В течение своей многовековой истории Валаамская обитель, находившаяся близ границы владений Великого Новгорода со Швецией, неоднократно разорялась шведами. При короле Густаве Ваза (1523–1560) в Швеции прошла Реформация. Во времена правления его сына Иоанна III, военный отряд из новообращенных лютеран – которые, по словам святого Игнатия (Брянчанинова), «пылали еще фанатическим пристрастием к своей лишь родившейся вере» – преследуя православных корел, по льду перешел с материка на остров и напал на монастырь.
20 февраля 1578 года 18 старцев и 16 послушников были мученически истреблены за твердость в православной вере.
Их имена с пометой «побиты от Немец на Валааме старцев и слуг» были внесены в синодик, оказавшийся впоследствии в Васильевском монастыре: священноинок Тит, схимонах Тихон, инок Геласий, инок Сергий, инок Варлаам, инок Савва, инок Конон, инок Сильвестр, инок Киприан, инок Пимен, инок Иоанн, инок Самон, инок Иона, инок Давид, инок Корнилий, инок Нифонт, инок Афанасий, инок Серапион, инок Варлаам, послушники Афанасий, Антоний, Лука, Леонтий, Фома, Дионисий, Филипп, Игнатий, Василий, Пахомий, Василий, Феофил, Иоанн, Феодор, Иоанн.
Нападения шведов продолжались. На Валааме нет камня, который не был запечатлен кровью подвижническою.
В XIX веке один из валаамских иноков близ пустыни игумена Назария сподобился видения неведомых черноризцев: «они шествовали в два ряда из залитой солнечным светом зеленой рощи и пели древним знаменным распевом погребальные молитвословия. Шли они, сложив руки на груди, образом же были пресветлы и очи имели кротости несказанной. Только когда шествие приблизилось к монаху, он увидел, что все черноризцы обрызганы кровью и покрыты ранами. Там, где прошли они, трава оказалась не помятой. Они исчезли так же, как и явились, в зеленой чаще, причем тихие отголоски погребального напева долго носились в воздухе».
С благословения игумена Дамаскина, в день мученичества 34 иноков, 20 февраля (4 марта н. ст.) в Валаамской обители ежегодно совершалась Божественная Литургия «о вечном покое их», с которой пелась и соборная панихида.
Напомним, что, по преданию, во времена распространения христианства апостол Андрей Первозванный двигался на Север, проповедуя Евангелие. Пройдя Днепр, а затем Волхов, ученик Христа вошел в «бурные и вращающиеся воды озера Нево» и установил на «горах Валаамских» каменный крест. По одной из двух концепций возникновения монастыря, спустя 900 лет двое иноков, Сергий и Герман, пришли «из восточных стран» (возможно, из Греции) и основали на одном из островов монашеское братство. Письменные источники («жития»), свидетельствующие о жизни и деяниях преподобных, считаются утраченными. Вторая концепция относит основание монастыря к X–XI векам. Она опирается на одну из редакций жития преподобного Авраамия Ростовского, содержащую упоминание о пребывании преподобного на Валааме в X веке, а также на ряд летописных упоминаний о переносе мощей преподобных Сергия и Германа с Валаама в Новгород в 1163 году.
Относительно достоверная документальная история Валаамского монастыря начинается с XIV века. В «Сказании о Валаамском монастыре» годом основания называется 1407 год.
К началу XVI века на архипелаге жили около 600 монахов, но неоднократные нападения шведов привели к запустению благодатного острова.
В начале XVIII века Петр I начал борьбу за выход к Балтийскому морю и экспансию России на северо-запад. В 1715 году Петр I по просьбе архимандрита Кирилло-Белозерского монастыря издал указ о восстановлении Валаамской обители. Строительство монастыря было разрешено на только что отвоеванной территории, когда еще не был подписан мирный договор.
В 1719 году освящен деревянный Спасо-Преображенский храм, построены келейные корпуса и вспомогательные помещения. В том же году на завоеванных землях была образована Выборгская провинция, вошедшая в Санкт-Петербургскую губернию. В новую провинцию попал и Валаамский архипелаг, входивший в Кексгольмский лен.
К 1730 году возведена Успенская церковь, построена деревянная ограда, но пожар 1754 года уничтожил эти первые постройки. Императрица Елизавета Петровна прилагала усилия для восстановления монастыря, но в 1765 году в нем жило всего 11 монахов.
В 1774 году был освящен храм Преображения Господня. Вокруг храма в виде квадрата были построены келейные помещения, по углам которого возведены Успенская («зимняя», т. е. отапливаемая) и Никольская церкви.
Игумен Назарий (см. Приложение, стр. 557), возглавивший монастырь в 1781 году, начал большое каменное строительство. В 1805 году в южной части наружного каре была воздвигнута надвратная церковь во имя Святых апостолов Петра и Павла, а в северной – больничный храм во имя иконы Божией Матери «Живоносный Источник». Над островом с тех пор возвышается монастырская колокольня 72-метровой высоты. В XIX веке был отлит и самый большой среди валаамских колоколов – колокол в честь апостола Андрея Первозванного весом в 1000 пудов.