, и они уже восстановлены, но ни одного волоса нельзя будет возвратить тем, которых умертвишь».