Вынужденное его «сидение» в Селенгинске оказалось весьма важным для проповеди среди местных монгольских племен. Используя свое архиерейское право рукополагать в священный сан, святитель тем самым восполнял недостаток духовенства за Байкалом.
Лишь в марте 1725 года получил владыка Иннокентий повеление переселиться в Иркутский Вознесенский монастырь и оставаться там впредь до новых предписаний. Управлял монастырем в отсутствие архимандрита Антония (Платковского) игумен Пахомий. Он отвел высокому гостю и его свите помещение на восточной стороне обители, на берегу Ангары. Здесь же, на монастырских землях, им выделили участки под огород, и таким образом жизнь обрела некую стабильность, особенно летом, когда нужно было заниматься огородничеством. Узнав о жительстве в монастыре епископа, к нему стали стекаться люди. Особенно стремились к владыке дети и инородцы из местных племен.
После смерти Петра I, вдова и наследница престола Екатерина I назначила чрезвычайным послом в Китай графа Савву Владиславич-Рагузинского и обязала его взять с собой в Пекин епископа Иннокентия, если, конечно, китайцы согласятся.
Свт. Иннокентий (Кульчицкий)
В Иркутск Рагузинский прибыл 5 апреля 1726 года. Встретившись с владыкой, он предложил ему возвратиться в Селенгинск и там ждать его, а сам задержался в Иркутске для необходимых дорожных приготовлений. В это время в Иркутск из Москвы вернулся архимандрит Антоний (Платковский), ранее уже бывавший в Пекине с послом Измайловым. Очень ему хотелось быть начальником тамошней миссии, и он постарался расположить к себе графа Рагузинского. Следствием происков архимандрита стало письмо посла Рагузинского в Петербург, в котором говорилось, что он не надеется на то, что китайцы примут владыку, а потому находит способным к должности начальника миссии архимандрита Антония (Платковского). Письмо было отправлено с нарочным в Петербург и там принято без проверки.
В марте следующего года святитель Иннокентий получил новый указ – опять переселиться в Иркутский Вознесенский монастырь. Начальником миссии в Пекине был назначен архимандрит Антоний.
Только владыка успел устроиться в Вознесенском монастыре, как из Петербурга пришло новое высочайшее повеление: быть ему самостоятельным епископом Иркутским и Нерченским.
На новом месте владыка Иннокентий столкнулся с теми же проблемами, что и в Селенгинске. По-прежнему не на что было жить, не было крыши над головой. Консистория отказалась платить ему жалование на том основании, что назначено оно было якобы для проживания в Китае, а не в Иркутске. В то время Иркутск еще не разросся до пределов Вознесенского монастыря, и владыке приходилось часто путешествовать по плохой дороге в город и обратно. Будучи не очень здоровым человеком и тяжело перенося переезды, он просил граждан Иркутска дать ему на время помещение. Но не нашлось среди иркутян того, кто бы принял его в свой дом.
Наконец в 1728 году провинциальная канцелярия сжалилась над владыкой и отвела ему дом боярского сына Димитрия Елезова.
Немногим более четырех лет окормлял он иркутскую паству, но и это время употребил он с великой пользой. Владыка Иннокентий не отличался крепостью здоровья, особенно страдал головными болями, но ни молитв, ни смирения плоти, не оставлял. На теле он носил власяницу, поверх которой всегда был подрясник из шкуры лося и кожаный пояс с железной пряжкой. Молиться святитель любил в пещере за монастырской оградой, которую выкопал основатель Вознесенской обители старец Герасим. Еще был у святителя обычай обходить по ночам Вознесенский храм и молиться на него с четырех сторон.
Владыка постоянно и тяжело трудился. Днем помогал тянуть сети тем, по ночам шил для учеников обувь. Своими руками посадил в монастыре два кедра. И ни на мгновение не оставлял главного дела – проповеди Слова Божия. Язычников, во множестве, обращал в Православие. Местных язычников, проживавших вокруг Иркутска, – не только семьями, но и целыми стойбищами. Из новокрещенных бурят образовалось целое поселение Ясачное.
Ему надлежало по должности творить суд, и он никогда не перекладывал на других это неприятное дело. Всегда решал сам, входил во все обстоятельства дела, быстро принимал решения.
При всех неблагоприятных условиях в его правление почти полностью закончилось строительство кафедрального Богоявленского собора. При Вознесенском монастыре еще архимандритом Платковским была устроена монгольская школа. Святитель Иннокентий не только поддержал это начинание, но открыл еще славяно-русскую школу для всех сословий.