А. Шенье повторяет эту мысль 4 марта 1792 года, в письме в газету «Journal de Paris», а 27 апреля публикует второй памфлет — о «патриотических обществах», где дает в развернутом виде обоснование своей идеи: якобинские клубы — орудие террора плебейских масс. С ответом ему выступил на страницах «Монитор» Мари-Жозеф (11 мая 1792 г.). Дискуссия между братьями развернулась в дни, когда к власти было призвано жирондистское министерство. Прошло всего несколько недель после объявления войны европейской коалиции. В стране классовая борьба перерастала в гражданскую войну. Патриотические общества возглавляли демократию и готовили новую революцию против монархии. Мари-Жозеф выступает на защиту этих обществ против своего брата. Он доказывает, что Андрэ оперирует случайными фактами против полезной деятельности восьмисот отделений якобинского клуба. В его рядах депутаты, судьи, философы и писатели, торговцы и ремесленники, земледельцы и рабочие солидарно выступают на защиту революции. Впрочем, для него клубы — организация свободных граждан, не претендующих на власть. Якобинские клубы — защитники свободы, торговли и промышленности. Мари-Жозеф ссылается на опыт Англии. Пусть эмигранты в Кобленце утверждают, что якобинцы погубят Францию, пусть не присягнувшие священники доказывают, что якобинцы погубят религию, пусть все враги революции требуют уничтожения якобинцев, — они победят, потому что за ними вся страна. Мари-Жозеф обвинял своего брата в том, что он прислушивается к голосу ненависти, а не к голосу разума.
Письмо было написано 7 марта, а опубликовано 11-го. На другой день Андрэ выступил со своим ответом. Он доказывал брату, что его попытка защищать дело буржуазной революции, опираясь на плебейские массы, — глубочайшая ошибка. Эти массы стремятся не к политическому, а к социальному равенству. «Не могу допустить, чтобы мой брат, с которым я провел часть моей жизни, мог обвинять меня в подобных преступлениях». Так возражал Андрэ. Шенье своему брату, доказывавшему, что пропаганда служит обоснованием деятельности контр-революции.
Дискуссия обострила политические отношения братьев, и за месяц до революции 10 августа 1792 года Андре Шенье выступил с новым памфлетом — «О происках якобинцев». В нем он с полной отчетливостью высказал свою сокровенную мысль. Поэт требует разоружения народа, он доказывает, что противопоставление народа буржуазии грозит смертельной опасностью собственнической Франции. Преступление демократов в том, что они противопоставляют народ буржуазии, утверждая, что народ — это те, кто лишен собственности. Нужно отдать должное Андрэ. В его памфлетах классовая мысль буржуазной аристократии получила законченное выражение. Его проект речи в защиту короля — политическая программа буржуазной контрреволюции. Андрэ объявляет торжество демократии залогом разрушения государства. В отличие от своего брата, Мари-Жозеф видит в торжестве республики гарантию победы буржуазного идеала. Братья стали врагами или во всяком случае политическими противниками.
После революции 10 августа Андрэ уезжает из Парижа в Версаль. Он пробыл там до 1793 г. Мы не знаем, по каким причинам он вернулся в Париж и что он делал в 1793 г., в самые бурные дни гражданской войны. Он был случайно арестован на квартире у Пасторе, которого разыскивали агенты Комитета общественной безопасности. Возможно также, что он принимал активное участие в организации так называемого заговора в тюрьмах, в дни ареста Дантона. Мы не знаем, что сделал Мари-Жозеф для спасения своего брата. В это время политически он примыкал к тем, кто вскоре начал борьбу с Робеспьером. Еще задолго до 9 термидора Мари-Жозеф был термидорианцем. В это время не политические причины мешали ему открыто заступиться за своего брата, или, точнее, за своих братьев, — в тюрьме сидел не только Андрэ, но и Луи Шенье, — а страх. Он опасался, что попадет вместе со своим политическим противником в одну тележку. 8 термидора, несмотря на хлопоты брата, Андрэ был казнен. Позже, в годы директории, Мари-Жозефа обвиняли в том, что он не заступался за Андрэ. Он выступил тогда с самозащитой — «Речь о клевете» (1795). Реакционная версия о братоубийстве сохранялась в исторической литературе на протяжении всего XIX века. Но анализ литературного наследства братьев Шенье доказывает, что оба они, как ни резко разошлись их пути в 1789–1793 гг., в конце концов сблизились в основном — в ненависти к плебейским массам.