В конце января 1694 года умерла Наталья Кирилловна. Царица угасла быстро, в течение пяти дней. Убитый горем Петр удалился в Преображенское и переживал свою боль в одиночестве, как будет делать всегда, чтобы окружающие не видели его слабость. Сын не присутствовал ни на отпевании, ни на похоронах матери, чем вызвал пересуды, непонимание и осуждение. На могилу Петр пришел спустя несколько дней, один оплакал нежно любимую матушку, после чего отправился в Немецкую слободу, где в кругу друзей быстро оправился от скорби. По своей природе царь не был способен долго предаваться бездействию, отчаянию и печали, что во многом повлияло в будущем как на его жизнь, так и на судьбу страны в целом.
В мае месяце Петр снова отправился в Архангельск, где на стапелях его дожидался построенный Апраксиным корабль «Святой Павел». Царь собственноручно подрубил опоры и под гром пушек спустил его на воду. Петру не терпелось снова выйти в море. На яхте, которую опробовал в прошлом году с Тиммерманом, он отплыл к Соловецким островам.
В пути налетел шторм. Небо распарывали гром и молнии, ливень лил сплошной стеной. Яхта трещала по всем швам, зарывалась носом в бушующее море по самую макушку. Высокие свинцовые волны грозили раздавить кораблик. Крушение казалось неизбежным, мужественно готовясь к смерти, царь и его спутники причастились святых тайн из рук сопровождавшего экспедицию двинского архиепископа Афанасия. Положение спас находившийся на борту поморский кормчий Антип Тимофеев, который умело и хладнокровно довел яхту до Летнего берега и укрыл ее в Унской бухте. По случаю счастливого избавления от гибели Петр собственноручно изготовил деревянный крест и водрузил его на том месте, где ступил на спасительный берег. Вернувшись в Архангельск, царь щедро наградил Антипа Тимофеева.
21 июля на горизонте показались долгожданные паруса заказанного в Голландии фрегата «Святое пророчество». В порту грянули салютом орудия, ударили колокола по всему городу. Петр ликовал, никогда еще он так не радовался ни одному событию в своей жизни. Настоящий военный корабль! Сорок четыре пушки с полным боевым комплектом, прекрасно меблированные каюты, серебряная посуда в офицерской столовой, запас первоклассного продовольствия и бочки французского вина в трюмах. Словно мальчишка царь детально исследовал корабль, дотошно расспрашивал голландских моряков о назначении всех составных частей такелажа, учился лазить по вантам и мачтам, часами просиживал в капитанской каюте над картами и лоциями… На грот-мачте фрегата был впервые поднят русский трехцветный флаг (вариация флага Голландии), который до сих пор является государственным символом России.
Отметив знаменательное событие грандиозным пиром, Петр совершил на новых кораблях еще одно путешествие – до мыса Святой нос на Кольском полуострове, разделяющим моря Белое и Баренцево. В плавании суда садились на мель, теряли ориентировку – команда царя была еще слишком неопытна, но все закончилось благополучно. Насладившись в полной мере опасными приключениями в настоящем морском походе, Петр вернулся в Москву, где приступил к подготовке масштабных маневров на суше.
В конце сентября 1694 года в районе деревни Кожухово начались военные учения, в которых приняли участие двадцать тысяч человек, разделенных на две «армии». Одна штурмовала крепость, другая ее защищала. Использовались все приемы войны – форсирование реки, подкопы, минирование, возведение редутов, преодоление рва, вылазка осажденных, отработка слаженных взаимодействий различных подразделений в бою. Под развернутыми знаменами, грохот пушечных орудий, разрывы гранат, залповые выстрелы, звуки труб и барабанов царь со шпагой наперевес первым бросался в атаку. Осада крепости продолжалась три недели. Когда она пала, потери с обеих сторон составили двадцать четыре человек убитыми и пятьдесят тяжело раненными. Полученные в рукопашных схватках колотые раны никто и не считал. Взятых в плен защитников крепости продержали связанными всю ночь, после чего освободили и пригласили к накрытому столу, за которым царь праздновал викторию.
Крепла дружба Петра с Лефортом, принимавшего самое активное участие во всех делах царя. Государь выделил немалые средства на расширение и отделку его дома в Немецкой слободе, который превратился в роскошный дворец. Особенным великолепием отличался огромный зал с дорогой мебелью, скульптурами, зеркалами и картинами, украшенный персидскими коврами и китайским шелком. Здесь в непринужденной обстановке устраивались шикарные приемы, пиры и танцы до утра. Дом окружал парк со зверинцем, у ворот круглосуточно дежурила охрана.