Царь был вне себя от злости и, воротившись домой, собрал духовных для того, чтобы судить митрополита. Царский духовник протопоп Евстафий, враг Филиппа, чернил митрополита, стараясь угодить Ивану. Составился план произвести следствие в Соловках и собрать разные показания монахов, которые бы могли уличить бывшего игумена в разных нечистых делах. Царю хотелось, чтоб митрополит был низложен как будто за свое дурное поведение.
В Соловки отправился за этим суздальский епископ Пафнутий с архимандритом Феодосием и князем Темкиным. Соловецкие иноки сначала давали только хорошие отзывы о Филиппе. Но Пафнутий соблазнил игумена Паисия обещанием епископского сана, если он станет свидетелем против митрополита. К Паисию присоединилось несколько старцев, склоненных угрозами. Пафнутий привез их к царю. Собрали собор. Первенствовал на нем из духовных Пимен новгородский: из угождения царю он заявил себя врагом Филиппа, не подозревая, что через два года и его постигнет та же участь, какую теперь готовил митрополиту. Призван был митрополит, и, не дожидаясь суда, сказал: «Ты думаешь, царь, что я боюсь тебя, боюсь смерти за правое дело? Мне уже за шестьдесят лет; я жил честно и беспорочно. Так хочу и душу мою предать Богу, судье твоему и моему. Лучше мне принять безвинно мучение и смерть, нежели быть митрополитом при таких мучительствах и беззакониях! Я творю тебе угодное. Вот мой жезл, белый клобук, мантия! Я более не митрополит. А вам, архиепископы, епископы, архимандриты, иереи и все духовные отцы, оставляю повеление: пасите стадо ваше, помните, что вы за него отвечаете перед Богом; бойтесь убивающих душу более, чем убивающих тело! Предаю себя и душу свою в руки Господа!» Он повернулся к дверям, намереваясь уйти, но царь остановил его и сказал: «Ты хитро хочешь избегнуть суда; нет, не тебе судить самого себя; дожидайся суда других и осуждения; надевай снова одежду, ты будешь служить на Михайлов день обедню».
Митрополит, молча, повиновался, надел одежду и взял свой жезл. В день архангела Михаила Филипп в полном облачении готовился начинать обедню. Вдруг входит Басманов с опричниками; богослужение приостанавливается; читают всенародно приговор церковного собора, лишающий митрополита пастырского сана. Вслед за тем воины вошли в алтарь, сняли с митрополита митру, сорвали облачение, одели в разодранную монашескую рясу, потом вывели из церкви, заметая за ним след метлами, посадили на дровни и повезли в Богоявленский монастырь. Народ бежал за ним следом и плакал: митрополит осенял его на все стороны крестным знамением. Опричники кричали, ругались и били едущего митрополита своими метлами.
Через несколько дней привезли на телеге низложенного митрополита слушать окончательный приговор. Игумен Паисий проговорил ряд обвинений. Пимен также говорил против Филиппа. Филипп сказал: «Да будет благодать Божья на устах твоих. Что сеет человек, то и пожнет. Это не мое слово – Господне». Его обвиняли, между прочим, в волшебстве и приговаривали к вечному заключению. Филипп не оправдывался, не защищался, а только сказал царю: «Государь, перестань творить богопротивные дела. Вспомни прежде бывших царей. Те, которые творили добро, и по смерти славятся, а те, которые дурно правили своим царством, и теперь вспоминаются недобрым словом. Смерть не побоится твоего высокого сана: опомнись, и прежде ее немилостивого пришествия принеси плоды добродетели и собери сокровище себе на небесах, потому что все собранное тобою в этом мире здесь и останется».
Его увели. По царскому приказанию ему забили ноги в деревянные колодки, а руки в железные кандалы, посадили в монастыре св. Николая Старого и морили голодом.
Рассказывают, что царь приказал отрубить голову племяннику его Ивану Борисовичу Колычеву, зашить в кожаный мешок и принести к Филиппу. «Вот твой сродник, – сказали ему, – не помогли ему твои чары».
Через несколько дней царь приказал отправить Филиппа в Отрочь-монастырь в Тверь: с досады он казнил еще нескольких Колычевых. Вместо Филиппа царь велел избрать в сан митрополита троицкого архимандрита Кирилла. Бедному Пимену не удалось сесть на митрополичий престол, чего он надеялся.
Мужество Филиппа раздразнило Ивана; оно подействовало на него не менее писем Курбского; оно усилило в нем склонность искать измены и лить кровь мнимых врагов своих. В характере царя, как мы уже заметили, было медлить гибелью тех, которых он особенно ненавидел; его воображение как бы тешилось образами будущих мук, которые ожидали ненавистных ему людей, а между тем он срывал злобу на других. Уже давно не терпел он своего двоюродного брата Владимира Андреевича: последний в глазах подозрительного царя был для изменников готовым лицом, которого бы они, если б только была возможность, посадили на престол, низвергнув Ивана, но Иван не решался с ним покончить, хотя уже в 1563 году положил свою опалу как на него, так и на мать его; после того мать Владимира постриглась. Иван держал Владимира под постоянным надзором, отнял у него всех его бояр и слуг, окружил своими людьми, с тем чтобы знать о всех его поступках и замыслах.