В 1898 году умирает глава униатской церкви кардинал Сильвестр Сембратович. Шло время, но на эту должность никого не назначали. За короткое время Андрея Шептицкого рукоположили в епископы и отдали ему Станиславскую епархию. Затем состоялась интронизация митрополита Андрея, графа Шептицкого, ставшего первоиерархом греко-католиков Галиции. Это произошло 17 января 1901 года. Показательно, что при этом, помимо традиционного титула главы униатской церкви — митрополит Галицкий, архиепископ Львовский, епископ Каменец-Подольский, — новый митрополит получил от папы Льва XIII наименование «апостольского администратора Украины», хотя за пределами Австро-Венгрии, в той части Украины, которая входила в состав Российской империи, тогда не было ни одного униатского прихода.
В 1888 году — монах, магистр ордена василиан, в 1890-м — игумен василианского монастыря, в 1899 году епископ, в 1900 году — митрополит. И все это и 35 годам! Неслыханный в истории церкви взлет…
Так «старые меха» были наполнены «молодым вином»… Андрей Шептицкий понимал, что борьба со «схизмой» Востока «огнем и мечом» уже не может принести успеха. Он начал разрабатывать новую тактику, в первую очередь как дипломат и проповедник, получив одобрение папы Льва XIII и конгрегации по пропаганде веры. Эта новая тактика базировалась на поощрении сепаратистских движений среди украинцев и белорусов, на разжигании у них вражды к «москалям».
Несмотря на свой высокий сан, с разрешения цесаря Франца-Иосифа и с благословения Ватикана, Андрей Шептицкий совершает настоящее шпионское путешествие в Россию. Сменив сутану на гражданскую одежду, под именем доктора Евгения Олесницкого через Германию он едет в «страну схизматов». Посетив Вильнюс, Минск, Слуцк, Витебск и другие города, прелат-шпион налаживал связи с ватиканской агентурой, вербовал и инструктировал новых агентов. Когда же Шептицкий собрался посетить Малороссию, с ним произошел казус: митрополит утерял подделанный австрийской разведкой паспорт. Пришлось ему, срочно свернув свою деятельность, возвращаться во Львов. Фальшивый паспорт попал в руки русской контрразведки, но там, увы, не поняли, какая важная птица улизнула. Только «поставили на учет» как австрийского шпиона… И это был не единственный подрывной вояж владыки в Россию.
После возвращения с Востока Шептицкий зарабатывает себе политический капитал с помощью проверенного способа — филантропической и меценатской деятельности. За средства митрополии он разворачивает строительство музея, больницы, выделяет пособия бедным семинаристам, художникам, артистам. При этом умело пропагандирует униатство.
Постепенно резиденция митрополита превращается в центр антироссийских сил. Этот факт не скрывают даже его биографы. Лонгин Цегельский писал: «Раз у раз приїздили та виїздили потайні емісари — висланники-українці з Холмщини, Херсонщини, Полтавщини тощо. В будинках святоюрського палацу проживали утікачі з-під царського кнута, на кошти митрополита виховувались у Львові чи Римі на тайних місіонерів для України і Білорусії…»
В это время произошла встреча немецкого кайзера Вильгельма II с папой Львом XIII. Канцлер фон Бюлов писал, что глава католической церкви сравнил Вильгельма с Карлом Великим, который «склонил весь цивилизованный мир к подножию креста, получив благословение на выполнение этой миссии от Льва III. Теперь… немецкий император также получил… от папы Льва XIII напутствие вернуть Европу в лоно христианства…, поборов социалистические и атеистические течения».
Ватикан рассчитывал, что Вильгельм II своим «дранг нах Остен» поможет вернуть в «лоно христианства», т. е. католицизма, народы России. Папу вовсе не смущала такая «мелочь», как протестантское вероисповедание кайзера…
Тем временем митрополит Шептицкий уделял внимание созданию церковного музея. Убивал он при этом «двух зайцев». Еще во время своей первой поездки на Буковину и в Закарпатье он обратил внимание, что в церквах тщательно сохраняются иконы, написанные в византийском, греко-православном стиле. Это напоминало о православном прошлом, о Хмельниччине… «Мятежные» иконы стали изымать и отправлять во Львов. Вместо этого церкви получали изготовленные в Ватикане иконы с изображениями «новых святых» — таких, как Иосафат Кунцевич. Получалась двойная польза: фонд музея пополнялся ценными экспонатами, а верующие лицезрели «правильных» святых…
В 1903 году умирает папа Лев XIII. Его преемником становится Пий X, также ориентирующийся на австро-немецкие круги. Нового папу беспокоили революционные события в России, тревожила волна массовых забастовок и демонстраций, прокатившаяся по Галиции после событий 1905–1907 годов. Пий Х вызвал униатского митрополита, чтобы тот детально ознакомил его и с настроениями в Галиции, и с ситуацией в России.