Торжествующие стрельцы схватили Нарышкина за волосы, потащили волоком пытать в застенок, требовали признания, что он покушался на жизнь царевича Ивана. Брата царицы подвесили на дыбу, секли кнутом, жгли каленым железом, ломали ребра и суставы, но он так и не признал свою вину. Истерзанного и переломанного его публично подняли на копья, разрубили на куски, вывалили их в грязи и накололи на колья для всеобщего обозрения. Ивану Нарышкину было всего 23 года.
Террор продолжался еще несколько дней. Наталя Кирилловна ухаживала за свалившимся в горячке Петром и трепетала от страха за свое и будущее сына. Уничтожив шестьдесят бояр, бунтовщики взяли паузу и, угрожая дальнейшими расправами, потребовали, чтобы царствовали оба брата, причем Иван, как старший, стал первым царем, а Петр – вторым. Дума и патриарх безропотно подчинились и даже привели положительные примеры двоевластия из истории Спарты, Египта, Византии. Но кто реально будет править страной? Иван слабоумен, Петр – еще ребенок. Стрельцы пожелали, чтобы регентшей стала принцесса Софья. Все ключевые посты в государстве заняли ее сторонники. Наталью Кирилловну с Петром вновь удалили в Преображенское. Оставшихся в живых Нарышкиных и их сторонников сослали, другие бежали из Москвы сами. Победа Милославских была полная. Стрельцы пировали в Кремле, Софья собственноручно обносила их вином из кремлевских погребов.
Кровавые сцены стрелецкого бунта не могли не сказаться на психике юного Петра. Жуткая гибель близких ему людей преследовала его всю жизнь, сказалась на формировании личности – юный царь рос нервным, невыдержанным, беспокойным, впечатлительным мальчиком, склонным к проявлению безудержной ярости и жестокости. Его преследовали ночные кошмары, в минуты гнева лицо сводила гримаса судорог, участились приступы эпилепсии, которой он страдал, вероятно, от рождения.
В Преображенском Петр оказался предоставленным самому себе, не связанный дворцовым церемониалом, мог позволить следовать своим природным наклонностям, что впоследствии составило его яркую индивидуальность. Военные забавы продолжали поглощать все его внимание, появились новые товарищи для игр – худородные сыновья дворовой челяди. Большинство мальчиков любят играть в войну, а маленький царь имеет возможность играть в почти настоящую войну. Очень скоро деревянные сабли и пищали потешная гвардия Петра поменяла на боевое оружие, вплоть до пушек.
Рослый, сильный и выносливый, юный царь интересовался ремеслами, целыми днями пропадал в кузнице. Вид раскаленного железа, россыпь искр завораживали его. Народ дивился чудачествам Петра – не царское это дело махать молотом да палить из пушек в компании с конюхами и холопами.
Петра опекали его дядьки (воспитатели) Борис Голицын и Тихон Стрешнев. Последнего он почитал за отца. Молодому царю симпатизировали, старались быть ему полезными пострадавшие от стрельцов представители знатных фамилий – в первую очередь Долгорукие и Ромодановские. Когда Петру было четырнадцать лет, Яков Долгорукий, заметив его новую страсть к заморским техническим диковинам, рассказал ему о приборе, с помощью которого «можно измерять расстояния, не сходя с места». Петр загорелся, попросил достать ему такой инструмент. Долгорукий, побывавший с дипломатической миссией во Франции, привез царю обещанный подарок – астролябию. Петр тут же попросил показать, как пользоваться столь удивительным прибором. Ни Долгорукий, ни никто другой из окружения молодого царя не имел об этом ни малейшего представления. Положение спас личный врач Петра, немец, который обещал поспрашивать знающих людей в Немецкой слободе, где проживали иностранцы. В следующий свой визит доктор привел с собой голландца Франца Тиммермана, плотника и купца, обладавшего некоторыми знаниями по инженерной части, но Петр ничего не понял из объяснений голландца – он не знал ни арифметики, ни геометрии. До сих пор серьезным образованием Петра никто не занимался, читал он с трудом, писал и того хуже. Со дня знакомства с Тиммерманом в нем пробудилась еще одна могучая страсть на всю жизнь – к знаниям. Голландец не только стал его учителем, но и товарищем, хотя был старше своего ученика почти на тридцать лет. В учебе Петр проявил усердие и блестящие способности. Тиммерман не обладал обширными познаниями, преподавание сводилось к простому изложению основных правил арифметики и геометрии, но его ученик все схватывал на лету, до многих премудростей науки доходил собственным умом. С особенным интересом он выслушал курс по фортификации и строительству крепостей; полученные знания немедленно принялся применять на практике.