Со второй половины 1909 года наступило время думского затишья. Наладившаяся в ней работа не вызывала более необходимости выступлений Председателя Совета Министров. Общее успокоение страны требовало тоже меньшей затраты его сил. Свою кипучую энергию Столыпин мог поэтому еще с большей силой направить на созидательную деятельность. Наибольшее его внимание было, как и раньше, обращено на реализацию закона о землеустройстве. К этому времени относятся его поездки по разным местностям России для ознакомления с землеустроительными работами и осмотра новых отрубных и хуторных хозяйств; поездка в Сибирь на Амурскую дорогу и поездки в Полтаву и Киев. За это же время он принимал участие во многих мелких делах. Так, он принял участие в борьбе с холерой, в работах по водоснабжению г. Петербурга и т. п.
П. А. Столыпин осматривает хуторские огороды близ Москвы (апрель 1910 года)
Столыпин почти не имел личной жизни и личных интересов; всю свою энергию, всю удивительную свою трудоспособность он вкладывал в каждое дело, которое считал долгом исполнить и довести до конца. Отдыха он не знал, только летом на самое короткое время уезжал в деревню в свое имение, но и там он продолжал работать, не выпуская нитей государственного строительства и управления из своих рук. Только раз за 1906–1911 гг., заболев крупозным воспалением легких, позволил себе двухмесячную поездку в Крым. Обычно он работал с раннего утра до поздней ночи, не признавая утомления. Вставал очень рано, в начале восьмого был уже на прогулке; вернувшись в кабинет, принимался за просмотр текущих дел, делал пометки, подготовлял поручения подчиненным и пробегал газеты, делая внимательно отметки. С половины десятого начинались доклады и приемы высших чинов, лиц явившихся по посторонним делам, членов Думы и Государственного Совета. Промежутки между приемами заполнялись чтением книг, посвященных вопросам государственного права. Значительную часть времени он должен был заседать в Совете Министров и на совещаниях по важнейшим текущим делам и делам законодательства. Заседания эти нередко затягивались до утра. При таком обилии общегосударственных забот Столыпин умудрялся находить время и для менее важных вопросов; так, известны случаи, когда он ночью лично посещал ночлежки, приюты и знакомился с жизнью наиболее бедствующей части населения столицы.
Столыпин выходит из склада сельскохозяйственных хуторских машин близ Москвы (август 1910 года)
Столыпин поставил себе за правило не вмешиваться в иностранную политику. Однако во время Боснийского кризиса 1909 года понадобилось прямое вмешательство премьер-министра. Кризис угрожал перерасти в войну с участием балканских государств, Австро-Венгерской, Германской и Российской империй. Позиция премьер-министра заключалась в том, что страна к войне не готова, и военного конфликта следует избежать любыми способами. В конечном итоге, кризис завершился моральным поражением России. После описываемых событий Столыпин настоял на увольнении министра иностранных дел Извольского.
В 1909 году начали портиться отношения между Николаем II и П. А. Столыпиным.
В первый раз компания против Столыпина была начата по вопросу о преобразовании русской миссии при японском правительстве в посольство. Законопроект по этому вопросу был внесен Столыпиным в Государственную Думу, причем правые хотели видеть в этом покушение Столыпина на прерогативы императора, но это дело было вскоре признано недостаточно ярким, и атака была оставлена.
Вторая атака на премьера не заставила себя ждать. После поражения русского флота в Цусимском сражении в 1905 году возникло предложение создать Морской штаб, а это требовало увеличения бюджета для его содержания. Столыпин решает провести данный вопрос через Думу. Нашлись те, которые немедленно доложили Николаю II, что Столыпин вмешивается в военную отрасль, которая находится исключительно в компетенции царя, и тот закон отклоняет.
Была и еще одна причина охлаждения отношений между императором и премьером. В то время Григорий Распутин приобретает значительное влияние на царицу. Столыпин предлагает Николаю II, чтобы прекратить разного рода кривотолки, выселить «святого старца» из столицы, на что тот отвечает: «Я с вами согласен, Петр Аркадьевич, но пусть будет десять Распутиным, чем одна истерика императрицы». Узнав об этом разговоре, Александра Федоровна также прониклась неприязнью к Столыпина и не раз настаивала на замене премьера.
В марте 1911 года Столыпин подал в Думу проект об утверждении земств в западных губерниях. Против премьер-министра сплотились противоположные силы — левые, которых реформы лишали исторической перспективы, и правые, усмотревшие в тех же реформах покушение на свои привилегии.