После измены войска гонцы с грамотами от Лжедимитрия беспрестанно являлись в Москве, но их хватали и замучивали до смерти. 1 июня приехали с грамотами Наум Плещеев и Гаврила Пушкин и отправились сперва в Красное село, где жили богатые купцы и ремесленники, а мы знаем, что при царе Феодоре Иоанновиче московские купцы были не за Годунова. Плещеев и Пушкин прочли красносельцам Лжедимитриеву грамоту, написанную на имя бояр Мстиславского, Василия и Димитрия Шуйских и других, окольничих и граждан московских. Лжедимитрий напоминал в ней о присяге, данной отцу его, Иоанну, о притеснениях, претерпенных им в молодости от Годунова, о своем чудесном спасении в общих, неопределенных выражениях, извинял бояр, войско и народ в том, что они присягнули Годунову, «не ведая злокозненного нрава его и боясь того, что он при брате нашем царе Феодоре владел всем Московским государством, жаловал и казнил, кого хотел, а про нас, прирожденного государя своего, не знали, думали, что мы от изменников наших убиты». Напоминал о притеснениях, какие были при Борисе «боярам нашим и воеводам, и родству нашему укор и поношение, и бесчестие, и всем вам, чего и от прирожденного государя терпеть было невозможно». В заключение самозванец обещал награды всем в случае признания, гнев божий и свой царский в случае сопротивления. Красносельцы с радостию приняли посланных и собрались шумною толпою провожать их в город.
Правительство выслало было против них стрельцов, но те, испугавшись, возвратились с дороги, и послы Лжедимитрия с красносельцами достигли беспрепятственно Лобного места, прочли народу грамоту Лжедимитриеву. Народ взволновался; бояре объявили патриарху о мятеже; тот заклинал их выйти к народу и образумить его; бояре, по-видимому, послушались, вышли на Лобное место и ничего не сделали. Говорят, что народ просил князя Василия Ивановича Шуйского объявить правду, точно ли он похоронил Димитрия царевича в Угличе? Шуйский отвечал, что царевич спасся от убийц, а вместо его убит и похоронен попов сын. Ворота в Кремль не были заперты: толпы народа ворвались туда, схватили царя Федора с матерью и с сестрою во дворце и вывели их в прежний боярский дом Борисов; родственников их взяли под стражу, имение их разграбили, дома разломали. В это Смутное время является опять на сцену Богдан Бельский, возвращенный из ссылки по смерти Бориса; врага его уже не было в живых, семейству этого врага уже мстили другие, но у Бельского оставались еще враги – немцы Борисовы; он шепнул народу, что лекаря иноземные были советниками Бориса, получили от него несметные богатства и наполнили погреба свои всякими винами; толпы черни бросились немедленно к немцам и не только осушили все бочки в погребах, но и разграбили все имение.
3 июня отправлены были из Москвы к самозванцу в Тулу с повинною боярин князь Иван Михайлович Воротынский и князь Андрей Телятевский, тот самый, который убежал в Москву, увидя измену Басманова и войска. В то же время с другой стороны приехали к Лжедимитрию послы от донских козаков, первых и самых верных его помощников. Лжедимитрий позвал донцов к руке прежде бояр московских, которых встретил грозною речью за долгое сопротивление законному царю; козаки, хвалясь своею верностию, также позорили бояр, а князя Телятевского чуть не убили до смерти за прежнюю верность Годунову. Еще прежде приезда Воротынского и Телятевского, как скоро узнано было о присяге Лжедимитрию, отправились в Москву князья Василий Голицын и Василий Мосальский, да дьяк Сутупов покончить с Годуновыми.
Посланные начали с патриарха Иова, самого ревностного приверженца последних: его с бесчестием вывели из собора во время самой службы и как простого монаха сослали в Старицкий монастырь; сидевших под стражею родных бывшего царя Годуновых и однородцев их, Сабуровых и Вельяминовых, также разослали в заточение; один только Семен Годунов был задушен в Переяславле: он больше других навлек на себя ненависть, потому что ревностнее других заботился о выгодах своего рода. Покончив с патриархом и Годуновыми, князья Голицын и Мосальский с Молчановым, Шелефединовым и тремя стрельцами пошли в старый дом Борисов: царицу Марью удавили скоро, но молодой Федор боролся отчаянно; наконец одному из убийц удалось умертвить его самым отвратительным образом; народу объявили, что царица Марья и сын ее со страху отравились. Царевна Ксения осталась в живых.
Тело царя Бориса выкопали в Архангельском соборе, положили в простой гроб и вместе с женою и сыном погребли в бедном Варсонофьевском монастыре на Сретенке.