Успокоенный клятвенными отцовскими обещаниями помилования и поданною ему надеждою на брак с своею возлюбленной, царевич уже обращается к ней как к будущей жене и матери своего ребенка, имеющего скоро появиться на свет. Поэтому по приезде в Россию первым его делом было послать женщин для прислуги, а повивальную бабку отправил к ней из Данцига в Берлин, где Евфросинья остановилась для отдыха. Алексей Петрович сообщал ей свои мечты об их будущем семейном счастье где-либо вдали от двора, в сельском уединении. А в это время близкие ему люди и его приверженцы с горестью встретили весть об его возвращении и поверяли друг другу опасения великих бед как для него, так и для них самих.
В первых числах января 1718 года царевич достиг пределов новозавоеванной Петром Лифляндии. Теперь жертва уже не могла ускользнуть из рук своих палачей, а потому Толстой в Риге покинул царевича и поскакал вперед к государю с подробными донесениями. Алексей чрез Новгород и Тверь в последний день января прибыл в Москву, где тогда находились царь и царица. Тут произошла полная перемена декораций. Спустя два дня царевича без шпаги, как арестанта, привели в аудиенц-залу кремлевского дворца, охраняемого несколькими батальонами гвардии с заряженными ружьями. Сам царь, окруженный высшими духовными и гражданскими лицами, обратился к Алексею с суровым словом, упрекая его в дурном поведении и преступном бегстве. Тот упал на колени и слезно просил прощения. Царь, забыв о своем прощении, уже данном и скрепленном клятвою, вновь обещал его, но теперь под условием отказа от престолонаследия и выдачи всех своих сообщников в совершении бегства. Несчастный, как зверек, затравленный и пойманный в ловушку, потерял всякое самообладание и машинально исполнял все, что от него требовали. Он назвал имена сообщников и подписал клятвенное отречение от наследия престола в пользу маленького брата своего — сына Екатерины, царевича Петра Петровича. В тот же день 9 февраля издан был обширный царский манифест. Здесь излагались вины и пороки Алексея, в которых он закоренел, несмотря на все (якобы) старания дать ему хорошее воспитание, приличное наследнику престола; вступив в брак с дочерью владетельного герцога, он не только жил с нею «в крайнем несогласии», но еще при ее жизни начал явную связь с «бездельною и работною девкой». Далее говорилось о напрасных родительских увещаниях и трудах исправить сына и «обратить его на путь добродетели». Манифест особенно останавливается на преступном бегстве царевича к цесарю, которого он всячески возбуждал против своего отца и едва не довел их до войны.
Хотя за такие свои преступления царевич «достоин был лишения живота», однако царь «его прощает и от всякого наказания освобождает» (?), но «для пользы государственной» и ради сохранения как завоеванных «провинций», так и всего совершенного «неусыпными трудами нашими» государь лишает сына своего Алексея наследства престола, а «наследником определяет другого сына, Петра», и те, которые «будут считать Алексея за наследника», объявляются изменниками отечеству и государю.
Несмотря на вторичное письменно объявленное прощение, вслед за тем и начался жестокий судный розыск над Алексеем и его сторонниками. Ему были предложены вопросные пункты касательно его бегства и пособников. Царевич на эти пункты написал довольно подробный рассказ с указанием на роль главного пособника, т. е. Александра Кикина, потом на Никифо-ра Вяземского, на московского своего духовника протопопа Якова Игнатьева и петербургского протопопа Георгия, камердинера своего Ивана Большого Афанасьева, Семена Нарышкина, Федора Дубровского; упомянул о сношениях своих с князьями Василием Владимировичем Долгоруким, Федором Матвеевичем Апраксиным, сибирским царевичем и некоторыми другими лицами.
В разные места поскакали курьеры, хватали большую часть оговоренных лиц и везли их в Москву на розыск, т. е. на пытки. В застенках Преображенского тайного приказа засвистали кнуты, неумолчно раздавались удары по голым спинам вздернутых на дыбу и вымучивались всевозможные относящиеся к бегству царевича показания, которые дьяки тут же записывали. Иногда, кроме того, подсудимые писали еще собственноручные признания. Более всех мучили Александра Кикина, его принимались пытать несколько раз, причем добивались сознания не только в делах, но и в речах или беседах, отдельных фразах и даже в самых мыслях. Затем суд, наряженный из высших чинов, приговорил Кикина к смертной казни (колесованию) с отобранием всего его имущества на государя. Такому же розыску, а впоследствии и смертному приговору подвергся камердинер царевича Иван Большой Афанасьев, тому же подвергся оговоренный Афанасьевым дьяк Федор Воронов, который повторял слова князя Василия Долгорукова, сказанные при возвращении Алексея: «Едет сюда дурак царевич для того, что отец ему посулил жениться на Афросинье; желвь ему — не женитьба будет». Служители царевича Иван Меньшой Афанасьев (брат предыдущего), Федор Еверлаков и некоторые другие подсудимые после пыток биты кнутом и сосланы в Сибирь. Учитель царевича Никифор Вяземский был пытан и потом сослан в Архангельск. Пытаные оговаривали еще разных лиц, которых хватали и подвергали расспросу. И все за разговоры или словесные отзывы о деле царевича. Однако знатным лицам оказывалось большее или меньшее снисхождение. Так, генерал-лейтенант князь Василий Долгорукий был привезен в Москву в кандалах и подвергнут допросу, хотя и без пытки, но за него вступился его родственник, столь известный князь Яков Федорович Долгорукий и написал царю челобитную о милосердии; сам князь Василий подал повинную грамоту. Наказание его ограничилось ссылкой в Соликамск (из которой впоследствии был возвращен).