На посту премьер-министра Столыпин действовал весьма энергично. Его запомнили как блестящего оратора, многие фразы из речей которого стали крылатыми, человека, справившегося с революцией, реформатора, бесстрашного человека, на которого было совершено несколько покушений.
Отношения Столыпина со II Государственной думой были весьма напряженными. В законодательный орган власти входило более сотни представителей партий, которые напрямую выступали за свержение существовавшего строя, — РСДРП и эсеры, чьи представители неоднократно устраивали покушения и убийства высших должностных лиц Российской империи. Польские депутаты выступали за выделение Польши из Российской империи в отдельное государство. Две самые многочисленные фракции Думы, кадетов и трудовиков, ратовали за принудительное отчуждение земель у помещиков с последующей передачей крестьянам.
Члены революционных партий, ратовавших за смену государственного устройства, попав в Государственную думу продолжали заниматься антигосударственной деятельностью, о чем вскоре стало известно полиции, руководителем которой являлся Столыпин. 7 мая 1907 года он обнародовал в Думе «Правительственное сообщение о заговоре», обнаруженном в столице и ставившем своей целью совершение террористических актов против императора, великого князя Николая Николаевича и против него самого.
Правительство предъявило Думе ультиматум, требуя снять депутатскую неприкосновенность с предполагаемых участников заговора, предоставив Думе кратчайший срок для ответа. После того, как Дума не согласилась на условия правительства немедленно и перешла к процедуре обсуждения требований, царь, не дожидаясь окончательного ответа, 3 июня распустил Думу. Акт 3 июня формально нарушал «Манифеста 17 октября» и Основные законы 1906 года, в связи с чем противниками правительства был назван «Третьеиюньским государственным переворотом».
Следующим шагом, который предпринял Столыпин для нормализации политической жизни в стране, стало изменение избирательной системы. Взаимоотношения Столыпина с III Думой представляли собой сложный взаимный компромисс, который позволил правительству под руководством П. А. Столыпина укротить революцию и заняться проведению реформ.
Во время революционных событий 1905–1907 годов были осуществлены десятки тысяч террористических актов, в результате которых погибло более 9 тысяч человек. Столыпин лично столкнулся с актами революционного террора. В него стреляли, бросали бомбу, направляли в грудь револьвер, революционеры приговорили к смерти путем отравления единственного сына Столыпина, которому было всего 2 года.
Среди погибших и пострадавших от революционного террора были родные, друзья и ближайшие знакомые Столыпина. И во многих случаях убийцам удалось избежать смертной казни вследствие судебных проволочек, адвокатских уловок и гуманности общества.
19 августа 1906 года был принят «Закон о военно-полевых судах». Он предусматривал отдавать преступников под суд в течение суток после акта убийства или вооруженного ограбления. Рассмотрение дела в суде — не более двух суток, приговоры утверждаются командующими военными округами и выполняются в течение 24 часов.
Закон о военно-полевых судах не был внесен правительством на утверждение в III Думу и автоматически потерял силу 20 апреля 1907 года. В итоге, вследствие принятых мер, революционный террор был подавлен, перестал носить массовый характер, проявляясь лишь единичными спорадическими актами насилия. Государственный порядок в стране был восстановлен.
Разгром революционного движения позволили П. А. Столыпину приступить к реализации своей основной реформы — аграрной. Началом реформы явился указ от 9 ноября 1906 года «О дополнении некоторых постановлений действующего закона, касающихся крестьянского землевладения и землепользования». Указом был провозглашен широкий комплекс мер по разрушению коллективного землевладения сельского общества и созданию класса крестьян — полноправных собственников земли.
П. А. Столыпин со своим семейством на террасе Елагинского Дворца (1907 г.)
Особое значение Столыпин уделял восточной части Российской империи. Политика Столыпина относительно Сибири состояла в поощрении переселения на ее незаселенные просторы крестьян из европейской части России. Это переселение было частью аграрной реформы.