Сразу после смерти Федора Алексеевича царем был избран десятилетний Петр, Софья, однако, стоявшая во главе клана Милославских, решила принять меры, чтобы к власти не пришли Нарышкины и их сторонники.
Опираясь на московских стрельцов, многочисленные клевреты Софьи подняли открытый бунт против Нарышкиных, потребовав удаления их из Кремля. Это произошло 15 мая 1682 года. В этот же день стрельцам выдан был брат Натальи Кирилловны Иван, изрубленный мятежниками на части, а его голова была вздета на копье. Вслед за тем стрельцы потребовали пострижения в монастырь отца Натальи Кирилловны и ссылки всего рода Нарышкиных. Был убит и сторонник Нарышкиных князь Михаил Юрьевич Долгоруков, и ближайшие сподвижники Алексея Михайловича Языковы и Лихачевы. Был убит и Артамон Матвеев, незадолго перед тем вернувшийся из ссылки в Москву для подавления мятежа.
Эти убийства и зверства произошли на глазах юного Петра. Он был настолько напуган и потрясен увиденным, что с ним случился первый эпилептический припадок. Впоследствии такие припадки, называемые тогда «падучей болезнью», периодически случались у Петра до конца жизни. На всю жизнь сохранил он и ненависть к бунтовщикам и в дальнейшем не однажды беспощадно карал мятежников.
Получив около трехсот тысяч рублей и имущество побитых ими бояр, стрельцы послали начальника князя Ивана Андреевича Хованского потребовать воцарения и старшего брата — Ивана Алексеевича, объявив его первым царем, а Петра — вторым.
К середине лета правительство Софии из-за своевольства стрельцов потеряло контроль над столицей, и потому 13 июля двор во главе с цесаревной покинул Москву и перебрался в хорошо укрепленный Троице-Сергиев монастырь, расположенный в 75 километрах к северо-востоку от Москвы. Правда, вскоре все они вернулись в Москву, но ненадолго, и в августе снова направились в Троицу.
В то время как Софья маневрировала подобным образом, власть над стрельцами захватил начальник Стрелецкого приказа князь Иван Андреевич Хованский, в майских событиях энергично отстаивавший интересы своих подчиненнных. Стрельцы намерены были посадить Хованского на престол, но Хованский проявил нерешительность, чем тут же воспользовалась Софья. Она собрала к Троицкому монастырю дворянское ополчение, вызвала Хованского с сыном Андреем на встречу с боярами — членами Боярской думы, в которую входил и Хованский, — и когда отец и сын приехали, велела схватить и казнить их обоих без суда, обвинив в государственной измене. Заговор был обезглавлен, и стрельцы покорились воле правительницы.
Во всех этих делах главные роли сыграли сторонники Софьи и ее фавориты — один в настоящем, князь Василий Голицын, а второй в будущем — новый начальник московских стрельцов Федор Шакловитый.
Возвратившись в Москву, Софья стала участвовать во всех дворцовых и церковных церемониалах наравне с царями Иваном и Петром. Она приказала чеканить золотые монеты с ее портретом, стала надевать царскую корону и давала официальные аудиенции иноземным послам в Золотой палате Московского Кремля.
После подавления «хованщины» Голицын стал фактическим главой русского правительства и сферой своей деятельности избрал реформу военного дела и вооруженных сил и формирование внешнеполитического курса России.
В военной сфере его усилия были направлены на то, чтобы заменить стрелецкое войско и дворянское ополчение хорошо обученной, профессиональной регулярной армией. В области внешней политики он стремился заключить союз с западными странами и обратить оружие против Крыма и Турции.
В первом начинании Голицын не добился особых успехов — он лишь начал преобразования в армии, правда, сильно их продвинув, зато во втором — одержал победу. Вершиной его дипломатической деятельности стало подписание договора о «Вечном мире» с Польшей 21 апреля 1686 года.
Отныне российские государи официально писались в международных документах «Всея Великия и Малыя и Белыя России самодержцы». С этого же момента и имя Софьи писали в царском титуле на всех документах.
Подписание «Вечного мира» сильно укрепило авторитет Голицына. Иностранцы, посещавшие Посольский приказ, писали, что российское дипломатическое ведомство занимает четыре огромных каменных здания с множеством просторных и высоких зал, убранных на европейский манер.
Сам Голицын поражал их необычайной роскошью своей одежды, сплошь усыпанной алмазами, сапфирами, рубинами и жемчугом. Говорили, что у Голицына не менее ста шуб и кафтанов, на которых каждая пуговица стоит от 300 до 700 рублей, а если бы канцлер продал один свой кафтан, то на эти деньги мог бы одеть и вооружить целый полк.