Между тем в Кремлевском дворце долго ничего не знали о происшедшем в Преображенском. Ночь с 7 на 8 августа после ареста Плещеева прошла спокойно. За два часа до света царевна Софья в сопровождении Шакловитого и ночевавшего в Кремле стрелецкого отряда пошла на богомолье, но не в Донской монастырь, а в Казанский собор. Вернувшись из собора, она приказала распустить стрельцов по их слободам. Тогда только получено было известие о бегстве Петра к Троице. В Москве были поражены этим событием; но во дворце сделали вид, что не придают этому значения. «Вольно ему, взбесяся, бегать», – тоном равнодушного человека заметил Шакловитый в ответ на донесение о событии. Однако нетрудно себе представить, что царевна переживала нелегкие минуты. Она не могла не чувствовать, что почва уходит из-под ее ног. Война, скрываемая до сих пор, теперь была объявлена открыто. Петр открыто занял положение обороняющегося человека, спасающегося от злого умысла – это могло привлекать к нему сочувствие общества. Притом он укрылся под сенью святыни преподобного Сергия, за теми самыми стенами, за которыми нашла себе защиту и сама Софья осенью 1682 года.
Как утопающая за соломинку, хваталась Софья то за то, то за другое средство, бросалась то к тем, то к другим, говорила со стрельцами и на площади к народу, жаловалась, просила, то плакалась, что стала теперь ненадобна, что пойдет где-нибудь с братом кельи искать, то грозила рубить головы. Все слушают ее равнодушно. Кн. В. В. Голицын благоразумно удалился в подмосковную деревню, чтобы там выждать, кто возьмет верх. Посланные к Петру для переговоров возвратились ни с чем. Царевна упросила патриарха съездить туда уладить дело; патриарх поехал, но и остался у Троицы. В отчаянии царевна поспешила туда сама, надеясь объясниться. В селе Воздвиженском ее встретил стольник Бутурлин с объявлением, чтобы не ездила. «Непременно поеду», – вспылила Софья. Но навстречу был выслан другой посол от Петра с угрозой, что если поедет, то с нею будет поступлено «нечестно», и царевна принуждена была вернуться. А в то же время от Петра летит в Москву грамота за грамотой: выслать полковника Цыклера с 50-ю стрельцами, выслать по 10 стрельцов от каждого полка и всех начальных людей, выслать служилых иноземцев из Немецкой слободы и выборных из всех московских сотен и слобод. Царевна пытается уговорить, грозит тому, кто уйдет, смертной казнью. Ничто не действует: и стрельцы, и немцы валят толпами к Троице. Наконец 1 сентября, в день Нового года, приехал гонец от Троицы с грамотою, в которой Петр объявлял брату и сестре о заговоре и требовал высылки Федьки Шакловитого. Шакловитый был ближайший человек к Софье после Василия Голицына; и последний не без основания мог видеть в нем соперника. В ярости Софья приказала отрубить гонцу голову, но во всей Москве не нашла палачей для того, чтобы исполнить это распоряжение, и гонец остался жив.
6 сентября стрельцы открыто примкнули к Петру: большою толпою они явились в Кремль к Софье и с дерзкими криками потребовали выдачи Федьки, чтобы вести его к Троице. Софья принуждена была выдать этого последнего верного человека, и дело ее окончательно было проиграно. У Троицы шел розыск и пытки. 11 сентября был казнен Шакловитый. Еще раньше князю В. В. Голицыну с сыном объявлена ссылка в город Каргополь с конфискацией всего имущества за то, что они «сестре великих государей о всяких делах докладывали мимо великих государей и писали ее с великими государями обще», «был послан в 1689 г. на крымские юрты кн. В. Голицын, пришед к Перекопу, промыслу никакого не чинил и отступил, каковым нерадением царской казне учинил великие убытки, государству разорение и людям тягость». Впоследствии Голицыны были переведены дальше, в г. Яренск.