Едва ожил он духом, как уже начал заботиться о тех, которых оставил печальными по себе или страждущими в Царьграде, и в особенности о святой Олимпиаде, оказавшей ему столько любви. Он написал ей два пространных слова о христианском утешении в скорбях, и семнадцать писем, исполненных красноречия сердечного, в которых изображал собственное состояние и заботился о состоянии Церкви. Не были им забыты и другие благочестивые ревнители в столице; особенно беспокоила святителя участь гонимого Ираклида Эфесского и епископа Маруфаса, который, обличив царю Персов обманы волхвов его, обратил многих к Христианству, но впоследствии предался на сторону врагов Златоуста. Сиротство Церкви между Готфами по смерти великого их епископа Улинаса, которого сам им рукоположил, тревожило Иоанна и крайне огорчила его кончина святого наставника, архиепископа Антиохийского Флавиана. Народ желал избрать на место его друга Златоустова, пресвитера Констанция; но происки диакона Порфирия, имевшего при дворе сильные связи, одолели большую часть граждан; три нечестивых епископа, Акакий, Антиох и Севериан, уже возмутившие однажды мир Церкви Константинопольской, нарушили его и в Антиохии, втайне рукоположив епископом Порфирия, во время игрищ народных и сами бежали из города. Власть мирская принуждена была укротить раздраженных граждан, но верные не хотели сообщаться с лжепастырем.
В обстоятельствах столь крайних, когда свергнутый со старшего из престолов Восточных, преследуем был двумя другими первопрестольниками, Александрии и Антиохии, Иоанн обратился к Западу, и в убедительных грамотах к блаженному папе Иннокентию и епископам Медиолана и Аквилеи, Венерию и Хроматию, умолял вступиться не только за себя, но и за всех православных, страждущих на Востоке. Четыре епископа принесли его послание в Рим, вместе с грамотами бывшего с ним собора, сорока епископов, и верного ему клира Цареградского; они ниспровергли козни Феофила Александрийского с его приверженцами, которых Иннокентий склонял письменно к миру с Иоанном. Друзья святителя начали, один за другим, стекаться в Рим, потому что указ Аркадия объявил лишенными кафедр своих всех, которые не хотели сообщаться с Арзасом, Феофилом и Порфирием. Вслед за Кириаком, епископом Синадским, явился Евлисий Апамейский, вышедший вместе с Златоустом из храма, и Палладий Эленопольский, описавший житие его, и блаженные пустынножители Герман и Кассиан, поставленные им в сан пресвитера и диакона, и многие иные из клира Цареградского. Всех их радушно принял Иннокентий и обратился к императору Онорию, умоляя его умилостивить брата и созвать на средине обеих империй Вселенский Собор в Фессалонике, чтобы рассудить дело Иоанна.
Но ходатайство Иннокентия и грамота Императора к державному брату, и отправление пяти епископов Западных с четырьмя Восточными в Константинополь в качестве посланников остались тщетными. Хотя уже преждевременная смерть, как явное наказание Божие, постигла там злобных гонителей Иоанна, и прежде всех императрицу Евдокию, виновницу его изгнания, и Кирилла Халкидонского, в епархии коего соединялся против него собор, и Арзаса, неправедно наследовавшего его кафедру — нашлись другие враги, не уступавшие в ожесточении первым. Аттик, поставленный из пресвитеров Цареградских на степень архиепископа столицы, продолжал питать ту же ненависть, какую излил в клеветах своих против Златоуста на соборище Феофила. Посланники Римские, вопреки всем законам божественным и гражданским, не были допущены до императора и, взятые под стражу после трудного плавания, высажены обратно на берег Калабрии; епископов же Восточных, с ним бывших, Кириака, Евлисия, Димитриана и Палладия, разослали в заточение по отдаленным пустыням Востока, где непрестанно скитались дикие Сарацины.
Самого Иоанна не оставили в покое его жестокие гонители, но желая еще обременить его участь и зная каким страданиям подвергалось его болезненное тело от зимней стужи, перевели в климат более холодный, в крепость той же Армении, Арабиссу, которую непрестанно осаждали Изавры, так что сообщения святителя с его приверженцами сделались затруднительнее. Однако и оттуда не переставал он, через св. Олимпиаду, радеть об остатках ему верных в столице, и об участи Церкви Готфов и Скифов, и о конечном истреблении идолов в Финикии и Аравии, через пресвитера Констанция, и непрестанными грамотами возбуждал первостепенных святителей Рима, Медиолана, Аквилеи и Карфагена на Западе, Иерусалима и Кесарии на Востоке, к устроению мира церковного, так что из глубины своего изгнания он еще одушевлял и как бы управлял всей Церковью Восточной.