По инициативе Столыпина был осуществлён государственный переворот 3 июня 1907 года. Он состоял в досрочном роспуске II Государственной Думы и произвольном изменении избирательного закона для выборов следующей Госдумы. На изменение избирательного закона по своему желанию император не имел права по 87 статье основных законов Российской империи.
Для организации разгона Госдумы Столыпин использовал полицейских провокаторов. 29 апреля 1907 года в Политехническом институте состоялось собрание солдат, на собрании присутствовал депутат Думы социал-демократ Л. Ф. Герус. Собрание постановило составить «солдатский наказ», рассказывающий о трудностях военной службы, и с делегацией передать его депутатам социал-демократической фракции Думы. Написание солдатского наказа было поручено социал-демократу В. С. Войтинскому.
Военная организация находилась под тщательным надзором полиции, два её участника — Екатерина Шорникова и Болеслав Бродский — были полицейскими информаторами. Слежку за Военной организацией координировал сотрудник Охранного отделения полковник В. И. Еленский.
Документ, названный «Наказ воинских частей петербургского гарнизона в социал-демократическую фракцию Государственной думы», оказался в руках Екатерины Шорниковой, исполнявшей в Военной организации обязанности делопроизводителя. Шорникова немедленно известила о событиях полковника Еленского, Еленский доложил начальнику отделения полковнику А. В. Герасимову, а тот немедленно информировал премьер-министра П. А. Столыпина.
Столыпин проявил неожиданную заинтересованность в деле и потребовал раздобыть копию «наказа»; Шорникова изготовила две копии, на одну из которых поставила печать Военной организации. Ознакомившись с документом, Столыпин отдал распоряжение арестовать депутатов от РСДРП с поличным в момент визита к ним солдатской делегации. Задача не представлялась особенно сложной — все участники Военной организации были известны Охранному отделению, за ними велось агентурное наблюдение.
Солдатская делегация отправилась к социал-демократам вечером 5 мая. Штаб-квартира думской фракции РСДРП, снимаемая на имя депутата И. П. Озола, располагалась в меблированных комнатах «Сан-Ремо» в доме 92 на Невском проспекте. По неизвестным причинам полковник Еленский со своими сотрудниками замешкался, и полиция ворвалась в квартиру после того, как солдаты из неё ушли. В квартире оказалось 35 человек, в том числе пять депутатов Думы.
Полиция не имела права ни арестовать депутатов, ни начинать выемку документов до прибытия судебного следователя; всё, на что решились полицейские — задержать депутатов в квартире до прибытия судебных властей. Хотя полиция не обыскивала и не задерживала депутатов, обыск в квартире, снимаемой депутатом, также представлял собой нарушение парламентской неприкосновенности. Затем полиция незамедлительно арестовала в казармах солдат — участников делегации. Текст наказа, содержавший разного рода жалобы, «…как запирает начальство солдат в каменные клетки-казармы, как мучает их непосильной и ненужной работой, как терзает их бессмысленными учениями…», не производил впечатления свидетельства о серьёзном противоправительственном заговоре.
Депутаты левых фракций внесли два спешных запроса правительству с требованиями объяснений по поводу обыска 5 мая. Столыпин не стал уклоняться от ответа и немедленно, без всякой подготовки, сделал заявление. Он сказал, что «…полиция и впредь будет также действовать, как она действовала». Далее Столыпин перешёл к принципиальным вопросам: «Я должен сказать, что кроме ограждения депутатской неприкосновенности, на нас, на носителях власти, лежит ещё другая ответственность — ограждение общественной безопасности. Долг этот свой мы сознаём и исполним его до конца».
20 мая министр юстиции И. Г. Щегловитов объявил правительству о нахождении при обыске 5 мая документов, свидетельствующих о групповом участии членов Думы — социал-демократов — в противоправительственном заговоре.
1 июня, в пятницу, правительство неожиданно выдвинуло Думе ультиматум. Столыпин, присутствовавший на заседании Думы, попросил объявить заседание закрытым. Затем представитель прокуратуры зачитал постановление судебного следователя о привлечении к ответственности всей социал-демократической фракции Думы на основании результатов обыска 5 мая. Выступивший после этого Столыпин пояснил требования правительства: Думе предлагалось отстранить 55 депутатов от участия в заседаниях, а с 16 депутатов снять парламентскую неприкосновенность.