Долгое жительство св. Павла в Эфесе было так же обильно посланиями. Услышав о распрях и соблазнах, возникших в юной Церкви Коринфской, он болел сердцем о тех, которых родил верою во Христа, и жестоко обличил разделение братии по именам наставников, вместо единства их во едином Иисусе. Апостол напомнил им, с каким смирением слова проповедовал им Евангелие, чтобы не унизить Креста Христова, потому что безумное Божие мудрее человеков, и как не хотел знать у них ничего другого, кроме Христа и притом распятого; — свидетельствовал истину Его Воскресения, еще живыми очевидцами, и предвещал, что вера сих немногих и неславных должна покорить мир. Назидательно говорил он о тайне супружества, и о другом великом таинстве Тела и Крови Христовых, извещение чего сам приял от Господа, предостерегая верных, с каким страхом должны приступать к нему. Услышав же, что между Коринфянами один юноша впал в страшное прелюбодеяние, властию Апостольскою он повелел отлучить его от общения верных, чтобы наказанием спасти душу в день судный. Год спустя, уже в Македонии, узнав о благом действии своего послания через ученика своего Тита, разрешил он виновного, и еще однажды писал к Коринфянам, чтобы укрепить доверенность их к своему учению, которое некоторые искали поколебать, и рассказал им о своих евангельских трудах, о своих бедствиях и великих откровениях.
Из Эфеса также увещевал Апостол Галатов, им просвещенных, но увлеченных иными учителями к обрезанию ветхозаветному. Огорченный их непостоянством, оправдывал он свое учение историей собственной жизни, изъяснял Ветхий Завет Новым, и научая употреблять Христианскую свободу к делам благим, торжественно объявил им, что если бы он сам, или Ангел с неба стал учить их иному, нежели что он им благовествовал, то да будет анафема.
Между тем как Павел собирался посетить Македонию, Ахаию и самый Рим, возник против него сильный мятеж в Эфесе от ваятелей, делавших изображения храма Дианы, потому что с падением язычества они опасались лишиться своего промысла. Неустрашимый хотел выйти к народу, но был удержан учениками; старшины города с трудом укротили волнение; оно не воспрепятствовало, однако же, Апостолу обойти Македонию и Грецию и возвратиться опять в Азию, непрестанно проповедуя Евангелие.
Но, оставляя вместо себя Тимофея, с властию епископа в Эфесе, он писал ему из Македонии, для наставления его в этом звании и чтобы предостеречь от ложного просвещения, основанного на естественных началах мира, а не на Христе; предсказывал ему о лжеучителях, долженствующих явиться в последние времена, и сообщил правила относительно лиц, посвященных служению Церкви: епископов, пресвитеров, диаконов и так называемых диаконис, которые избирались из благочестивых вдовиц для хождения за болящими. Такие же правила впоследствии начертал Павел и другому ученику своему Титу, разделявшему его странствия, когда на пути в Рим поставил его епископом Криту.
В Троаде, когда в первый день недели собрались ученики для преломления хлеба и Павел продолжил с ними беседу за полночь, юноша, сидевший на окне, погрузился в глубокий сон и пал с третьего этажа мертвым, но Апостол возвратил его к жизни и, совершив бескровную жертву, отплыл далее в Милет. Там на берегу моря, близ Эфеса, Апостол призвал к себе пресвитеров сей Церкви для последнего прощания, предчувствуя духом, что уже более их не увидит. Он напомнил, с какими слезами и смирением три года, день и ночь, служил с ними Господу, проповедуя покаяние и веру в Иисуса Христа, посреди козней Иудейских, и не требуя себе никакого возмездия за труды, ибо нуждам его служили собственные его руки. Он свидетельствовал пред всеми, что неповинен в крови их, ибо каждому возвестил волю Божию и велел им беречь стадо, в котором Дух Святой поставил их блюстителями, ибо скоро должны были явиться между ними лжеучители.
Сказав то, преклонил колена и помолился со всеми; тогда возник великий плач, и все, повергаясь на шею Павлову, целовали его с обильными слезами на вечную разлуку; едва мог он исторгнуться из их объятий, чтобы продолжать плавание. Посетив Церкви Тира и Птолемаиды, он достиг Кесарии; там некто из пророков Агав предрек Павлу узы, ожидавшие его в Иерусалиме; но опасность не могла остановить ревностного Апостола. «Что плачете и сокрушаете мне сердце, — сказал он ученикам своим. — Я готов не только быть узником, но и умереть за имя Господа Иисуса». Придя в Иерусалим, Павел уже не застал там Апостолов Петра и Иоанна, с которыми некогда совещался. И они, подобно прочим из числа двенадцати, рассеялись по вселенной для проповеди слова Божия; оставался один епископ Иаков, брат Господень, и ему пред всею Церковью рассказал великий подвижник об обращении язычников. Некоторые из братии, зная ожесточение Иудеев против Павла, которые говорили, что он истребляет закон Моисеев, советовали ему, ради общего спокойствия, исполнить обряд очищения в храме Соломоновом, и согласился Павел быть Иудеем для Иудеев, как он был Эллином для Эллинов и всем для всех, чтобы только привлечь мир весь ко Христу. Но Иудеи, увидя его в храме, возмутили народ и, возложив руки на Апостола, повлекли, чтобы умертвить подобно Стефану; однако же слух о мятеже благовременно достиг до начальника легиона Римского, и он спас его, взяв с собою в башню Антониеву. На ступенях ее испросил себе слово Павел и, обратясь к народу, громогласно объявил: кто он родом, как, ревнуя по закону Моисееву, гнал Церковь Божию и как из гонителя сделался Апостол явлением Иисуса Христа, Который велел ему идти проповедовать язычникам. Вопль народа заглушил речь Павлову, и воины принуждены были ввести его в башню, где, объявив себя Римским гражданином, избавился от биения и уз.