Первый Иркутский епископ исходатайствовал из государевой казны содержание для своих преемников и средства на сооружение архиерейского дома. Им же были определены границы епархии.
Любил владыка отдохнуть в небольшом селении Малая Еланка, в пятнадцати верстах от Вознесенской обители. Здесь жили направленные из монастыря на полевые работы послушники, монахи и крестьяне. Помогая в будние дни «труждающимся и обремененным», он следил за тем, чтобы воскресные и праздничные дни никакие заботы не отвлекали бы их от службы Божией. В самой Малой Еланке была организована часовня и, владыка не раз предсказывал, что со временем на месте ее будет возведен храм. Пророчество это исполнилось в конце XIX века. При жизни владыка не раз еще поражал современников своей духовной прозорливостью.
Как-то на день Кирилла, патриарха Александрийского (9 июня), жители селения Фекского просили владыку отслужить у них Божественную литургию. «Хорошо, – ответил владыка, – отслужим. Но только вперед съездим по лету, а назад по зиме». В тот момент селяне не поняли смысла его слов, но на следующий после литургии день выпал такой снег, что владыке пришлось возвращаться в санях.
Однажды при совершении крестного хода вокруг города, начался ливень, и все промокли до нитки. И только святительских одежд не коснулась ни одна капля!
В последний раз совершал он Божественную литургию в день Покрова Пресвятой Богородицы и затем в воскресный день 3 октября. После болезнь приковала владыку к одру. Она то усиливалась, то отпускала. В минуты ухудшения здоровья владыка созывал братию, благодарил служивших ему за любовь и попечение, раздавал на память кое-что из своих вещей, а тем, кому подарков не хватило, обещал при первом укреплении сил обязательно вознаградить. Скорбел владыка, что оставляет Вознесенский храм в неисправном состоянии и не раз высказывался, что если бы положили ему жалованье, то первую тысячу рублей употребил бы на построение каменной церкви.
Жалованья при жизни он так и не дождался. Решение о начислении ему содержания и удовлетворения некоторых его нужд пришло, когда он уже ни в чем земном не нуждался.
В четверг 25 ноября страдания святителя стали чрезвычайными. Братию и всех городских священников он просил молиться о себе и отслужить после литургии параклис[14].
В субботу 27 ноября 1731 году в седьмом часу утра святитель скончался. О том было доложено вице-губернатору Жолобову. Вице-губернатор, непомерно корыстный и алчный человек, решил воспользоваться случаем и отобрал не только все имущество владыки, но и часть монастырского достояния. Обобрав, таким образом обитель, он лишил братию не только возможности похоронить святителя Иннокентия, но даже и литургию невозможно было совершать за неимением вина. И только после настойчивой просьбы Жолобов выделил на погребение святителя триста рублей, запретив при этом впредь обращаться к нему.
Погребение святителя было совершено 5 декабря.
Вскоре после кончины святителя Господь явил суд над его обидчиками. Архимандрит Антоний (Платковский), до последней степени обесчещенный в Пекине иноверцем Лангом, который публично и жестоко избил его, в узах был провезен мимо Вознесенской обители в Петербург. Там его ожидало лишение сана и заточение. Корыстолюбивому вице-губернатору Жолобову по приговору уголовного суда в Петербурге отрубили голову.
Через тридцать три года после кончины святителя во время ремонта Тихвинской церкви было обнаружено, что тело его, одеяние и даже бархат на гробе не тронуло тление, хотя само место погребения было сырым и затхлым.
Еще через два года настоятель Вознесенского монастыря архимандрит Синесий (Иванов) в день храмового праздника Вознесения Господня стал свидетелем чуда. За трапезой после Божественной литургии присутствовал губернатор немец Фрауендорф. О нетленных останках святителя он был наслышан и очень хотел посмотреть их. Сколько ни отклонял это желание иноверца присутствовавший на празднике епископ Софроний, изменить решение губернатора не удалось. Владыка Софроний, преподобный Синесий и Фрауендорф подошли к могильному склепу святителя, но не смогли увидеть гроба – он был покрыт большим слоем снега. После отъезда губернатора даже следов снега не могли обнаружить.
11 июня 1783 года при сильном ветре загорелась Вознесенская обитель. Весь Иркутск от мала до велика прибежал на пожар, но погасить его не представлялось возможным. Пламя охватило все каменные строения обители и, конечно, деревянную Тихвинскую церковь, под которой почивали мощи святителя. Надежды на спасение нетленных мощей не оставалось никаких. Тогда горожане обратились к прибывшему на пожар преемнику владыки Софрония, преосвященному Михаилу (Миткевичу), с просьбой попытаться достать мощи из огня. «Ежели покойный Иннокентий угодил Богу, – ответил тот, – то ради его нетленных мощей Всемогущий Господь спасет и церковь». В ту же минуту огонь погас.