В 1658 году Никон был лишен патриаршества, осужден и сослан в Ферапонтов монастырь, затем – в Кирилло-Белозерский. Но Никон остался не сломленным! Когда в 1676 году умер царь Алексей Михайлович, и огласили завещание, где царь просил у Никона прощения, тот ему в таком прощении отказал.
Столь же непримиримы являлись и противники Никона. Одним из самых яростных, почитаемый старообрядцами мучеником, был протопоп Аввакум.
При Никоне «справщики», не знавшие греческого, в том числе Аввакум, были устранены. Аввакум вошел в активную оппозицию новому патриарху и его новшествам. Уже в сентябре 1653 года его бросили в подвал Андроникова монастыря, потом сослали в Тобольск. Так как и здесь он не переставал «ревностно бранить ересь Никонову», то его перевели под начало суровому воеводе Афанасию Пашкову, имевшему поручение завоевать Даурию (Забайкальскую область). Шесть лет провел Аввакум в Даурской земле, дошел с воеводой до Нерчинска, Шилки и Амура, не переставая обличать неправедные действия воеводы. Пашков же подвергал его за это многим лишениям и истязаниям.
В 1663 году Аввакуму повелено возвратиться в Москву. Но через год он опять подал челобитную царю Алексею Михайловичу, в которой обвинил в ереси всю русскую церковь, за что его сослали в Мезень, где он остался полтора года.
В 1666 году Аввакум опять возвращен в Москву, но по-прежнему остается непреклонен в оппозиции всему церковному Собору и в 1667 году вместе с протопопом Никифором, попом Лазарем, дьяконом Феодором Ивановым и соловецким иноком Епифанием сослан в Пустозерский острог на Печоре.
Пустозерские ссыльные продолжали бороться за свои убеждения и создали в месте своего заключения около ста сочинений: послания, «беседы», челобитные, «толкования» священных текстов, автобиографические повести и жития. Рукописи переписывались «добрым письмом» как в самом Пустозерске, так и в Окладниковой слободе на Мезени, а потом переправлялись «верным» в Москву, Поморье и другие места для последующего распространения. После 14 лет заключения, во время которого Аввакум не переставал обвинять и учить, он написал такое резкое послание царю Феодору Алексеевичу, где хулил всю русскую церковь и царский дом, что был приговорен царскими властями к сожжению. Это и свершилось 14 апреля 1682 года.
Непримиримость восторжествовала, когда братия Соловецкого монастыря в 1667 году решилась идти против церковных и царских властей, защищая старый образ веры и церковный обычай.
Еще в 1657 году соловецкие монахи отказались принять новые книги. Возглавил, восставшую против новшеств, братию, живший здесь на покое, архимандрит Саввино-Сторожевского монастыря и бывший царский духовник Никанор.
После нескольких попыток вразумить взбунтовавшуюся братию, в 1668 году были посланы царские стрельцы. Монахи заперлись в крепости, началась яростная оборона. В последние месяцы монастырские стены испытали страшный натиск: днем и ночью обрушивались каменные ядра «пудов по шести и по семи». Но соловецкие камни не поддавались. Прорывались между озером и морем окопы, возводились высокие городки, позволявшие вести прицельный огонь по монастырю. Восставшие оттесняли противника, надстраивали слабые участки, устанавливали специальные щиты и рогатины, обстреливали наступающих с городовых кровель. Чтобы лишить противника подступа к нижнему бою, в землю были вбиты специальные сваи, к которым крепились доски с торчащими из них большими гвоздями. Сообщали, что сам архимандрит Никанор «по башням ходит беспрестанно и пушки кадит и водою кропит и им говорит: матушки мои голаночки (пушки, отлитые в Голландии. – Б. А.), надежда на вас, вы нас обороните».
После шестилетней осады 22 января 1676 года монастырь был взят войском воеводы Мещерякова. Старообрядцы передавали, что после «умертвия тово царева вскоре приезжал гонец от Соловков, с победою лист привез к царскому лицу: „Счастием, де твоим пособил Бог: монастырь взяли и всех под мечь подклонили. Человек за пятьсот подрубили, а десятков с шесть повесили, все иноков…“» На следующий день, 23 января, царь Алексей Михайлович заболел, «скорбь… взяла» его неожиданно, а 30 января, в день «недели Страшного суда», в начале Великого поста царь скончался.