Тут же патриарх с духовенством приговорили тайно: если царица Александра Федоровна брата своего благословит и государь Борис Федорович будет царем, то простить его и разрешить в том, что он под клятвою и слезами говорил о нежелании своем быть государем; если же опять царица и Борис Федорович откажут, то отлучить Бориса Федоровича от церкви и самим снять с себя святительские саны, сложить панагии, одеться в простые монашеские рясы и запретить службу по всем церквам.
21 февраля, во вторник, двинулся крестный ход в Новодевичий монастырь; к нему навстречу при звоне колоколов вынесли из монастыря икону смоленской Богородицы, за иконою вышел Годунов. Подошед к иконе владимирской Богородицы, он громко возопил со слезами: «О, милосердая царица! Зачем такой подвиг сотворила, чудотворный свой образ воздвигла с честными крестами и со множеством иных образов? Пречистая Богородица, помолись о мне и помилуй меня!»
Долго лежал он пред образом и омочал землю слезами, потом приложился к другим иконам, подошел к патриарху и сказал ему: «Святейший отец и государь мой Иов патриарх! Зачем ты чудотворные иконы и честные кресты воздвигнул и такой многотрудный подвиг сотворил?» Патриарх отвечал ему, обливаясь слезами: «Не я этот подвиг сотворил, то Пречистая Богородица с своим предвечным младенцем и великими чудотворцами возлюбила тебя, изволила прийти и святую волю сына своего на тебе исполнить. Устыдись пришествия ее, повинись воле Божией и ослушанием не наведи на себя праведного гнева Господня».
Годунов отвечал одними слезами. После этого Иов пошел в церковь, Годунов к сестре в келью, а бояре и весь народ вошли на монастырь, которые же не поместились на монастыре, те все стояли около ограды. После обедни патриарх со всем духовенством, в священных одеждах, с крестом и образами, пошли в келью к царице и били ей челом со слезами долго, стоя на коленах; с ними пошли бояре и все думные люди, а дворяне, приказные люди, гости и весь народ, стоя у кельи по всему монастырю и около монастыря, упали на землю и долго с плачем и рыданием вопили: «Благочестивая царица! Помилосердуй о нас, пощади, благослови и дай нам на царство брата своего Бориса Федоровича!» Царица долго была в недоумении, наконец заплакала и сказала: «Ради Бога, Пречистой Богородицы и великих чудотворцев, ради воздвигнутия чудотворных образов, ради вашего подвига, многого вопля, рыдательного гласа и неутешного стенания даю вам своего единокровного брата, да будет вам государем царем».
Годунов с тяжелым вздохом и со слезами сказал: «Это ли угодно твоему человеколюбию, владыко! И тебе, моей великой государыне, что такое великое бремя на меня возложила и предаешь меня на такой превысочайший царский престол, о котором и на разуме у меня не было? Бог свидетель и ты, великая государыня, что в мыслях у меня того никогда не было, я всегда при тебе хочу быть и святое, пресветлое, равноангельское лицо твое видеть». Александра отвечала ему: «Против воли Божией кто может стоять? И ты бы безо всякого прекословия, повинуясь воле Божией, был всему православному христианству государем». Тогда Годунов сказал: «Буди святая твоя воля, Господи». Патриарх и все присутствовавшие пали на землю, воссылая благодарение Богу, после чего отправились в церковь, где Иов благословил Бориса на все великие государства Российского царствия.
Так говорится об избрании Годунова в акте официальном, в утвержденной грамоте об этом избрании, составленной уже в августе 1598 года. Но до нас дошли другие известия, другие предания, записанные в памятниках неофициальных. Так, дошло до нас известие о желании бояр, чтобы Годунов целовал крест на ограничивающей его власть грамоте; Борис не хотел этого сделать, не хотел и отказать прямо и потому выжидал, чтобы простой народ принудил бояр выбрать его без договора, – отсюда и происходил его отказ принять престол. Шуйские, видя его упрямство, начали говорить, что неприлично более его упрашивать, а надобно приступить к избранию другого. Тогда-то патриарх и решился идти с крестным ходом в Новодевичий монастырь. Есть также известие, что Годунов, желая заставить Романовых забыть права свои на престол, дал старшему из них, Федору Никитичу, страшную клятву, что будет держать его, как брата и помощника, в деле государственного управления. Наконец, о торжественном молении, плаче и вопле народном в Новодевичьем монастыре сохранилось такое предание: «Народ неволею был пригнан приставами, нехотящих идти велено было и бить и заповедь положена: если кто не придет, на том по два рубли править на день. Приставы понуждали людей, чтоб с великим кричанием вопили и слезы точили. Смеху достойно! Как слезам быть, когда сердце дерзновения не имеет? Вместо слез глаза слюнями мочили. Те, которые пошли просить царицу в келью, наказали приставам: когда царица подойдет к окну, то они дадут им знак, и чтобы в ту же минуту весь народ падал на колена; нехотящих били без милости».