В 1819 году монастырь посетил император Александр I. В церковном отношении монастырь до 1892 года находился в подчинении Санкт-Петербургских митрополитов, а затем вошел в новоучрежденную Выборгскую и Финляндскую епархию.
На XIX век пришелся наибольший подъем обители. В 1839 году на пост настоятеля был назначен отец Дамаскин, который в течение 42 лет руководил обителью. Именно он добился, чтобы строительные работы на острове велись только под руководством квалифицированных архитекторов. Первым, кого он пригласил, был петербургский архитектор, академик Алексей Горностаев.
Валаамский монастырь. Спасо-Преображенский собор. 1900-е гг.
Отец Дамаскин установил для братии суровый режим: обязательное попечение старцев о послушниках и молодых монахах, неукоснительное посещение церковных служб, многочасовые трудовые послушания. После смерти игумена Дамаскина монастырем управлял его преемник Ионафан II, который смог осуществить наиболее масштабное начинание игумена Дамаскина – строительство нового величественного Спасо-Преображенского собора, рассчитанного более чем на 3000 человек.
Валаамские подвижники желали превратить свою обитель в Новый Иерусалим, благодаря чему на острове в начале XX века появились названия, отсылающие ко временам Нового Завета: Кедрон, Гефсимания, гора Елеон, Воскресенский скит. К началу Первой мировой войны на острове проживало около 1000 человек.
После Октябрьской революции Валаам вошел в состав вновь образованной Финляндии, благодаря чему сохранился, но обитель оказалась церковью нацменьшинства (основная религия Финляндии – лютеранство). Начиная с 1925 года стали проводиться службы на финском языке, а сами острова основательно были укреплены в военно-инженерном отношении.
Валаамский монастырь. Скит Св. Николая Чудотворца. 1900-е гг.
Финляндская православная церковь приняла западную Пасхалию, вынудив и Валаамский монастырь перейти с юлианского на григорианский календарь. Переход в 1920-е годы на новый стиль был причиной разрушения единства Валаама. Точку в конфликте, продолжавшемся 10 лет в монастыре, поставил высадившийся на острове финский спецназ. Значительная часть братии тогда отказалась подчиниться архиепископу Финляндскому Герману. Эти «старостильные» монахи выехали в Сербию, Грецию, Македонию, Германию, США, Марокко.
Во время советско-финляндской войны монастырь попал в зону боевых действий, и монахи, принявшие к тому времени финское подданство, в начале февраля 1940 года покинули острова, увезя с собою все самое ценное (включая подлинник иконы Валаамской Божией Матери, другие святыни и колокола).
Валаамский монастырь. Братия у трапезной. 1900-е гг.
В местечке Хейнявеси в Финляндии, в усадьбе Папинниеми они основали Ново-Валаамский монастырь. По окончании Великой Отечественной войны монастырь был присоединен на 12 лет (1945–1957 гг.) к Московской патриархии, но территориально остался в подчинении Финляндской православной церкви. В 1977 службы на церковно-славянском языке прекратились, а в 1981 умер последний русский монах. Сейчас монастырь продолжает действовать как финская православная обитель и принимает в год более 100 тысяч посетителей – как паломников, так и туристов.
Осенью 1940 года на острове Валаам, в монастырских корпусах, была организована школа боцманов и юнг. В 1941 году все они ушли на оборону Ленинграда.
В 1944 году финские войска покинули остров, и позднее там было размещено подсобное хозяйство Питкярантского целлюлозного завода, организовано лесничество, восстановлена метеостанция.
В 1950 году в бывших кельях и скитах устроили Дом инвалидов войны и труда, куда помещались инвалиды войны с материка, в том числе из Ленинграда. Дом инвалидов переведен на материк в 1984 году.
Валаамский монастырь. Братия на сенокосе. 1900-е гг.
Только с 1960-х годов на остров стали приходить первые теплоходы с туристами. В 1979 году на территории организован музей-заповедник, и позже началась реставрация памятников.
13 декабря 1989 года, в день памяти апостола Андрея Первозванного, на остров ступили шесть монахов, ознаменовав начало возрождения Валаамской обители.