В 1543 году китайскую джонку с тремя португальцами на борту прибило к берегу островка Танэгасима, что расположен в нескольких десятках километров от самого южного из четырех главных Японских островов — Кюсю. Трое незадачливых португальских моряков были первыми европейцами, вступившими в контакт с японцами. Последующие десятилетия стали свидетелями бурного развития связей между Японией, с одной стороны, и Португалией, затем Испанией, а несколько позже Голландией и Англией — с другой. Важную роль в этом наряду с торговлей сыграло католическое миссионерство. Первым миссионером в Японии был португальский иезуит Франсиско Ксавье, прибывший в эту страну в 1549 году. За ним последовали другие португальцы — члены Ордена Иисуса, а несколько позднее — в начале 90-х годов XVI века — в Японии появились испанские францисканцы и члены других религиозных орденов, обосновавшиеся к тому времени на захваченных Испанией Филиппинских островах. Миссионеры стремились заручиться поддержкой верхушки отдельных феодальных княжеств, чтобы, используя этот фактор, распространить влияние католической церкви на массы народа. В значительной мере им это удалось, особенно в ряде районов Кюсю и на западе Хонсю, где многие князья были обращены в христианство.
При этом местными феодалами двигало отнюдь не стремление обрести истину в новой вере, а куда более прозаические мотивы: ведь обращение в христианство открывало дополнительные возможности для контактов с европейцами, в частности, для прибыльной торговли с ними. У европейцев приобреталось огнестрельное оружие, что давало владетелям юго-западных княжеств немалые преимущества перед их противниками в междоусобной борьбе, которая в описываемый период достигла своего пика. О том, какое значение они придавали закупкам огнестрельного оружия у португальских купцов, свидетельствует любопытный факт, что японская хроника, в которой рассказывается о первых контактах японцев с европейцами, называется «Тэппо ки» — «Записки об аркебузах», а на острове Танэгасима установлена каменная плита в память об их ввозе в Японию.
Следуя примеру господ, католичество принимали подвластные им крестьяне. Вскоре на юго-западе Японии образовались целые районы, где большинство населения составляли новообращенные христиане Эти районы миссионеры использовали как базу для дальнейшего распространения своего влияния.
Руководствуясь чисто практическими соображениями, покровительствовал католическим миссионерам, равно как и обращенным в христианство японцам, и Ода Нобунага. Стремясь покончить с влиянием крупных буддийских монастырей, которые он считал не менее серьезным препятствием на пути объединения страны, нежели своевольных феодалов, Нобунага не прочь был в борьбе против них опереться на христиан. Доброжелательное отношение к миссионерам Нобунага опять-таки использовал для того, чтобы при их посредстве получить у португальских купцов огнестрельное оружие, наличие которого помогло ему в одной из битв одержать крупную победу над противниками объединения Японии.
На первых порах Хидэёси, будучи заинтересован в расширении торговых связей с Европой, также покровительствовал христианам. В его ближайшем окружении было несколько обращенных в христианство князей. Однако быстрое распространение христианства стало вызывать у Хидэёси растущую настороженность: в усиливающемся влиянии католической церкви он начал усматривать угрозу планам объединения страны под своей единоличной властью, тем более что обращение в христианство ряда князей способствовало усилению сепаратистских тенденций в их политике. В 1587 году Хидэёси издал указ об изгнании иезуитов из пределов Японии. Однако последние к тому времени обеспечили себе настолько прочные позиции среди местных феодалов, что избавиться от них оказалось не такого легко. Пользуясь тем, что указ 1587 года не распространялся на португальских купцов, миссионеры сами стали активно заниматься коммерческой деятельностью, чтобы отвести от себя обвинения в пропаганде христианства. Первая попытка покончить с распространением католицизма в Японии была, таким образом, сведена на нет.
Тем не менее подозрения Хидэёси относительно истинных намерений миссионеров продолжали расти. Они получили подтверждение в ходе взаимных разоблачений португальских иезуитов и испанских францисканцев и доминиканцев, которые выливали друг на друга ушаты грязи, пытаясь восстановить Хидэёси против своих соперников. Стало очевидно, что пропаганда католицизма чревата опасностью подчинения Японии иностранному влиянию и в конечном счете утратой ею своей национальной независимости. Это побудило Хидэёси издать в 1597 году указ, решительно запрещавший христианство. Феодальным князьям под страхом смертной казни было запрещено принимать новую веру. Всем иезуитам предписывалось немедленно покинуть страну. Десятки христианских проповедников — японцев и иностранцев — были казнены, многие церкви разрушены.