Нелли вела активный образ жизни. В Цинциннати она создала оркестр и возглавила организацию содействия культурной жизни, в задачи которой входило распространение искусствоведческих знаний и расширение круга читательских интересов.
Основное внимание Нелли уделяла политической карьере мужа, опекала его как ребенка, считая, что он «чудный парень», но нуждается в материнской заботе, насмешливым и дерзким тоном наставляя его, если он противился ее советам. Уильяму это не мешало, даже напротив, ему нравилось находиться под контролем. «Хорошо, что ты не делаешь мне никаких комплиментов, что ты мой самый лучший и ценный критик. Это значит, что ты вдохновляешь меня на все большие достижения».
В 1890 году президент Гаррисон назначил Тафта Главным представителем правительства в Верховном суде. Нелли была счастлива переехать в Вашингтон, где было больше возможностей для политической карьеры мужа. Она не скрывала разочарования, когда Тафт принял должность окружного судьи; это означало возвращение в «провинцию».
В январе 1900 года президент Мак-Кинли предложил Тафту должность председателя административной комиссии на Филиппинах. Нелли настояла, чтобы ее муж принял это предложение. 4 июня 1901 года Тафт занял этот пост. Став супругой губернатора Филиппин, Нелли чувствовала себя превосходно. Здесь у нее впервые появилось чувство, какое должно быть у жены повелителя, представителя власти. Вместе с мужем она объездила 18 провинций Филиппин, устраивала великолепные приемы, а в элегантном дворце Малаканан командовала многочисленными слугами. Никогда прежде она не жила в такой роскоши. «Меня не приучали к жизни в такой роскоши, — позже напишет она, — но могу признаться, что хорошо представляла себе все это».
Будучи губернатором Филиппин, Тафт совершил поездку в Россию и был приглашен на аудиенцию к царю Николаю II. Когда, прибыв во дворец, он выходил из кареты, раздался вдруг характерный треск — лопнули брюки. Времени возвращаться в гостиницу не было. Нелли моментально нашла выход: попросила у незнакомой женщины иголку с ниткой и зашила брюки. Тафт был спасен, но, сомневаясь в прочности шва, во время аудиенции передвигался очень осторожно и покинул зал, пятясь назад.
В октябре 1901 года Тафт заболел и его прооперировали. Нелли была в это время в Шанхае. Она приехала, но выздоровление проходило довольно медленно, и все это время она выполняла его обязанности.
Тафт получил трехмесячный отпуск и вернулся с женой в Соединенные Штаты. Нелли радовалась, так как хотела проведать парализованную мать. Длительное морское путешествие утомило ее. Кроме того, из-за снежных заносов в Юте застрял поезд. Тяготы переезда и заботы о матери подорвали здоровье Нелли. В течение двух месяцев она так болела, что не была даже на похоронах матери. Но через три месяца Тафты снова вернулись в Манилу. Нелли считала, что у мужа будет больше шансов стать президентом, если он проявит себя на Филиппинах.
В январе 1903 года президент Рузвельт предложил Тафту должность судьи в Верховном суде Соединенных Штатов, что было давней мечтой Тафта. Но Нелли увидела в этом попытку отстранить потенциального соперника от предстоящей борьбы за президентство. Она созвала весь семейный клан и попросила проверить, нет ли здесь ловушки. Ей ответили, что предложение было сделано без всяких задних мыслей, на выборах в 1908 году Рузвельт будет поддерживать кандидатуру Тафта.
Но все же Нелли не убедил такой ответ, и Тафт вынужден был отказаться от должности под предлогом, что его миссия на Филиппинах еще не завершена. Президент рассвирепел и ничего не хотел слышать об аргументах Тафта. В это время в Маниле устраивались «стихийные» собрания и демонстрации под лозунгом «Мы хотим Тафта». Местные политики и организации забросали Вашингтон телеграммами. Рузвельту пришлось оставить Тафта в Маниле. Нелли добилась желаемого, а через четыре месяца президент предложил Тафту пост министра обороны в своем кабинете.