Чрезвычайно болезненным для высшего духовенства стало дело царевича Алексея, с которым многие духовные лица связывали надежды на восстановление былых обычаев. Бежав в 1716 году за границу, царевич поддерживал сношения с митрополитом Крутицким Игнатием (Смолой), митрополитом Киевским Иоасафом (Краковским), епископом Ростовским Досифеем и др. Главной причиной измены сына Петр считал «:беседы с попами и чернецами». По результатам следствия, на духовных лиц, уличенных в связях с царевичем, обрушились кары: епископ Досифей был лишен сана и казнен, а также духовник царевича, протопоп Иаков Игнатьев и близкий к первой супруге Петра, царице Евдокии, ключарь собора в Суздале Феодор Пустынный. Митрополит Иоасаф был лишен кафедры и, вызванный на допрос, скончался по пути из Киева.
Все время подготовки реформирования церковного управления, Петр I постоянно обращался к восточным патриархам – прежде всего Иерусалимскому патриарху Досифею – по различным вопросам духовного и политического характера. К Вселенскому патриарху Косме обращался и с частными духовными просьбами, например за разрешением ему на «мясоястие» во время всех постов. Петру было удобнее решать вопросы духовного характера с восточными патриархами, поскольку они находились в значительной мере на содержании московского правительства (а патриарх Досифей де-факто был в течение нескольких десятилетий политическим агентом и информатором российского правительства обо всем, что происходило в Константинополе), нежели со своим, порою строптивым, духовенством.
Еще при жизни патриарха Адриана Петр самостоятельно запретил строить новые монастыри в Сибири.
В октябре 1700 года патриарх Адриан умер. Петр находился в это время с войсками под Нарвой. Здесь, в лагере, он получил два письма, касавшиеся положения, сложившегося из-за кончины Патриарха. Боярин Тихон Стрешнев, остававшийся во время отсутствия государя, по старому обычаю, ведать Москвой, давал отчет о кончине и погребении патриарха, о мерах, принятых к охране имущества патриаршего дома, и спрашивал, кого назначить новым патриархом.
Прибыльщик Курбатов, обязанный по должности своей представлять государю обо всем, что клонится к прибыли и пользе государства, писал государю, что ему, царю, Господь судил «достояше свое и люди свои въ житейскихъ потребахъ управляти въ правде, яко отцу чады». Далее он указывал, что из-за смерти патриарха его подчиненные забрали все дела в свои руки и в своих интересах распоряжаются всеми патриаршими доходами. Курбатов предлагал избрать, как было и ранее, для временного управления патриаршим престолом архиерея. Все монастырские и архиерейские вотчины Курбатов советовал переписать и отдать их в охранение кому-либо.
Через неделю после возвращения из-под Нарвы Петр сделал так, как предлагал Курбатов. Блюстителем и управителем Патриаршего престола был назначен митрополит Рязанский и Муромский Стефан Яворский (см. Приложение, стр. 558).
Местоблюстителю поручены в заведывание только дела веры: «о расколе, о противностяхъ церкви, о ересяхъ», все же прочие дела, находившиеся в ведении патриарха, распределены по приказам. Ведавший по этим делам особый приказ – Патриарший разряд – уничтожен.
Двадцать четвертого января 1701 года был восстановлен Монастырский приказ, в ведение которого отошли Патриарший двор, архиерейские дома и монастырские земли и хозяйства. Во главе приказа был поставлен боярин Иван Алексеевич Мусин-Пушкин, да при нем дьяк Ефим Зотов.
Вскоре последовал ряд указов, решительно сокращавших самостоятельность духовенства в государстве и независимость духовного чина от светской власти. Особой чистке подверглись монастыри. Монахам было приказано оставаться постоянно в тех монастырях, где их застанут особые переписчики, посланные Монастырским приказом. Из монастырей выселили всех непостриженных. Женским монастырям позволили постригать в монахини только женщин после сорокалетнего возраста. Хозяйство монастырей отдано под надзор и контроль Монастырского приказа. В богадельнях приказано оставить только действительно больных и немощных. Наконец, указом 30 декабря 1701 года определялось давать монашествующим денежное и хлебное жалование из доходов монастыря, а вотчинами и угодьями монахам впредь не владеть.
Ряд дальнейших мер разрешал свободное исповедание своей веры иностранцам, как католикам, так и протестантам всех толков.
Были изданы указы, «чтобы в городах и уездах всякого чина мужского и женского пола люди у отцов своих духовных исповедовались ежегодно», причем за уклонение от исповеди взимался штраф. Мера эта, кроме целей нравственного характера, имела в виду, главным образом, установить принадлежность данных лиц к старообрядцам, которые облагались двойным налогом. Особыми указами, изданными в 1718 году, предписывалось православным обывателям непременно посещать церкви и в храмах стоять с благоговением и в безмолвии, слушая святую службу, иначе грозил штраф, взимаемый тут же в церкви особым приставленным для того «добрым человеком». Сам Петр I любил ознаменовывать все торжественные дни своей жизни торжественными церковными служениями. Чтение по городам известия о полтавской победе, например, сопровождалось молебном и пятидневным церковным звоном.