Для поднятия нравственного уровня самого духовенства был издан наказ архиереям, рекомендовавший им кротость в обращении с подчиненными, осторожность в принятии «неведомыхъ гробовъ» за святые мощи и в явлении чудотворных икон. Запрещалось «вымышлять чудеса». Предписывалось не допускать юродивых; архиереям указывалось, чтобы они в мирские дела не входили, разве «явная неправда будет», – тогда позволялось писать царю. По росписи 1710 года архиереям назначено жалование от одной до двух с половиной тысяч рублей в год. Еще в 1705 году была произведена генеральная чистка духовенства, из состава которого выключены и отмечены солдаты, дьячки, монастырские слуги, поповичи, пономари, их дети и свойственники.
Всех просящих милостыню приказано перехватать и для разбора и наказания вести в Монастырский приказ, причем всякого чина людям запрещалось подавать милостыню бродячим нищим. Кого обуревала жажда подаяния милостыни, тому предлагалось подавать в богадельни. С тех, кто не слушался указа и подавал милостыню бродячим нищим, брали штраф. По улицам Москвы и других городов ходили подьячие с солдатами и забирали и нищих, и благотворителей.
Однако в 1718 году Петру пришлось сознаться, что, несмотря на все его меры, число нищих умножилось. Он ответил на это драконовскими указами: нищих, схваченных на улицах, было приказано нещадно бить, и если они окажутся владельческими крестьянами, то отсылать их к владельцам с наказом, чтобы они посадили этого нищего на работу, дабы он даром хлеба не ел, а за то, что помещик допустил своего человека до нищенства, он должен был уплатить пять рублей штрафа. Попавших в нищенство второй и третий раз приказано бить на площади кнутом и отсылать мужчин на каторгу, женщин – в шпингауз (прядильню), детей – бить батогами и отсылать на суконный двор и к прочим мануфактурам. Несколько раньше, в 1715 году, приказано хватать нищих и отводить в приказы для розыска.
К 1718 году в Москве было устроено более 90 богаделен, и в них жило до 4500 нищих, слабых, получавших корм от казны.
Патриарший местоблюститель Стефан Яворский находился всецело во власти государя и не имел никакого авторитета. Во всех важных случаях он должен был советоваться с другими епископами, которых ему предлагалось попеременно вызывать в Москву. Результаты всех совещаний местоблюститель патриаршего престола (первым был митрополит Стефан Яворский) должен был представлять на утверждение государя. Это собрание очередных епископов из епархий называлось Освященным Собором. Этот Освященный Собор в духовных делах, а боярин Мусин-Пушкин с его Монастырским приказом – в других, значительно ограничивали власть местоблюстителя патриаршего престола в управлении церковью. Мусин-Пушкин в качестве начальника Монастырского приказа всюду продвигается Петром, как какой-то помощник, иногда чуть не начальник местоблюстителя патриаршего престола.
Положение главы русского духовенства стало еще тяжелее, когда с 1711 года вместо старой Боярской думы стал действовать Правительствующий Сенат. По указу об учреждении Сената все управления, как духовные, так и мирские, должны были повиноваться указам Сената как царским указам. Сенат сразу овладел и верховенством в духовном управлении. С 1711 года блюститель патриаршего престола не может без Сената поставить архиерея. Сенат самостоятельно строит церкви в завоеванных землях и сам приказывает псковскому владыке поставить туда священников. Сенат определяет игуменов и игумений в монастыри, в Сенат направляют свои просьбы о позволении поселиться в монастырь инвалиды-солдаты.
С 1715 года все центральные учреждения начали сосредотачиваться в Петербурге и разделяться на устроенные коллегиально ведомства. Конечно, Петру приходит мысль включить на тех же основаниях в механизм государственного управления и управление церковью. В 1718 году местоблюститель патриаршего престола, временно пребывавший в Петербурге, получает указ его величества – «жить ему в Петербурге постоянно и архиереям приезжать поочередно в Петербург же, против того, как в Москву приезжали». Это вызвало недовольство митрополита, на что Петр ответил резко и сурово и впервые высказал мысль о создании Духовной коллегии.