14 октября доработанный «южный» вариант плана был утвержден в качестве основного, но при этом было решено «иметь разработанным» и «северный» вариант. Разработку обоих вариантов на местах планировалось закончить к 1 мая 1941 г. Тем самым советские вооруженные силы получили действующий документ, на основе которого велось более детальное военное планирование. В Генеральный штаб вызывались командующие войсками, члены Военных советов и начальники штабов военных округов для разработки оперативных документов, которые сразу же утверждались наркомом обороны. Кроме этого документа, советскому руководству докладывались планы боевых действий против Финляндии, Румынии и Турции, что, по мнению их разработчиков, придавало всему оперативному плану необходимую полноту и гибкость, давало возможность действовать в зависимости от конкретной военно-политической обстановки. К сожалению, практически все эти документы остаются секретными, и вряд ли историки в скором времени смогут исследовать их.
Однако разработка военных планов на этом не завершилась. Военное руководство стремилось всесторонне оценить оба варианта действий Красной Армии, заложенных в оперативный план. Для отработки «северного» и «южного» вариантов 2–6 и 8–11 января 1941 г. в Генштабе проводились две оперативно-стратегические игры. В первой игре разыгрывались наступательные действия Красной Армии на Северо-Западном направлении (Восточная Пруссия), а во второй — на Юго-Западном (Южная Польша, Венгрия и Румыния). Оборонительные операции начального периода войны на играх вообще не проигрывались, для сохранения в тайне основного замысла плана в заданиях сторон просто отмечалось, что «синие» напали, но их отбросили к границе, а на Юго-Западном направлении даже к линии рек Вислы и Дунайца на территории Польши и с этих рубежей уже шла игра. На территории Восточной Пруссии наступление «красных» захлебнулось, а на Юго-Западе они добились значительных успехов, что и привело к отказу от «северного» варианта действий Красной Армии. Тем самым главным направлением советского наступления была определена Южная Польша.
Переработку документов оперативного плана с учетом опыта январских игр возглавил новый начальник Генштаба генерал армии Г.К. Жуков. Согласно «Плану разработки оперативных планов» требовалось уточнить документы по «южному» варианту к 22 марта, а по «северному» варианту — к 8 марта 1941 г. К сожалению, не ясно, была ли выполнена эта задача, ибо подготовленный к 11 марта 1941 г. новый вариант плана окончательно закрепил отказ от «северного» варианта и переориентировал основные усилия войск на Юго-Западное направление.
Судьба этого варианта плана вызывает в литературе разногласия. Так, Б.Н. Петров отмечает, что 10 апреля 1941 г. была подготовлена директива на разработку плана оперативного развертывания войск приграничных округов, исходившая из идей, заложенных в плане от 11 марта. Ю.А. Горьков же указывает, что «по данному варианту плана были подготовлены уточняющие директивы в западные приграничные округа и наркому ВМФ, но адресатам их не отправили». Однако, как указывает A.M. Василевский, в данном случае вновь применялась вышеотмеченная практика вызова в Москву командующих войсками и начальников штабов округов, которые получили все необходимые указания. Поэтому вывод Ю.А. Горькова, что «уточненному в марте 1941 года плану не был дан ход», без анализа все еще секретных документов военного планирования округов представляется преждевременным.
Как бы то ни было, работа над уточнением оперативного плана продолжалась, и к 15 мая 1941 г. был разработан еще один вариант. Вокруг этого документа в отечественной историографии развернулась дискуссия по вопросу, был ли он утвержден советским политическим руководством. Документальные данные, которые давали бы однозначный ответ на этот вопрос, неизвестны, поэтому основные аргументы дискутирующих сторон опираются на косвенные сведения. Некоторые авторы ссылаются на то, что на этом документе отсутствуют подписи наркома обороны и начальника Генштаба. Действительно, отсутствие подписей военных руководителей объяснить трудно, но Ю.А. Горьков отмечает, что «после 1938 г. все оперативные планы, разработанные Генштабом, не имеют подписей наркома и начальника Генштаба (кроме сентябрьского плана 1940 г., подписанного Тимошенко и Мерецковым)». То есть оформление документа от 15 мая 1941 г. вовсе не является чем-то экстраординарным. Можно предположить, что уточнения утвержденного в октябре 1940 г. плана стратегического развертывания оформлялись в рабочем порядке. Сомнения в том, что Сталин был знаком с этим планом, основываются, вероятно, на том факте, что на нем отсутствует какая-либо его резолюция. Но сведения, сообщаемые A.M. Василевским о порядке рассмотрения подобных документов советским руководством, подтверждают, что все указания Сталин давал устно.
Основным аргументом сторонников традиционной версии об оборонительных намерениях СССР стали материалы бесед Г.К. Жукова с некоторыми военными историками в 1960-е гг. По свидетельству В.А. Анфилова, в 1965 г. Жуков рассказал ему следующее: «Идея предупредить нападение Германии появилась у нас с Тимошенко в связи с речью Сталина 5 мая 1941 г. перед выпускниками военных академий, в которой он говорил о возможности действовать наступательным образом. Это выступление в обстановке, когда враг сосредоточивал силы у наших границ, убедило нас в необходимости разработать директиву, предусматривавшую предупредительный удар. Конкретная задача была поставлена A.M. Василевскому. 15 мая он доложил проект директивы наркому и мне. Однако мы этот документ не подписали, решили предварительно доложить его Сталину. Но он прямо-таки закипел, услышав о предупредительном ударе по немецким войскам. «Вы что, с ума сошли, немцев хотите спровоцировать?» — раздраженно бросил Сталин. Мы сослались на складывающуюся у границ СССР обстановку, на идеи, содержащиеся в его выступлении 5 мая… «Так я сказал это, чтобы подбодрить присутствующих, чтобы они думали о победе, а не о непобедимости немецкой армии, о чем трубят газеты всего мира», — прорычал Сталин. Так была похоронена наша идея о предупредительном ударе…».
В 1966 г. Жуков рассказывал сотруднику Военно-исторического журнала Н.А. Светлишину, что «свою докладную я передал Сталину через его личного секретаря Поскребышева. Мне до сих пор не известны ни дальнейшая судьба этой записки, ни принятое по ней решение Сталина. А преподанный по этому поводу мне урок запомнился навсегда. На следующий день Н.А. Поскребышев, встретивший меня в приемной Сталина, сообщил его реакцию на мою записку. Он сказал, что Сталин был сильно разгневан моей докладной и поручил ему передать мне, чтобы я впредь таких записок «для прокурора» больше не писал, что председатель Совнаркома больше осведомлен о перспективах наших взаимоотношений с Германией, чем начальник Генштаба, что Советский Союз имеет еще достаточно времени для подготовки решительной схватки с фашизмом. А реализация моих предложений была бы только на руку врагам Советской власти».
Трудно не заметить полное различие обеих версий, что очень странно: ведь их автором, если верить публикаторам, был один и тот же человек, участник описываемых событий. Особенно неправдоподобной выглядит версия Светлишина. Прежде всего не ясно, почему Жуков передает совершенно секретный, особой важности документ не самому Сталину, а его секретарю. Мало того, что подобная практика не подтверждается другими материалами, она была прямо запрещена «Инструкцией по разработке, пользованию, учету и хранению совершенно секретных документов особой важности в центральных управлениях Наркомата обороны и в штабах военных округов и армий», введенной в действие приказом наркома обороны № 0023 от 12 апреля 1941 г. Согласно инструкции «совершенно секретными документами особой важности являются оперативные документы, относящиеся к планам оперативного развертывания войск Красной Армии», что подтверждается наличием на документе от 15 мая 1941 г. грифов «совершенно секретно/особой важности». В инструкции было четко указано, что «передача документов на подпись, на доклад и т. п. через третьих лиц (секретарей, адъютантов и т. п.) запрещается. Документы должны передаваться соответствующим должностным лицам из рук в руки». Не ясно также, почему Сталин не мог лично сказать Жукову все то, что он якобы передал через Поскребышева, который сообщил генералу об этом в приемной (!?) Сталина.