С его избранием обстоятельства при дворе должны были перемениться. Правительницею государства на время малолетства Петра по народному обычаю становилась его мать, царица Наталья Кирилловна. С нею вновь брали верх ее родственники Нарышкины. Родня первой царицы – Милославские, которыми руководила дочь царя Алексея Михайловича от Милославской, умная, образованная и деятельная царевна Софья, должны были уступить им место. Но ни царевна, ни старший из Милославских, боярин Иван Михайлович, не были людьми, способными легко примириться с неудачей, и с необычайной энергией принялись поправлять дело. Первое столкновение между Софьей и царицей Натальей произошло на другой же день после царского избрания, на похоронах царя Федора, 28 апреля 1682 года. За гробом шли, как полагалось, обе вдовствующие царицы: Марфа Матвеевна (жена Федора) и Наталья Кирилловна и царь Петр в «смирном» (траурном) платье. Но вопреки обычаю, запрещавшему царевнам показываться открыто среди публики, на похоронах Федора явилась, презирая людскую молву, и царевна Софья. Наталья Кирилловна, раздраженная этим поступком падчерицы, поспешила проститься с телом царя Федора, вышла из Архангельского собора и увела сына, не дослушав литургии и отпевания, дав повод к разным толкам и пересудам, которыми воспользовались Милославские. Впоследствии, чтобы положить пересудам конец, царица принуждена была оправдываться, указывая, что малолетний царь не мог вынести долгой службы и голода. Царевна Софья после погребения на обратном пути из собора во дворец, обращаясь к народу, «вопила» и причитала, что враги брата Федора отравили, а Ивана отстранили от царства. «Умилосердитесь над нами, сиротами, – говорила она, – или отпустите в чужую землю к королям христианским». Этими жалобами царевна, очевидно, хотела указать, что считает происшедшие накануне царские выборы незаконными.
Тотчас же по избрании Петра Наталья Кирилловна вызвала в столицу боярина А. С. Матвеева, на советы которого она рассчитывала опереться, и своих родственников, Нарышкиных. Но Матвеев прибыл в Москву только 12 мая вечером, а между тем неопытная царица-правительница действовала робко и нерешительно и допускала ошибки, которыми тотчас же пользовались в своих целях враги. Неблагоприятное впечатление произвели пожалования и награды, полученные родственниками царицы по поводу царского избрания. В особенности большие укоризны возбудило пожалование 22-летнего брата царицы Ивана Кирилловича, никакими заслугами не отличавшегося, прямо в бояре. Пользуясь недальновидностью и промахами нарышкинского правительства, Иван Михайлович Милославский до приезда в Москву Матвеева, по образному выражению историка С. М. Соловьева, «кипятил заговор». По ночам к нему собирались выборные от стрелецких полков, а с «Верху», т. е. из дворца, от царевны Софьи по стрелецким слободам также посылались агенты с деньгами и обещаниями. Милославские пустили в ход находившуюся в Москве готовую для осуществления заговора силу, которую проглядели и не сумели взять в свои руки Нарышкины. Этою силою было московское стрелецкое войско, московский пехотный гарнизон, состоявший из 20 полков. Стрелецкое войско к концу царствования Федора находилось в каком-то возбужденном, нервном состоянии. Дисциплина в нем совсем расшаталась. В полках завелся казацкий обычай: собираться на сходки, или «в круги», для обсуждения своих дел. Большое недовольство в войске вызывали притеснения командиров, полковников. Стрельцы набирались из вольных людей, из свободных от податного тягла родственников посадских людей или из свободных от податей сельских жителей. В полковники над стрельцами назначались обыкновенно дворяне, продолжавшие на службе привычки и приемы своей крепостной деревни. Стрельцы жаловались, что полковники берут их в свои дворы в денщики, облагают их всякими поборами и работами в свою пользу и тем отвлекают их от промыслов, которыми стрельцы в свободное от службы время занимались. Полковники, очевидно, распоряжались в полках, как в своих именьях. Жалобы на злоупотребления полковников подавались стрельцами правительству еще в последние дни царя Федора. После его смерти жалобы эти раздались сильнее. 30 апреля 1682 года во дворец явились уполномоченные от стрельцов с обвинениями против некоторых командиров и с требованием выдачи их войску на расправу. Царица Наталья и окружавшие ее лица были застигнуты этим требованием врасплох, растерялись и уступили стрельцам.