Царевне, однако, на первых порах пришлось разочароваться в достигнутом успехе. Оказывалось, что она получила только внешнюю форму, только призрак власти. Победа была одержана при помощи такой силы, какую представляло собой в майские дни 1682 г. разнузданное стрелецкое войско. Это войско, распорядившееся царским венцом, скоро почувствовало себя хозяином положения. Во главе его очутился, сделавшись начальником Стрелецкого приказа вместо убитого в смуте князя Ю. А. Долгорукого, князь И. А. Хованский. Хованского впоследствии обвиняли в очень высоких и дерзких замыслах и покушениях; говорили, что он мечтал женить сына на царевне Екатерине Алексеевне и указывал на свое происхождение из королевского дома Гедимина, ясно давая будто бы понять, куда он метит. Возможно, что эти рассказы появились во враждебной ему среде, чтобы оправдать внезапную и крутую с ним расправу. Верно, однако, то, что действительная фактическая власть в течение лета 1682 г. оказалась в его руках, поскольку, разумеется, он умел ладить со стрелецким войском. Хованский является в этот период времени посредником между войском и правительницей, и его устами войско продолжает диктовать свою волю царевне Софье так же, как оно ранее диктовало ее царице Наталье. Стрельцы потребовали себе нового титула «надворной пехоты» (гвардии) и сооружения памятника на Красной площади с надписью, восхваляющей их деяния 15–17 мая, и Софья должна была то и другое исполнить. Стрельцы поддержали настойчивые требования раскольников устроить на Лобном месте публичное прение о вере с патриархом и архиереями, и Софья устроила его 5 июля 1682 г. и присутствовала на нем вместе с царицей Натальей Кирилловной, причем приверженцы старой веры, которой сочувствовал или делал вид, что сочувствует, Хованский, держали себя во дворце при чтении своей челобитной вызывающе дерзко. Смягчать и укрощать эту требовательность войска Софья должна была постоянными раздачами денег и обещаниями еще бoльших наград. Правительница скоро поняла, в чьих руках действительная власть, поняла и то, какой ненадежной опорой были для нее стрельцы. Распустившаяся, не знающая над собой удержу вооруженная толпа могла совершить кровавый государственный переворот, но не могла служить опорой для нормальной правительственной деятельности. Но за стрельцами стояла другая социальная сила. Хозяйничанье стрельцов в Москве весной и летом 1682 г. сопровождалось волнением низших слоев московского населения: низшего слоя посадских жителей, московского черного люда и многочисленной челяди, холопей из боярских дворов, получивших волю в майские смутные дни, когда был сожжен Холопий приказ и изодраны хранившиеся в нем крепостные книги.
Настоящей опоры Софья должна была искать в иных общественных элементах и нашла ее в том общественном классе, на который опирались Романовы с самого своего избрания, — в поместном дворянстве. Поняв опасность и непрочность своего положения в столице, Софья с обоими царями выехала 19 августа из Москвы в село Коломенское, откуда перебралась в Саввин-Сторожевский монастырь, а затем в Троицкий. По окрестным уездам были посланы грамоты с предписаниями помещикам немедленно собраться и явиться к государям. Отовсюду съезжались дворянские полки. Когда количество этого дворянского войска оказалось достаточным, Софья велела схватить Хованского и казнить его с сыном без всякого суда. Казнь была совершена 17 сентября, в день ее именин, в отстоящем в 10 верстах от Троицкой лавры селе Воздвиженском, где находилась тогда и сама царевна с государями. Стрельцам нанесен был сильный удар. Первым их инстинктивным движением было схватиться за оружие: они заперлись в Кремле, сели там в осаде. Это было уже настоящее восстание против правительницы. Троицкий монастырь, куда укрылся двор, был переведен на военное положение, как во время знаменитой осады его поляками: везде расставлены были караулы, из бойниц стен выглянули дула орудий. Монастырь стал центром, к которому стягивалась служилая рать. Ее сила была столь внушительна, что стрельцы струсили и решили сдаться. Современники живо изображают, как напуганы были они идущей отовсюду на Москву дворянской ратью и с каким трепетом шла под предводительством суздальского митрополита Илариона выборная депутация от них в Троицкий монастырь с повинной. Депутаты опасались, что их перехватают и казнят так же, как Хованских. Софья, приняв депутацию, согласилась простить стрельцов, если они заслужат прощение своими головами. Стрельцам были предписаны условия, исполнять которые они обязались под присягой. Собираться в круги по-казачьи было им теперь запрещено: столб на Красной площади с хвалебной надписью в память майских убийств велено было сломать; наиболее предприимчивые стрелецкие вожаки были разосланы по уездным городам. Начальником Стрелецкого приказа назначен был думный дьяк Ф. Л. Шакловитый, энергичными и суровыми мерами восстановивший в войске хотя некоторую дисциплину. Только после этих мер Софья стала действительной правительницей государства. К ноябрю 1682 г. двор вернулся в Москву.