Но Вильсон в это время еще не мог содержать семью. В его новой адвокатской конторе в Атланте не было клиентов, поэтому он решил продолжить образование в области политологии в университете Джона Хопкинса в Балтиморе. Он подумывал о научной и политической карьере. Это означало, что обрученные должны расстаться на долгое время, поэтому Элин предложила расторгнуть помолвку. Но Вильсон переубедил ее. «Ты можешь сохранить тайну? — спросила она сразу же после помолвки брата и добавила: — Он самый великий и самый лучший человек на всем свете».
Элин любила рисовать. Когда в 1884 году умер ее отец и родственники взяли на себя заботу о младших детях, она решила уехать в Нью-Йорк, чтобы изучать изобразительное искусство, что опять отодвигало сроки свадьбы.
В 1885 году была опубликована книга Вильсона «Правление Конгресса», за которую он получил большой гонорар. Он стал доцентом в высшей школе для дочерей из знатных семей в Пенсильвании, с годовым доходом 1500 долларов. Теперь он уже мог жениться.
Свадьба состоялась 24 июня 1885 года в доме дедушки и бабушки невесты в Саванне. Венчание совершили дед Элин, пастор И. С. К. Эксон, и отец Вудро, пастор Джозеф Р. Вильсон.
После свадебного путешествия в Арден (Северная Калифорния) они поселились в деревянном доме на опушке леса с братом Элин, Эдом, и ее кузиной Мэри Хойт, студенткой колледжа.
Элин, которую муж звал Нелл, была образцовой хозяйкой. Все, кто пробовал ее блюда, были в восторге от ее кулинарного искусства.
30 апреля 1886 года появилась на свет их первая дочь, Маргарет. В 1887 родилась вторая дочь, Джесси, а в 1889 году — третья, Элинор. Девочки всегда были аккуратно одеты. Элин сама шила им платья и, как это было принято в семье пастора, заботилась о религиозном воспитании детей.
Элин любила работать в саду. Везде, где бы они ни жили, у нее всегда был сад, за которым она любовно ухаживала. В Принстоне студенты имели большие неприятности с Вильсоном, так как, сокращая путь на спортивный стадион, они ходили через лужайку и вытаптывали цветы, заботливо выращенные его женой. Он поставил забор — они его сломали. Ему ничего другого не оставалось, как только поставить у сада полицейскую охрану.
Несмотря на домашние дела, Элин помогала мужу в работе. Когда он был ректором университета в Принстоне, она корректировала его научные труды. Позднее редактировала тексты его речей, выучила немецкий, чтобы помогать ему в научной работе, и постоянно стремилась расширить знания мужа об искусстве и литературе. Элин была его тайным советником, поддерживая в трудную минуту. Если он нервничал и говорил что-либо не совсем подходящее, она возражала ему: «О Вудро, ты же не думаешь так всерьез, или…?» Он обычно отвечал на это: «Мадам, я, конечно так и думал, пока ты не призвала меня к порядку».
Вильсон ценил помощь жены и хорошо сознавал, какую большую роль она играла в его жизни. Однажды он признался ей: «Моя любовь к тебе помогла мне стать настоящей личностью… Вдали от тебя, без твоего вдохновения, я не могу жить… Любовь все раскрывает во мне… Мой разум не мог полностью совершенствоваться, пока я не познакомился с тобой».
Однажды Вильсон сказал, что без жены и тестя он «никогда бы не стал президентом Соединенных Штатов». Элин он называл «точкой опоры» в своей жизни. Дочерям он рассказывал, как познакомился с их мамой и как выбрал ее: «Я попросил всех девушек мира стать в один ряд, точно и внимательно осмотрел каждую из них в отдельности и выбрал вашу маму».
Элин не признавала дорогую, экстравагантную одежду. На платья она расходовала не более 40 долларов в год. Когда она еще была супругой ректора университета, как-то на приеме одна дама ехидно заметила: «Миссис Вильсон, в этом коричневом платье с каждой весной Вы становитесь красивее».
Хотя они и поклялись друг другу никогда не расставаться, Вильсон часто уезжал с докладами. В это время Элин обычно находилась у родственников. Детей она родила в южных штатах, так как ей не хотелось, чтобы они появились на свет на Севере. С мужем они вели оживленную переписку, за 10 лет было написано 1400 писем, которые представляют собой увлекательное чтение. Вильсон, слывший холодным, уравновешенным политиком, проявил в них удивительную мягкость характера. Кроме того, они подтверждают литературный талант Вильсона. Элин была сдержаннее, не так откровенно высказывала чувства, хотя с течением времени это несколько изменилось.