Однако, раскрыв теоретическое и методологическое преимущество аристотелевского эмпиризма, Берон решительно отмежевывается от тенденции к голому, или ползучему, эмпиризму, господствовавшей в ряде философских и естественнонаучных систем XVIII и первой половины XIX в. Блестящий критический анализ этого эмпиризма дал А. И. Герцен в своих произведениях «Письма об изучении природы» и «Дилетантизм в науке». Берон также подвергает резкой критике эмпиризм современного ему естествознания, подчеркивая односторонность этого метода и сознательное бегство эмпириков от теоретических обобщений и создания общей картины макрокосмоса. Ученые прошлого, по мнению Берона, пришли к правильному заключению о необходимости богатого эмпирического материала для выведения общих закономерностей развития материального мира. Именно поэтому они стремились главным образом к накоплению эмпирических данных. Эта необходимая тогда тенденция развития естествознания продолжалась и в Новое время, затронув также философские системы. В результате установилось полное господство эмпиризма как метода мышления. Действительно, наука собрала огромный фактический материал, но это не привело к поставленной цели — открытию общих закономерностей развития природы и построению целостной картины макрокосмоса, поскольку исследовались лишь частные проблемы и собирались лишь эмпирические данные. Единственным положительным результатом применения одностороннего эмпирического метода явилось обогащение человеческого знания многими конкретными данными, а это в свою очередь вызвало необходимость их систематизации и классификации. Отсюда появление различных новых наук и областей наук. На этой основе Берон сделал важное заключение: «Эмпиризм, который должен был стать помощником философии, заменил ее, и ныне ученость того или иного индивида измеряется количеством фактов, которые он открывает, и количеством фактов, которые может вобрать в себя его ум. Подобные факты... накоплены из различных материалов, собранных вокруг места, предназначенного для большого здания, на постройку которого пойдут все без исключения материалы... План такого здания не мог составить ни один из этих ученых индивидов, поскольку его разработка зависела от познания свойств всех видов материалов. Нужны были иные индивиды, ум которых сумел бы охватить основы всех наук, чтобы связать их между собой и составить план, согласно которому все факты гармонично укладываются в ряд и свидетельствуют об общем происхождении» (3, 1-61).
Берон искренне считал, что построенная им система мироздания и есть то давно ожидаемое теоретическое обобщение, которое дает ответы на все нерешенные естественнонаучные и философские проблемы, и что эмпиризм нашел свое логическое завершение именно в его теории. Он был убежден, что благодаря его «новой науке» человечество сможет познать мир и его законы. Как в свое время Аристотель обобщил накопленные наукой и философией данные и создал оригинальную философскую систему, так и Берон, по его собственному мнению, создал единую науку, охватывающую все явления макро- и микрокосмоса.
Обобщая предмет и задачи панэпистемии, Берон пишет: «Собрание наук, которому я дал название „панэпистемия“, охватывает все то, что совершается в соответствии с физическими законами, действующими в мире и в сознании, которое есть душа. Чтобы прийти к открытию этих законов, необходимо было во что бы то ни стало общее изучение всех наук... В эпоху Аристотеля такой способ наиболее общего изучения был весьма распространенным, но количество открытых фактов было тогда недостаточным, чтобы достигнуть цели, к которой стремился этот великий физик. В современную эпоху открытых фактов вполне достаточно для того, чтобы прийти к общему происхождению наук и религий, но в то же время их количество стало столь велико, что их не может объять один человеческий интеллект. Следовательно, надо в каждой науке искать серии одинаковых фактов, которые послужат руководством при открытии законов, в силу которых они и возникли. Многочисленные комбинации всех этих серий были возможны, несмотря на то что осуществлялись с трудом: они привели к открытию происхождения движения и причин афинитета, которые суть два необходимых принципа производства явлений» (там же, 83).