Фактически Санкт-Петербургом при Собчаке руководили два первых вице-мэра — Путин и Яковлев. Можно сказать, что они по-братски поделили между собой экономику города: Яковлеву досталось старое советское городское хозяйство, строительство, жилищно-коммунальный комплекс, транспорт, а Путину — новая капиталистическая экономика, приватизация, зарубежные инвестиции, совместные предприятия (СП). При этом Путин не стремился к видимой власти, предпочитая роль серого кардинала. Яковлев же с осторожностью (учитывая ревнивый характер Собчака), методично продвигал в городские народные массы собственный образ — делового «хозяйственника», «санкт-петербургского Юрия Лужкова», что и позволило Яковлеву весной 1996 года неожиданно (для Собчака) выдвинуть свою кандидатуру на пост губернатора и выиграть у Собчака выборы. Третьим фактическим соправителем Санкт-Петербурга (много меньшим по значению) был городской министр финансов Алексей Кудрин.
В марте 1994 г. Путин был назначен руководителем Координационной группы по подготовке проекта реконструкции и расширения аэропорта «Пулково». В апреле был включен в наблюдательный совет Санкт-Петербургского банка реконструкции и развития (в наблюдательный совет вошли также Собчак и Яковлев). В марте-апреле Путину было поручено курировать от городской исполнительной власти избирательную кампанию по выборам городского Законодательного собрания (ЗС) и создание дружественного мэрии блока «Весь Петербург» во главе с бывшим руководителем КУГИ Сергеем Беляевым. Особого успеха блок «Весь Петербург» не имел, да и выборы в более чем половине округов 1994 г. не состоялись.
Осенью 1994 г. Путин курировал дополнительные выборы в Законодательное собрание, на которых около половины мандатов получили лояльные мэрии бизнесмены и политики центристской и умерено-демократической ориентации (так называемый «Единый демократический список», в котором объединились кандидаты «Всего Петербурга», «демократическое единство Петербурга» и некоторые независимые). Второе место на выборах заняли «Коммунисты Ленинграда» (4 мандата), третье — «Любимый город» (3 мандата). В числе избранных от независимых оказался ставленник семьи Молчановых Сергей Миронов. При поддержке группы независимых депутатов в Заксобрании города Путин добился в начале 1995 года снятия фракцией «Любимый город» неприемлемой для мэрии кандидатуры контр-адмирала Вячеслава Щербакова и избрания спикером Собрания нейтрального Юрия Кравцова (от «Любимого города»), а заместителями спикера независимых депутатов Сергея Миронова и Виктора Новоселова.
В конце апреля 1995 г. премьер-министр Виктор Черномырдин поручил Собчаку создание в Санкт-Петербурге регионального отделения Всероссийского общественно-политического движения «Наш дом — Россия» (НДР), проправительственной партии, создаваемой по указанию Ельцина. Было очевидно, что политической задачей партии будет поддержание кандидатуры Ельцина на президентских выборах 1996 года. Сколачивание петербургского филиала НДР Собчак перепоручил Путину, который возглавил организационный комитет. В числе 21 члена оргкомитета были президент совместного предприятия «Ленвест» депутат Владимир Коловой, президент концерна «Ленинец» Анатолий Турчак, президент строительно-финансовой компании «Двадцатый трест» депутат Сергей Никешин, генеральный директор петербургского отделения информационного агентства ИТАР-ТАСС Борис Петров, ректор Санкт-Петербургского государственного университета Людмила Вербицкая, президент телекомпании «Русское видео» Дмитрий Рождественский.
В петербургском отделении партии бывшего премьер-министра Егора Гайдара «Демократическое возрождение России» (ДВР) в это время существовало два крыла — «прагматическое» (в основном бизнесмены) и «правозащитное» (в основном бывшие диссиденты), и Путин привлек «прагматиков» из ДВР к созданию НДР. 5 мая 1995 г. торжественно прошла учредительная конференция Санкт-Петербургского «Наш дом — Россия» (НДР). На этой конференции Путин был избран председателем совета регионального отделения.
На учредительном съезде НДР 12 мая 1995 г. в Москве Путин вошел в Политический совет НДР из 126 человек, а руководителем санкт-петербургского НДР оставался до лета 1997 г. 21 июня 1997 года 3-я конференция Санкт-Петербургского отделения НДР удовлетворила его просьбу об освобождении от должности в связи с переездом в Москву и назначением на пост руководителя Главного контрольного управления (ГКУ) администрации президента. Новым председателем регионального совета НДР стал президент ОАО «Ленинец» Анатолий Турчак; в 1999 г. его сменил президент ЗАО «Петербургская топливная компания» (ПТК) Андрей Степанов. С 2000 г. руководителем Санкт-Петербургского НДР был ректор Горной академии Владимир Литвиненко. И первый, и второй, и третий были ставленниками Путина. Членом политсовета НДР Путин формально оставался вплоть до избрания его президентом в 2000 г., хотя не присутствовал на съездах НДР, начиная с VII съезда 1999 г.