В начале 1614 года был издан указ о полном и безоговорочном запрещении христианства и изгнании всех миссионеров. Гонения на христиан усилились. Пытки и казни христианских проповедников стали обычным явлением. С 1628 года сначала в Нагасаки, а затем и в других местах к людям, подозреваемым в принадлежности к христианскому вероисповеданию, стали широко применять практику фумиэ: их заставляли публично топтать специально изготовленные для этой цели иконы, что должно было символизировать отказ от веры.
Предпринимая меры, направленные на подрыв влияния католической церкви в Японии, Иэясу продолжал терпимо относиться к деятельности голландцев и англичан, исходя из стремления извлечь соответствующие выгоды из внешней торговли. После его смерти в 1616 году положение изменилось. Преемники Иэясу сосредоточили усилия на упрочении власти клана Токугава в стране. Они всячески стремились усилить зависимость от правящего дома тех владетельных князей, которые еще совсем недавно были их ярыми политическими противниками. При этом особые опасения токугавскому правительству внушала перспектива использования этими князьями иностранцев в собственных политических целях. Все иностранцы, вне зависимости от их национальности, стали рассматриваться как источник дестабилизации внутриполитической обстановки. В таких условиях, естественно, интересы внешней торговли отходили на задний план. Был взят курс на изоляцию страны.
Так, в 1616 году торговля иностранных купцов была ограничена двумя портами на Кюсю — Нагасаки и Хирадо. С 1621 года японцам было запрещено покидать страну и служить у иностранцев. На основании указа 1624 года все иностранцы, за исключением голландцев, китайцев и сиамцев, изгонялись из Японии (англичане покинули Хирадо еще в 1623 году). Указы 1633 и 1636 годов запрещали японским судам совершать плавания за границу.
В 1637–1638 годах в Симабара на острове Кюсю разразилось мощное крестьянское восстание против феодального гнета. Здесь сильнее всего было влияние христианства. И хотя далеко не все восставшие оказались христианами, их выступление проходило под религиозными знаменами. Случилось то, чего так опасался еще Иэясу: христианство стало идеологией сопротивления крестьянских масс усиливавшемуся феодальному гнету. Как писал Н. И. Конрад, «фанатически понятое, по своему осознанное, христианство в начале XVII века соединилось с борьбой крестьян и прочих недовольных против угнетателей-феодалов[7].
Восстание в Симабара было подавлено со страшной жестокостью. Не последнюю роль в разгроме восставших сыграли голландцы, предложившие военную помощь правительству сёгуна Иэмицу. Пушки голландских кораблей с моря неоднократно бомбардировали твердыню повстанцев — замок Хара, что ускорило его падение. Так голландские купцы пытались заработать право сохранить свое присутствие в Японии и продолжать наживаться на торговле с этой страной.
Прямым результатом подавления Симабарского восстания были не только массовые расправы с его участниками, но и принятие в 1639 году указа, запрещавшего под страхом смертной казни общение японцев с европейцами. Этот законодательный акт завершил серию предпринимавшихся в течение свыше двух десятилетий мер, направленных на изоляцию страны. Голландцы были единственными из европейцев, кому разрешалось оставаться в Японии, но их деятельность резко ограничивалась. В 1641 году голландцев заставили покинуть созданную ими в Хирадо факторию и переселиться на маленький островок Дэсима в бухте Нагасаки, где они жили практически в полной изоляции. Лишь раз в год сюда приходило голландское торговое судно. Дэсима в течение двух веков оставалась единственным «окном» Японии во внешний мир.