Думская победа Столыпина встретила громадное сочувствие в широких кругах русского общества. Поздравления, приветствия и адреса со многими тысячами подписей, посылавшиеся к нему со всех сторон, еще более вдохновляли его.
Епископ Евлогий, близко знавший Столыпина, почти 30 лет спустя, уже будучи в эмиграции, вспоминал: «Эти знаменитые два слова «Не запугаете!» отразили подлинное настроение Столыпина. Он держался с большим достоинством и мужеством. Его искренняя прекрасная речь произвела в Думе сильное, благоприятное впечатление. Несомненно, в этот день он одержал большую правительственную победу…»
Однако подпольная деятельность революционных партий продолжалась. Сердца руководящей кучки революционеров не дрогнули пред клочьями разорванных на Аптекарском острове тел, пред массой бесплодно загубленных жизней, и эсеровские «боевые дружины», летучие отряды и группы бомбистов стали вновь сорганизовываться. Уже в декабре 1906 года неким Добржинским была организована «боевая дружина», которая, по поручению центрального комитета партии социалистов-революционеров, должна была убить того же П. А. Столыпина; она была во время открыта и захвачена.
7 мая 1907 года Столыпин обнародовал в Думе «Правительственное сообщение о заговоре», обнаруженном в столице и ставившем своей целью совершение террористических актов против императора, великого князя Николая Николаевича и против самого Столыпина: «В феврале текущего года отделение по охранению общественного порядка и безопасности в Петербурге получило сведение о том, что в столице образовалось преступное сообщество, поставившее ближайшей целью своей деятельности совершение ряда террористических актов. […] В настоящее время предварительным следствием установлено, что из числа задержанных лиц значительное число изобличается в том, что они вступили в образовавшееся в составе партии социалистов-революционеров сообщество, поставившее целью своей деятельности посягательство на священную особу Государя Императора и совершение террористических актов, направленных против Великого князя Николая Николаевича и председателя Совета Министров […] В квартире оказались, действительно, члены Государственной думы».
В заговоре приняли участие 55 депутатов, и Столыпин, сообщая Думе о его раскрытии и обыске в квартире депутата Озоля, заявил, что представляется необходимым принятие мер к обеспечению правильного хода правосудия, для чего требуется разрешение Думы на привлечение нескольких ее членов в качестве обвиняемых. Премьер добавил, что всякое промедление со стороны Думы в разрешении предъявленных к ней требований или неполное их удовлетворение поставит в невозможность дальнейшее обеспечение спокойствия и порядка в государстве.
После того, как Дума не согласилась на условия правительства немедленно и перешла к процедуре обсуждения требований, царь, не дожидаясь окончательного ответа, 3 июня распустил II Государственную думу. Тогда же были арестованы все депутаты с.-д., которые еще не скрылись. Население встретило роспуск Думы совершенно спокойно: не было ни демонстраций, ни попыток устраивать забастовки.
«Революция объективно закончилась», — писал П. Б. Струве.
Еще продолжались террористические акты, аграрные волнения, но даже Ленин на конференции социал-демократов признавал, что «революционной ситуации» больше нет.
В революционном движении наступило временное затишье. П. А. Столыпин заявил: «Дайте государству двадцать лет покоя, внутреннего и внешнего, и вы не узнаете нынешней России»
П. А. Столыпин с дочерью Натальею (1908 г.)
Манифест от 3 июня, объявивший о роспуске II Государственной думы, в тоже время объявил и о новом избирательном законе. «Измененный по инициативе Столыпина избирательный закон создал большую ответственность депутатов перед избирателями, а потому сделал выборы более сознательными; в то же время он устранил опасность переполнения Думы инородцами, сократив их число. Введением этого закона, Столыпин сделал великий шаг вперед на пути созидания нового строя русской жизни; он привел Россию к Думе работоспособной, при содействии которой удалось, наконец, стать на прочную почву законодательных работ» (А. П. Аксаков).
Новая избирательная система, которая использовалась при выборах в III Государственную думу, увеличила представительство в ней землевладельцев и состоятельных горожан, а также русского населения по отношению к национальным меньшинствам, что привело к формированию проправительственного большинства. Большинство в новоизбранной III Думе составили «октябристы». Находящиеся в центре «октябристы» обеспечивали Столыпину принятие законопроектов, вступая в коалицию по тем или иным вопросам либо с правыми, либо с левыми членами парламента. В то же время партия Всероссийский национальный союз, которой покровительствовал премьер, лидировала в думской национальной фракции, занимавшей промежуточное положение между октябристами и правой фракцией.